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如何知道两个分子之间是否有相互作用，用什么软件或仪器能得到！
请问现在想知道两个分子之间是否有相互作用，用什么软件或什么仪器可以知道？
这两个分子为doxorubicin(C27H29NO11 )和6-氨基-3-甲基-腺嘌呤（C6H7N5）。
谢谢，我是分子生物学的，对分子模拟完全不懂，是否有可以更简单易操作的软件，或用什么仪器可以直接检测出来的？ 用红外或拉曼光谱看行不行？你可以分别做出两种物质的红外光谱，再将两种物质混在一起，看有没有除了两种物质红外吸收峰之外的新吸收峰。只知道这点。。。:hand: 谢谢，不知道有没有什么软件可以先模拟一下的，拉曼光谱完全不会啊！ 搭车同求
完全不了解分子模拟领域的知识，但是现在需要简单的计算一点东西，所以求高手指点
已经知道一个小分子能够对一个酶有抑制作用，现在想通过分子模拟的手段知道小分子与酶的哪个活性位点结合了，或者结合的强度怎么样，应该用什么软件？
非常感谢 可以用荧光共振能量转移，酵母双杂交，免疫共沉淀，蛋白质芯片，GST融合蛋白沉降技术 热滴定 记得实验室有人做过这个&&虽然不是这两个东西 这个用分子对接软件模拟一下基本上就能出来两者的相互作用情况了！商业的有sybyl比较贵不过也有破解版，学术用户免费的有Dock、AutoDock等！ 谢谢，我下了一个分子对接软件discovery studio，完全不会用，希望能从实验的方面去做。
var cpro_id = 'u1216994';
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高斯使用中的问题汇总39-15
D35-179.；D36-179.；D49；我也在做大分子的计算，希望能交流交流；我的经验是先做PM3优化，然后再用精度高的方法和；你的前三个原子，不是一条直线吗？如果是直线，那对；如果不是直线，那至少要做成cs对称性吧？把前三个；你现在的对称性是没有――虽然看上去很对称；Fe用赝势基组不知道会怎么样，
179. 我也在做大分子的计算，希望能交流交流。我的电子邮件：chsun@我的经验是先做PM3优化，然后再用精度高的方法和基组。你的前三个原子，不是一条直线吗？如果是直线，那对称性就可以是C4v了。如果不是直线，那至少要做成cs对称性吧？把前三个分子所在的平面作为对称面。你现在的对称性是没有――虽然看上去很对称。Fe用赝势基组不知道会怎么样，你可以看看别人的文章。做优化的时候，可以固定一些外层的原子，只让和中间的原子相连的动。 大约有3M另外，Fe、O、S分子是在一条直线上么？如果不是，你可以将吡啶环上的参数先减少了，然后再加Fe、O、S，肯定能够减少不少参数，但是不知道由没有实际意义了1）我谈一下我做过的体系加虚原子的经验，希望对你有帮助：一般情况下，虚原子加在分子的对称中心，或键轴Cn轴上，如要加第二个，可放在垂直于Cn轴的方面上。（2）你可以到基组库去寻找基组，可能要比单单的Lanl2Dz效果好（3）你的体系高度对称，肯定有不少的CH键长键角是一样的（或者差别很小），一律设为一个参数，让它同步优化。PS：你的输入文件的参数也太多了点 我看了一下你的结构，你说是高度对称？我想问你一下这是你手建的吗？从你的坐标看好象没有对称性。32号H怎么位置这么怪！我认为你的结果最高对称性是 C(4V)，最好手建一下为好（如不考虑外场作用）。 这种体系的计算现在非常热门也非常有难度，上次我们听的以色列教授介绍的也是这方面的内容，这种体系以我们的水平可能很难处理好。你可能要找到做这方面的专家指导才会有很好的效果，否则很难分析清楚计算出的结果。上次以色列教授沙松过来我们这边就是介绍的有关P450的计算，虽然我没有听懂什么，不过以我自己计算含金属的小分子经验来看，关于这种体系很难处理的部分就在于如果控制中心金属原子铁和周围配体的配位情况，以及了解中心金属原子的电子占据，如果你仅是靠软件产生体系的输入坐标，可能计算很难达到你想要的结果。这些坐标的产生可以要靠自己的经验来步步设置，所以就像你所说的太细节的东西是很难说清楚的，因为他们在计算过程中拥有比你更多的经验。只能给你这些参考性建议了，没有什么实质性的帮助。 我的输入文件是：%chk=zux3#p hf/lanl2dz
symm=loose
scf=(maxcycle=200)
test zux3 0 174
-0.6646926
-1.8910526
-3.2516697
-3.9897416
-3.2180246
-5.2018521
-2.4977661
-2.6839161
-3.9135171
-5.5296001
-6.0050131
-4.9800116
-3.9897416
-3.2180241
-2.4977661
-2.6839161
-3.9135176
-5.2018521
-5.5296001
-6.0050131
-4.980011分子的点群是c2，但是优化第二轮是就出错了，Omega: Change in point group or standard orientation.Error termination via Lnk1e in d:\g98w\l202.exe.如果我不用关键词symm=loose,优化时分子点群就变成了c1。请高手指教，这是何原因呢？若我想保持分子仍是c2，改如何处理？3x!换内坐标吧opt=Z-matrix你用内坐标可能会好一点吧？而且也能保证你的对称性的。[em12][em12]Angle between quadratic step and forces=
29.72 degrees.Linear search not attempted -- first point.Iteration
1 RMS(Cart)=
0. RMS(Int)=
0.Iteration
2 RMS(Cart)=
0. RMS(Int)=
0.Variable
New X(Linear)
2.06310A10
2.19808A11
2.13027A12
-2.10187D5
-1.03972D6
3.14159D10
0.00000Item
Converged?Maximum Force
YESMaximum Displacement
Displacement
YESOptimization completed.-- Stationary point found. 详细解释一下好吗，这一段几乎全看不懂 Iteration
1 RMS(Cart)=
0. RMS(Int)=
0.Iteration
2 RMS(Cart)=
0. RMS(Int)=
0.这应该是按笛卡尔坐标和内坐标计算的均方误差，比较的标准不清楚！Variable列是输入的变量；Old X列是上一次的变量值；-DE/DX是能量对坐标的一阶导数，是判断驻点的依据；Delta X是与上次相比变量的变化；New X是新的变量数值！ SCF Done:
A.U. after
12 cyclesConvg
0.1529D-08
2.0020S**2
0.0000NROrb=
26最后一行是什么东东？ 总轨道数34，Alpha占居轨道8个，Beta占居轨道8个，Alpha虚轨道26个，Beta虚轨道26个！NROrb＝number of orbNOA= numberof alpha occupied orbNVA=number of virtual alpha orb 结构优化的时候有没有可能出现这种情况：即构型在两个或几个结构循环变化，总也不能达到终点可能出现么？如果这样的话该如何处理？非线形搜索？多谢！“构型在两个或几个结构循环变化，总也不能达到终点，可能出现么？”这个问题是你实际遇到的，还是凭空想出来的？几个结构在势能面上对应着局部最小，自洽场的结果是会到达一个局部最小值，而不会出现在几个个结构循环变化。我觉得你想说的是收敛振荡的问题吧？他指的可能是结构优化振荡，我曾经用过iop（1/8)里的一些选项，对控制结构优化有一定帮助 我现在遇到的问题是这样的，优化了很多圈，但每次的能量总是在很小的范围内起伏只能在Force上达到两个YES，而Displacement上总是NO,我觉得就象是在几个结构中振荡一样，这是所谓的优化振荡么？iop（1/8)里有设定优化步长的功能：0 DXMAXT = 0.1 BOHR OR RADIAN (L103, Estm or UnitFC).= 0.3 Bohr or Radian (L103, Read or CalcFC).= 0.2 Bohr or Radian (L105).= 0.3 Bohr or Radian (L113, L114).N DXMAXT = 0.01 * N哪里有关于iop（1/8)的详细内容呢？？ 在免费资源版有IOP的pdf文件谢supi!使用了iop(1/8=1)结构终于优化完了，但这说明什么呢？体系的能量对于结构的微小变化很敏感？还是说势能面比较平坦？版上的今天刚贴的Guassian tips这篇贴子中最后有提到收敛遇到的一种情况就是&taking large jumps&.对于优化默认采用的步长为0.3Bohr对你优化的结构来说太大,所以你看到结果能量总是在很小的范围内起伏.因此你使用IOP(1/8=1)设置步长为0.01Bohr,而达到收敛的最终结果,说明这个结构的势能面是起伏不平的,对结构的变化非常敏感.不过,这种情况也像是oscillating,建议用SCF(Vshift=300)试一下,看能不能收敛到同一结果?试了好几次,总觉得使用二次收敛方法scf=qc,对收敛没有什么太大的效果,反而不如以前. 而且对于oscillating采用SCF(Vshift=N)来说,由于DFT已经使用N=200,即使增大N的值对收敛的结果也无明显效果,比不上减小优化步长.但是对于减少步长来说,机时消耗太大,虽然在能量上比前者来得低,但是仍可能达不到收敛的预期效果,因此这些都说明了一个问题:The initial guess isn't very good.关于如果处理这些问题,《计算化学》上给出了一些更好的建议。 看了关于学术腐败的讨论，很惭愧，学习高斯已经有好几个月，还停留在Opt阶段，而且还有不少问题，先问两个吧，请莫见笑。1.我发现构型优化时，Opt(tight)和只有Opt时，机时差别若干倍，但结果好像差的不是很多，为什么？2.对于大分子，可以先用小基组优化，而后再用更高级基组优化，具体写输入文件时，小基组时的分子说明部分用初始分子构型的数据，而更高基组优化时的分子说明部分应该用小基组的计算结果，怎么写呢？。opt=tight采用了更为严格的收敛标准，使用选项Opt=Tight的优化计算比使用默认截止点的优化计算要多算几步。所用的时间当然也大得多了。要注意我们使用的能量的原子单位是个很大的数值1au＝627.51kcal/mol，也许用两种方法算出来的能量只差了0。05个单位，可换算一下就有30多的kcal/mol！2。你可以先用小基组算，然后用前面的chk文件来作大基组的计算。在控制行加入geom＝check，guess＝read，就不用分子构型输入了 结构优化不收敛，一般有什么OPT=ReadFc,
opt=CalcFc, opt=calcAll,或者设置maxcycle,opt=restart等等，但有没有人知道那种最为有效？具体方法怎样？当然有示例是最好的了！呵呵：）谈谈我的想法:我感觉结构不收敛可能与你的初始猜测有关,也许先固定某些键长键角再优化,事后再放开优化会比较容易收敛.采用低级算法先计算只是其中的方法之一,你为何一直要用这种方法?有什么依据?如果你顺利解决了你的计算,那就谈谈你的经验如何?包含各类专业文献、高等教育、幼儿教育、小学教育、行业资料、专业论文、应用写作文书、外语学习资料、生活休闲娱乐、高斯使用中的问题汇总39等内容。　
　的介绍,并提供了 数学法、 直接证明法等方法证明高斯定理,以及介绍高斯定理的应用和使用高斯 定理应注意的问题,从中可以发现高斯定理在解决电场和磁场学中的方便之... 　详细的介绍,并提供了数学法、直接证明法等方法证明高斯定理,以及 介绍高斯定理的应用和使用高斯定理应注意的问题,从中可以发现高斯定理在解决电场和 磁场学中的方便... 　6.我用高斯 03 做了两个稳定点 A 和 B 的过渡态 TS, 发现频率文件的振动...MAXCYCLE=600,forward) SCF(MAXCYCLE=400) 1.请问,在IRC计算中出现L508错误... 　 高斯常见错误_理学_高等教育_教育专区。最近总结的高斯计算中常见的错误...(循环步数有人说超过 200 再不收敛,再加也不会有用了, 这虽然不一定绝对... 　在物理实现中,高斯模板有界,从而使我们忽略了这个问题的 真正答案: 高斯模板在逻辑上是无边界的。 也就是说高斯模板本质上是逻辑上无穷拓展曲面 的一个近似。... 　2.高斯型基组 高斯型基组 高斯型基组用高斯函数替代了原来的斯莱特函数。 高斯型函数在计算中有较好的性质,可以将三中心和四中心的双电子积分轻易转 化为二中心... 　 经典高斯总结_能源/化工_工程科技_专业资料。经典高斯总结一般地,优化所得驻点...有时, 用 OPT=CalcAll 也可以解决这个问题。 第十,Gaussian 程序中,频率计算... 　 4页 免费 高斯五点公式详细计算方... 2页 1下载券喜欢此文档的还喜欢 ...3。用 OPT=CalcAll 来计算 结构优化和频率计算中的常见错误 1. 自洽场不收敛... 　 高斯不收敛问题_天文/地理_自然科学_专业资料。首先,我们必须理解收敛是什么...在 Gaussian 中此方法的关 键词为 SCF=Vshift 6 使用强制的收敛方法 SCF=QC...我想问一下，做TiO2分子模拟是用什么软件？高斯是只能做有机分子么？matlab是做什么的？谢谢！_百度知道
我想问一下，做TiO2分子模拟是用什么软件？高斯是只能做有机分子么？matlab是做什么的？谢谢！
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出门在外也不愁[转载]高斯内存使用问题
高斯内存使用问题
为什么我把%mem=60MW 改成%mem=218MW&
就会出现2070错误？我机子内存是4G
估计你用的是windows版本吧？
%mem=**MW，通过这个命令来设置内存。你设定的内存为60MW&8=480兆（1MW等于8 兆）。
而之后设置的218MW&8=1744兆，基本上剩下的内存肯定不够windows系统用的。也就是说你所能设置的内存等于物理内存-操作系统运行所需内存-要运行的其他软件所需
内存才能有效，所以不建议设置内存过大。
可能还有其他方面的原因，你再查查，或者水补充一下linux下的。
我前面有帖子解释过，贴过来供你参考：
简单的说，那个gaussian会先暂停的那个问题，程序已经提醒你了，他马上需要300多M的内存，而你目前只有
50M内存，所以警告你是否要继续——别说你还有1.5G内存闲着呢，别说你写了%mem=800M，那都没用。
因为你在windows下面计算，内存是由windows来分配和调度的，不是说你申请了800M他就给你800M，不是你
有1.5G闲着他就给你1.5G，windows接管了内存，他不给你你就一点办法没有。windows默认使用页面文件来
虚拟内存，你需要的时候他一点一点放给你，如果需要内存多了，他会用页面文件虚拟出来一块内存来欺骗你。
——你要知道，内存的读写速度和硬盘文件的读写速度差别有多大，你的计算不断的会跟内存交换数据，windows每次都拿虚拟内存来对付你，你能算得快么？这就是我反对用windows算gaussian的一个原因，其他原因就是windows下多核计算困难（只是听说g03e01可以，没有证实过），并行就没听说过。所以用windows算gaussian玩玩票可以，做科研就是扯淡。
确实，做gaussian用windows确实是浪费
但是单windows下确实是可以并行通过共享内存达到利用多核的目的。不过其效率远远不能和linux相比较。目前为止我只是过E01版本，用四个核，可以。
我以前也碰到过2070错误，说是内存足或者是磁盘空间不足，你可以试下加direct减小内存占用或者用%rwf=&&
mb来设定磁盘空间。
那你在%mem=218MW 之后再加上%nproc=n试试看哪，想前面几位说的那样有些版本是可以的。我以前用B版本也是可以的。
linux下gaussian计算内存%mem设置问题
cpu：8核 内存：32g
在计算不同的分子时 怎么设置%mem=& 的问题：
1.看了些帖子，说%mem不是设的越大越好，那具体怎么设置，有什么依据了？
2.在计算时，用dft hf 优化和频率一起做 体系有50多个原子 用6-31g（d） 内存设为4g 算的还算快的。可是换了mp2
方法后 优化过程还行 可是到了频率计算 有几次都给不动了 死机了 mp2/6-311*（d，p） %mem=8g
为什么了？
3.听说mp2方法 内存设置越大越好 是不是？
linux下，这个我没有设置& 环境变量设置后，好像默认是存在scratch文件夹里
我看过最大时rwf有100g&
我的系统是64位而scratch文件有250g& 频率计算时应该没有问题吧？
望版友给于解答和讨论！谢谢！
以我的经验，dft类方法，500个基函左右的规模，内存设为1g，通常的优化、频率、性质计算已经足够。设得过大的话，程序用不着，结果系统在每次link转换时反复地申请内存，一段时间后又空出来，是会多浪费一点时间，windows下更明显。
mp2方法时内存是越大越好，内存越大，硬盘空间需要的越少，也就节约了磁盘读写时间。mp2计算出问题常常是因为磁盘空间不足。
这么大的体系还要算MP2的频率，有点晕
MP2计算的内存还是设置的大一点，
要是我在你的电脑上做相同计算我会设置
如果基函数(前面的那个basis functions)数量超过550,
频率计算够呛能通过，我计算400多基函数的时候，硬盘都快写到200gb了
【求助】Gaussian内存设置
Gaussian输入文件里面内存为什么不可以设置为全部物理内存？谢谢
作者：manson1998
Originally posted by suncedar at
Gaussian输入文件里面内存为什么不可以设置为全部物理内存？谢谢
不知所云。。。。
作者：yjcmwgk
你让高斯把全部物理内存占满了（事实上这是不可能的，但是我们假设这种情况的发生），那么你让系统进程占用什么内存？
作者：suncedar
Originally posted by manson1998 at
不知所云。。。。
我用的机器物理内存为24G，输入文件为：%mem=16GB
（别人帮忙设置的），所以这样问的，liunx系统占用内存应该不大啊
作者：qzhaosdu
Originally posted by suncedar at
我用的机器物理内存为24G，输入文件为：%mem=16GB
（别人帮忙设置的），所以这样问的，liunx系统占用内存应该不大啊
设置不要超过实际物理内存的一半。
作者：suncedar
我就是想知道为什么"设置不要超过实际物理内存的一半"？设置大了有什么影响？系统进程占用内存不会达到一半吧
作者：gaochao85
使用内存的时候不是固定的，在算某步的时候忽然增大很多。你电脑就卡死了
作者：lb1586551
其实我测试过，我以前4G内存，一不小心，结果设为800MW,死机到不会，结果会更慢。
作者：zhangmt
这根据你的任务大小和你的写法有关，只要够用就行，你给再多他不需要能有什么用？没有“不超过一半”的限制，而是提前预算一下，大致需要多少即可。
作者：zhongcm
Originally posted by zhangmt at
这根据你的任务大小和你的写法有关，只要够用就行，你给再多他不需要能有什么用？没有“不超过一半”的限制，而是提前预算一下，大致需要多少即可。
请问怎么预算大致需要的内存？
作者：zhangmt
具体需要知道你的任务类型，比如优化和频率分析就不一样。
相同任务时，大小主要取决于基函数的个数，与基函数的类型。
具体公式我也没背下来，如果你看过 高斯用户手册 ，就能找到公式，就不会
有这个问题了。
GAUSSIAN 能用虚拟内存吗?
计算设置为-M- 40MW(320MB),多余的内存以及设置的虚拟内存 GAUSSIAN 还能利用吗?
我个人认为给Gaussian分配恰好合适的内存，计算速度最快
当然或许这个问题是操作系统内存分配上的问题
从内存里读取数据是很快的呀,难道过多的内存也有影响吗?
G98默认的内存太小了
所以，我就在每一次算题的时候，在具体的每个输入文件中定义它
一般就是我的物理内存减去100M（算是系统必须用的那一部分）
但是，我没有做过比较，这样是否比它默认的要好
另外，如果定义的内存太大，大于物理内存，那么你会看到你的硬盘哗啦哗啦的响，计算速度会很慢很慢，CUP的占用率很底很底
你可以比较下试试
内存设大或设小都会影响计算速度
【求助】GAUSSIAN计算如何分配内存
1.我的Pentium(R) 4 CPU 3.20GHz
,2G的机器，请教一下GAUSSIAN计算时如何分配内存，才能发挥到计算效率要好一点，我一般是设置%mem=60MW，是不是可以分配得大一点？谢谢
2.还想请教一下当优化一个分子时，如何知道优化的是分子的最佳构型，我一般的做法是在chemdraw里面输入分子的英文名称，生成的结构复制到chem3D里面，保存为pdb文件，再在GAUSSVIEW里面打开，保存为gif文件，再用GAUSSIAN
03里面计算，但是如何得知优化出来就是分子的最佳构型，好像优化跟分子的初始构型关系很大，希望虫友指教，刚接触GAUSSIAN不久，见谅。
我计算的分子是几种常用的季铵盐阳离子表面活性剂，CTAB,CTAC等，或者还有什么好一点建议，谢谢:)
你的机子内存是2G，那么计算所给的内存只要不超过2G都可以计算的；
Gaussian优化得到的构型都是局域稳定构型，一般可以通过相对能量比较其稳定性
作者：recoli
表面活性剂是不是有长碳链的？那样的话局域稳定构型就太多了。其实要看LZ想计算什么性质，不见得一定要最低能量构型，因为分子很大又是柔性的话要找最低能量构型不太现实，找到了意义也不是很大，因为常温下肯定是多个局域能量构性之间相互变化的。
作者：hairan
Originally posted by S at
你的机子内存是2G，那么计算所给的内存只要不超过2G都可以计算的；
Gaussian优化得到的构型都是局域稳定构型，一般可以通过相对能量比较其稳定性
这个回复有些误导
貌似lz是在windows下计算，此时不应将内存全部分给计算，至少要留出400M给系统和其他应用软件使用。因此有效的能使用内存的上限应该是1.6G，也就是大概200mw。其实linux下也不要把所有的内存都给了Gaussian，只不过linux系统占用的资源要少得多而以。考虑到gaussian计算的特点（仅限于windows版和标准linux版，不含一些特别编译的版本），如果不能将所有的积分全部放在内存中，那么lz在计算中至多设置你目前60mw，否则每到一个link，系统需要先把你定义的内存吃满再计算，内存设的越大，计算过程反而越慢。
注意，一般也不要小于10mw，太小了，某些计算是无法进行的。
另外，上面的分析只对半经验，HF和DFT计算有效，如果是MP2或者CCSD(T)等电子相关方法，只要体系不是太小，内存是多多益善。
作者：bylin
"每到一个link，系统需要先把你定义的内存吃满再计算，内存设的越大，计算过程反而越慢。"
请问这句话是什么意思呀？“系统吃满内存”是怎么回事？
作者：hairan
Gaussian计算是模块化的，计算过程中不同的任务需要调用不同的模块，这些模块在在Gaussian中就叫做link，如果你细心察看进程，你会发现gaussian计算的时候进程中会有一个"l+一个数字.exe的进程"，比如l502.exe,
这里的"l"就是link的简写字母L，而不是数字1。对标准的gaussian版本，每到一个新的link，程序不管用不用那么多内存，先把你设置的内存量占用了，然后才开始这个link的计算，到下一个link的时候先释放内存，然后重新在占用设置容量的内存。如此反复，直到计算完成，因此很多时候你设置的内存越大，计算反而越慢。
作者：bylin
噢，明白了，呵呵。看来不能盲目分配大内存呀
作者：zhumenjun
Originally posted by recoli at
表面活性剂是不是有长碳链的？那样的话局域稳定构型就太多了。其实要看LZ想计算什么性质，不见得一定要最低能量构型，因为分子很大又是柔性的话要找最低能量构型不太现实，找到了意义也不是很大，因为常温下肯定是
它一般的结构都是8-18组成的碳链，我需要的参数：轨道能量，热力学参数，极化率，偶极距，摩尔体积几种常用的参数，是不是不需要找到它的最稳定的构型？
作者：recoli
Originally posted by zhumenjun at
它一般的结构都是8-18组成的碳链，我需要的参数：轨道能量，热力学参数，极化率，偶极距，摩尔体积几种常用的参数，是不是不需要找到它的最稳定的构型？
我没做过相关计算所以不太清楚，还是看看文献里怎么做的吧，取什么构型，如何计算等等。
作者：majun04
Originally posted by hairan at
Gaussian计算是模块化的，计算过程中不同的任务需要调用不同的模块，这些模块在在Gaussian中就叫做link，如果你细心察看进程，你会发现gaussian计算的时候进程中会有一个"l+一个数字.exe的进程&quo
这个所需要的内存占用量，和分子体系的大小以及调用的方法基组，有没有什么普遍性的规律可供参考？
有的时候想最可能的利用好电脑资源，感觉不是太懂行。
作者：bylin
内存占用量和分子体系的大小以及调用的方法基组的关系可用freqmem算一下，不过好像只是针对HF方法的
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能不能用量子化学计算结果拟合Lennard-Jones势，怎么拟合？
想得到O和Pt的L-J势，看书上说L-J势两个参数分别对应为势井的大小，和势能为0的距离，这个能用量子化学计算势能曲线来进行拟合吗？求指教
有人做过吗？ 没人知道吗？ : Originally posted by voleyes at
没人知道吗？ 可以，就是有点麻烦，需要把两个分子之间从远移动到近，然后分别计算每次的相互作用能，做出曲线，然后使用LJ去拟合这条能量曲线，普通的拟合软件貌似做不了，1stopt可以做这个事情，不过得注册版。。。 : Originally posted by zyj8119 at
可以，就是有点麻烦，需要把两个分子之间从远移动到近，然后分别计算每次的相互作用能，做出曲线，然后使用LJ去拟合这条能量曲线，普通的拟合软件貌似做不了，1stopt可以做这个事情，不过得注册版。。。 那距离和间隔怎么选，方法和基组怎么选？
有没有这方面文章给推荐一下 先用高斯，不断移动距离，计算每一点的单点能，用energy就可以，基组需要看你的拟合对象
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