用扫描仪图像少了一边扫杂交图像,用什么软件分析

怎样用扫描仪扫描图片_百度知道
怎样用扫描仪扫描图片
1.安装随机光盘的驱动程序 (软件). 2.连好各种连接线 (硬件). 3.照片放在扫描仪玻璃上盖好,运行桌面上的扫描软件就行了. 4.注意有的扫描仪带锁,必须扳开,否则扫描头不动. 5.运行扫描程序后保存时,看什么样的扫描仪,若是很古老的那些,可能还得“导出”图片,而现在的一般的比较新的,只需要“另存为”就ok了!!
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扫 描 仪 的 使 用 须 知 1、扫描前的准备
普通用户在使用扫描仪之前,应对搞明扫描仪的基本原理和使用说明书。把扫描仪应尽量放在平坦、稳定的地方,扫描前仔细检查玻璃上方是否有污渍,以免影响扫描效果。用户第一次使用扫描仪前,一定要先开锁,且保证电源开关置于“OFF”,才能插入电源插头,因为在运输中扫描镜头前后撞击会损坏,所以厂商在扫描仪上都安装有一个锁定装置(机械装置或电子装置),专门用于锁定扫描仪的镜头组件,确保其不被随意移动。 2、预热扫描仪
扫描前先打开扫描仪预热5至10分钟,使机器内的灯管达到均匀发光状态,确保光线平均照到稿件每一处。 3.原稿放置的要求
因扫描仪的局限,扫描得到的图像或多或少会出现失真或变形。一定要尽量使用品质出色的原稿扫描,这是得到高质量图...
扫描仪的相关知识
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1、扫描前的准备 nbsp
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如何使用扫描仪扫描图片
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生命科学的有力工具
ScanArray Express
系列芯片扫描仪
你可以信任的产品
来自PerkinElmer公司的芯片扫描仪ScanArray
Express 系列产品-易于操作的软件,突破性的技术和质量可靠的数据。
随着最初由GSI Lumonics公司引入第一台商业化芯片扫描仪,ScanArray
Express 系列产品提供唯一能升级的双波长扫描仪,是唯一拥有包括获取数据,阅读条形码和自动化操作专利的扫描仪器,是目前世界上芯片实验室中最常见的品牌。
在此PerkinElmer公司骄傲地宣布下一步改进的方面: ? 用Easy Scan和Quantitate键容易地获取并分析数据
? 容易将数据进行整合― 同时提供GPR和CSV文件
? 在杂交前检查存在的样点和DNA固定性的独创功能
? 强大的找点功能和整合能力,使用GAL文件或用户自定模板
? 以连续可调的激光强度和PMT增益获取最优的数据
? 出色的重复性:静态和动态重复性变异系数小于5%
? 对波长可进行升级,现在可支持近70种可选择的染料
? 可在一次实验中同时使用多达5种染料
? 用5毫米激光束进行真正的直径5毫米分辨率的扫描
? 可选配20张玻片自动进片机用电子邮件通知进行高通量筛选
? 拥有专利的自动条形码处理系统,以确定扫描参数、追溯数据
? 由超过85个办公室对多于60个国家提供质保期和后质保期服务
能够满足顾客任何需要的芯片扫描仪
[特 点]
检测波长数
波长选择(nm)
418,514,543
584,612,633
418,514,543
584,612,633
一次性处理玻片数
[选 配]
条形码阅读机
带电子邮件通知功能的20张玻片自动进片机
使用20张玻片自动进片机进行自动处理,操作人员无需照看。
    拥有专利的对多达两条条形码自动处理
    以确定扫描参数、追溯数据和命名文件
芯片质量控制…
ScanArray扫描仪有两种独创的功能,即在杂交前检查芯片:点样是否存在和DNA是否已固定。只对符合您质量标准的芯片进行杂交,可节省时间,提高效益。如果制作您自己的芯片,利用这些特点对预印制的芯片进行质量检查,可在制备过程中排除故障。例如,缺失的点可能意味着点样针堵塞或者孔中存在样品缺失。那些担心浪费不可替代的组织样本的研究人员将会发现这些特点是特别有价值的。
这两种简便的检查是非破坏性的,并且保持芯片于它们预计的实验用途。
ScanArrayExpress扫描图显示用3×SSC缓冲液点样的cDNA
ScanArray Express得到的溴化乙锭染色cDNA荧光图像。所示DNA以8倍的稀释点样
点样是否存在
只有ScanArray系列扫描仪能够显示出杂交前每个芯片的点样过程。不需使用特殊试剂,或对您的操作手册做任何修改,若点样缓冲液中使用了盐类物质,使用者可使用红色激光,和一种珀金埃尔默公司独有的标准滤光片轻松地扫描芯片。
DNA固定性的确认
ScanArray Express和Express HT扫描仪装备有珀金埃尔默公司的蓝色激光器,容易显示芯片上已固定的DNA。使用容易洗掉的溴化乙锭,不会出现荧光光团的交叉反应,或干扰杂交。
若欲获取芯片质量控制方法更多的信息,请参阅技术注解600。
芯片扫描仪的灵活性…
荧光染料的结合效率,亮度(发光效率),稳定性和成本因不同的生产商而不同。芯片扫描仪波长的可选择性使得研究人员可以选择不同的染料,并且能够在一个实验中,使用该扫描仪同时检测2种,3种,4种或5种不同的荧光染料。除了不能升级的轻便型芯片扫描仪,芯片扫描仪系列可提供6种波长之中的任意5种波长的选择,目前已可支持近70种荧光染料的使用。如果最初的配置少于5个波长,可以通过添加激光器来增加波长。若欲获取更多的信息,请参阅应用注解PBT-001。
为了对依据标准实验室操作规范得到的数据进行追溯,并自动地确定扫描参数,芯片扫描仪系列使用一种拥有专利的光学条形码处理程序,能够阅读两种条形码。若欲获取更多的信息,请参阅技术注解300。高通量扫描仪可自动地扫描一个盒子中共达20片的玻片,并能在每批完成之后提供电子邮件通知。扫描仪也可升级,对这种盒子兼容。
提供应用灵活性
为了检测蛋白-蛋白相互作用,或用作微量的酶联免疫吸附平台,蛋白样品沉积于三维的表面介质上(如珀金埃尔默公司的HydroGelTM包被玻片),并与荧光标记的抗体发生反应。若欲获取更多的信息,请参阅应用注解BCT-008。
用于筛选人ER阴性乳腺癌细胞MDA-MB-231的43种细胞因子抗体芯片,双荧光实验筛选细胞因子定位―胞内(红色)或胞外(绿色)。
细胞生长于已制备好点的DNA玻片上。使用GFP/dsRed 发射对蛋白水平的基因表达进行测定 。Ziauddin &
Sabatini. 2001.Nature 411: 107-110.
已标记的单克隆抗体与切成薄片的组织芯片发生反应,仪器对其进行扫描,以检测表达的蛋白(如肿瘤特异性抗原)。 Kallioniemi
et al. 2001. Human Mol. Gen. 10:657-662.
使用不同的荧光染料(如TAMARA, ROX, Bodipy 和异硫氰酸荧光素),双脱氧核苷酸类似物标记后,用于检测单个核苷酸水平的基因变异。若欲获取更多的信息,请参阅应用注解PBT-002。
傻瓜式扫描…
更简洁的结果
Easy Scan 简便地获取数据
(2) Find
Spots 强大的找点功能
Quantitate 用即时的归一化方法进行轻松定量
最佳的性能…
卓越的灵敏度
广阔的动态范围
√ 连续可调的激光强度
√ 在4个数量级上保持线性
在一些最亮的点群中的亮点是最容易检测的,而检测弱信号点是有挑战性的,并可能带来研究上的突破。对激光功率和PMT电压的连续控制,使得此仪器能够提供很宽的动态范围,以得到最佳的结果。
共聚焦光学系统
√ 共聚焦光路与固定的激光光源相结合,提供了最佳的人工投射和高质量的图像
收集样品所发出的所有信号,除去背景荧光,是一种在显微领域已长期使用、经过检验的技术,可有效地提高信噪比。这种共聚焦技术很简单:只有落在物镜景深内的发射信号才通过一个针孔进行收集,并进行处理,而其他信号被针孔周围的固体物质所阻挡。ScanArray
扫描仪的景深可达到标准的玻片总的平直度差异的4倍,以具备充足的上部空间,允许存在点厚度和基片平直度的差异。若欲获取更多的信息,请参阅技术注解100。
拥有专利的分光器
√ 传输效率提高20%
√ 阻挡不需要的反射光
为了提高灵敏度,ScanArray 扫描仪装备了具有专利的几何分光器。与不用定制的Off-the-shelf 分光器相比,发射光的收集效率提高了20%,因为发射光绕过了分光器。另外,这种独创性的设备使背景噪音降到最低,通过有效地阻隔较强的反射的激发激光,使其不再通过光学发射路径。若欲获取更多的信息,请参阅技术注500。
得到最佳的结果
出色的重复性
为了保证结果的可信度,每种ScanArray 扫描仪必须符合一个静态和动态重复性的基本要求,并且旋转均一性应保证变异率小于5%。静态重复性―对一张芯片扫描多次,而不将其从样品收集器中移动。动态重复性―重复扫描,但每一次将芯片取出和移动。旋转均一性―
对底物进行扫描,取出它并旋转180°,然后在新的位点扫描同样的点。其他任何扫描仪生产商都不能提供此项对重复性有挑战的实验。若欲获取更多的信息,请参阅技术注解700。
用珀金埃尔默公司的ScanArray扫描仪以5μm像素分辨率扫描一个直径为100μm的点阵图像
五种供使用者选择的扫描分辨率意味着,它们可以符合扫描图形大小的适合分辨率的要求。我们所设置的最高分辨率可提供真实的5微米扫描分辨率。它使用一种精确的5微米激发光束,从不连续的5微米像素激发荧光,以产生该位点荧光强度的精确图像。其他使用更大直径光束,并宣布提供5微米或更小分辨率的扫描仪则不得不对邻近的像素值取平均值。这种结果名义上不错,但并不是真正的5微米分辨率。若欲获取更多的信息,请参阅技术注解400。
ScanArray 扫描仪光束强度曲线
比现有的CCD系统性能更佳
集中于荧光团的激发光谱峰值中心的激光波长,可以比宽带的白色激发光在同样的时间内激发更多的光子。另外,用CCD系统同时进行的对光的收集意味着它们不能对邻近的点发出的光进行分辨。这些和其他CCD系统的限制显示出ScanArray
扫描仪产品线可以节省时间,并用更高的灵敏度产生更佳的图像。
? ScanArray 扫描仪的灵敏度:对系列稀释液的检测优于0.05 荧光分子/um2
为您的芯片实验提供整体解决方案…
将样品制备和数据分析完全整合
MultiPROBE&HT EX
√自动化液体处理系统,使得DNA平板制备更准确和可靠
√适于高通量使用的自动DNA纯化系统
HydroGel 包被玻片
√很低的固有荧光背景和检测相关背景
√三维的表面介质
√高负载能力
√适宜于蛋白质的环境,可维持蛋白质活性
芯片生产和加工
SpotArray产品系列
√最高技术的印刷头和针,可直接印制高质量的基因组芯片
√用于蛋白质和客户定制研究的压电非接触式印刷系统
√台式机型及机器样式提供了应用的灵活性 HybArray12杂交工作站
√自动化的12张芯片处理系统
剂 MICROMAX 标记试剂盒
√cDNA标记试剂盒-用TSA信号放大系统直接或间接标记
√用荧光素和生物素标记的核酸类似物
ScanArray Express
√使用可替换的荧光染料,如Cy3和Cy5,提供激光选择灵活性
√系统可升级以跟上芯片应用的发展
√轻松获得均一性和重复性,变异系数小于5%
√ Cyclone系统具有很高性能,可用作放射性标记的
DNA芯片和大型芯片成像的替代仪器。
析 QuantArray
√可分析任何标准化的TIFF格式图像文件,可选择三种定量方法,同时分析多达4张图像,提供所需的灵活性
√从预印制芯片中轻松整合数据文件,无误地将基因名称指定给样点
ArrayInformatics
√相关的数据库和可视化工具,用于贮存、组织和评价基因表达数据
√通过网络工作站实现简便登录和多用户录入
√处理并贮存数据转化图形,有组织地管理数据
ScanArray Lite
ScanArray Express
ScanArray Express HT
芯片处理容量
多达20张玻片
激光激发波长
543nm和633nm
多达5种:488 nm,514 nm,594 nm,612 nm,和633
多达5种:488 nm,514 nm,594 nm,612 nm,和633
发射滤光器波长
570 nm和670 nm
508 nm,522 nm,530 nm,549 nm,570 nm,578
nm,592 nm,614 nm,660 nm,670 nm,和694 nm
508 nm,522 nm,530 nm,549 nm,570 nm,578
nm,592 nm,614 nm,660 nm,670 nm,和694 nm
长30”×宽12.6” ×高14”(75.5cm×32cm×36cm)
长30”×宽16” ×高16”(76 cm×41cm×41cm)外置激光:长29”×宽13”
×高12”(74cm×33cm×30cm)
长30”×宽16” ×高16”(76 cm×41cm×41cm)外置激光:长29”×宽13”
×高12”(74cm×33cm×30cm)
70 lbs(32kg)
82 lbs(37kg),外置激光:55 lbs(25kg)
108 lbs(50kg),外置激光:55 lbs(25kg)
样品/基片尺寸
长度75.0mm-76.2mm(2.95”-3.0”) 宽度24.6mm-25.5mm(0.97”-1.02”)
厚度0.93mm-1.29mm(0.037”-0.051”)符合ISO玻片标准
22mm×73mm
像素分辨率
使用者可选择的扫描分辨率:5,10,20,30和50μm
20扫描线/秒,以10 μm分辨率扫描20mm×30mm面积,时间小于2.5分钟。玻片弹出时间为2秒
在4个数量级上具有16 bit的动态范围
重复性与均一性
变异系数均小于5%
每平方微米0.05荧光分子
图像文件格式
TIFF,BMP,JPEG或源文件
8种供使用者选择:五彩的,灰,红,橙,黄,绿,蓝,和紫色
自动选择100-240V,3.5A,50/60Hz
推荐计算机配置
奔腾Ⅲ 1GHz 处理器,512MB RAM,40GB 硬盘,19”彩色显示器,分辨率×65K
色,两个10/100 Mbs 以太网卡(NIC),Microsoft Windows
SP1,Microsoft
Internet Explorer 5.0或更高版本
安全部门批准
电力和安全标准:UL Listed:UL 3101-1; TUV Certified EN 61010-1/
A2; CE Marked, Laser Safety CRDH Class Ⅰ Laser Product,
Electromagnetic Emission FCC Part 15 Class A, EN55011:
Class A; ICES-003, Class A, Electromagnetic Immunity:
EN50082-1(EN, EN,EN, EN,
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