Cytoscape-node 从文件中读取复杂网络的节点，并求解 的度数 WinSock-NDIS 编程 238万源代码下载-
&文件名称: Cytoscape-node
& & & & &&]
&&所属分类:
&&开发工具: Visual C++
&&文件大小: 521 KB
&&上传时间:
&&下载次数: 3
&&提 供 者:
&详细说明：从文件中读取复杂网络的节点，并求解网络节点的度数-find the degree of complex network
文件列表(点击判断是否您需要的文件，如果是垃圾请在下面评价投诉):
&&Cytoscape-node\Cytoscape-node\Cytoscape-node.vcproj&&..............\..............\Cytoscape-node.vcproj.WORM.Worm.user&&..............\..............\Debug\BAT2528.bat&&..............\..............\.....\BAT3884.bat&&..............\..............\.....\BuildLog.htm&&..............\..............\.....\Cytoscape-node.exe.embed.manifest&&..............\..............\.....\Cytoscape-node.exe.embed.manifest.res&&..............\..............\.....\Cytoscape-node.exe.intermediate.manifest&&..............\..............\.....\mt.dep&&..............\..............\.....\node.obj&&..............\..............\.....\vc90.idb&&..............\..............\.....\vc90.pdb&&..............\..............\node.cpp&&..............\Cytoscape-node.ncb&&..............\Cytoscape-node.sln&&..............\Cytoscape-node.suo&&..............\Debug\Cytoscape-node.exe&&..............\.....\Cytoscape-node.ilk&&..............\.....\Cytoscape-node.pdb&&..............\Cytoscape-node\Debug&&..............\Cytoscape-node&&..............\Debug&&Cytoscape-node
&输入关键字，在本站238万海量源码库中尽情搜索：
&[] - 1、提取原蛋白质相互作用网络的所有节点
2、分别计算原蛋白质相互作用网络每个节点的度
3、从所有节点中选择具有最高度的节点，反复的添加边，直到它的度值等于原蛋白质相互作用网络该节点的度值
4、在为节点添加边时，从剩余节点中选择节点的方法是其度分布近似服从power-low分布
5、令t的值
&[] - 设局域网有两台主机A和B，实现主机A的系统时间与主机B保持一致；并采用Windows的定时器技术，每3分钟同步一次时间。Cytoscape使用方法_图文_百度文库
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Cytoscape使用方法
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如何将STRING的作图导入cytoscape
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这个帖子发布于2年零215天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请教高手，将基因在STRING在线做相互作用关系图，但出来的图窝成一团，没办法分析找到关键节点基因，想把它们导入cytoscape软件进行分析，但cytoscape要求导入的文件是sif格式而STRING网站导出的众多格式没有sif格式，怎么办？
不知道邀请谁？试试他们
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请问你的问题解决了吗？我现在也遇到这样的问题。有其他方法吗
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下载Text Summary (TXT - simple tab delimited flatfile)文件，column1、column2分别设置为sourceinteraction和target interaction,interaction type使用default interaction即可。
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正需要呢，太感谢了！
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sgh010288 下载Text Summary (TXT - simple tab delimited flatfile)文件，column1、column2分别设置为sourceinteraction和target interaction,interaction type使用default interaction即可。 楼主我试着按你说的方法，确实能把network导入到cytoscape，但是interaction在txt中没有，就是edge都没有箭头的。开始我以为是在string设置里，然后我就点了“actions”，这时候string里面出来箭头了，但是导出的txt里还是没有interaction type的column，不知道这个怎么生成？
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我将STRING里的Text Summary复制粘贴在文本文档后，在cytoscape里面打不开啊
请问要怎么做啊
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jiangwanxia 你们好
我将STRING里的Text Summary复制粘贴在文本文档后，在cytoscape里面打不开啊
请问要怎么做啊点import network from file，直接打开text summary.txt。再改column对应列就可以了。
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各位大侠你们好，本人正在尝试将蛋白相互作用的图导入到cytoscape,弱弱的请教，string需要注册吗，不注册时string直接生成的蛋白之间的那个图就可以用来导入吗，有没有别的什么数据文件？谢谢各位。
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sgh010288 下载Text Summary (TXT - simple tab delimited flatfile)文件，column1、column2分别设置为sourceinteraction和target interaction,interaction type使用default interaction即可。请问Text Summary在哪下呢
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同问Text Summary (TXT - simple tab delimited flatfile)文件在哪里下载，谢谢
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关于丁香园Cytoscape Web: an interactive web-based network browserBioinformaticsLopes, C. T. Franz, M. Kazi, F. Donaldson, S. L. Morris, Q. Bader, G. D.
Cytoscape Web is a web-based network visualization tool-modeled after Cytoscape-which is open source, interactive, customizable and easily integrated into web sites. Multiple file exchange formats can be used to load data into Cytoscape Web, including GraphML, XGMML and SIF. Availability and Implementation: Cytoscape Web is implemented in Flex/ActionScript with a JavaScript API and is freely available at http://cytoscapeweb.cytoscape.org/.
Cytoscape Web：一个交互式基于网络的网络浏览器
Cytoscape Web是一个基于网络的网络浏览器工具 -- 模仿Cytoscape -- 它是开源的、交互式、可定制且容易整合到网站中的。多种文件交换格式能够被使用以载入数据到Cytoscape Web中，包括GraphML，XGMML和SIF。可用性和实现：Cytoscape Web是用带有JavaScript API的Flex/ActionScript实现的，并可以在http://cytoscapeweb.cytoscape.org免费获得。gary.bader@utoronto.ca。
10.1093/bioinformatics/btq430
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2935447/pdf/btq430.pdf
1, Medusa: a simple tool for interaction graph analysis []2, STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms []3, jSquid: a Java applet for graphical on-line network exploration []4, iRefIndex: a consolidated protein interaction database with provenance []5, Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks []6, The GeneMANIA prediction server: biological network integration for gene prioritization and predicting gene function []
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当前时区GMT+8
现在时间是 08-16 10:41蛋白质相互作用网络可视化分析软件 - 推酷
蛋白质相互作用网络可视化分析软件
物信息学手段已经为生物、医药学技术研究领域提供了大量常用工具，比如大家常用的各种软件、数据库、网络服务等。所以本讨论版开设新的话题，就分子生物技术中的生物信息手段作讨论。力求实用，专业性强！能介绍最新的专业数据库，推荐领域前沿的新方法、技术，尽量不探讨过深的生物物理学、计算算法，抛砖引玉，望大家补充为盼
【Cytoscape】
不多说了，这个很出名。网站：http://www.cytoscape.org/
【Osprey】
【作者】 Bobby-Joe Breitkreutz, Chris Stark, Mike Tyers
【编程语言】 Java
【操作平台】 Window2000/xp/9x; Linux,U
【介绍】 a network visualization system. A software platform called Osprey has been developed for visualization and manipulation of complex interaction networks. (一个相互作用网络的可视化系统)
这个软件是加拿大多伦多大学一个生物信息学研究组开发的，其中的Chris Stark, Mike Tyers 都是在蛋白质组研究中的大牛人，这个Osprey的软件平台目的在于更好的研究蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks)和蛋白质复合物。我们知道在研究一个基因及其表达产物-蛋白质的功能时，绝对不可以孤立的、静止地研究其本身，一定要同时研究和它有相互作用的一些蛋白质/核酸，这就是蛋白质相互作用谱(protein interaction profile) 产生的由来！这个和蛋白质表达谱一样，会给研究者提供大量的功能信息！例如：蛋白质A(pA)和pB,pC,pD有紧密的相互作用，即相互作用谱一致，那么如果pB,pC,pD的功能是和mRNA转录相关的话，pA的功能也和此功能相关! 这是一个很好的功能预测的方法。
在研究功能的战友一定要试一试！
软件本身和自己的两个数据库整合在一起，(BIND,GRID)数据较全，功能全面，涉及到蛋白质、核酸序列又和GenBank交叉链接，使用户很方便。其中的GRID为Stanfor Universtiy定为默认的查询库！
【功能】蛋白质相互作用网络的可视化系统，可以查询,添加自己的数据
【优势】界面友好，功能全面，和数据库整合较好
【数据库】
有关数据库会有专题介绍
BIND:The Biomolecular Interaction Network Database
GRID: General Repository for Interaction Datasets
【参考文献】Osprey: a network visualization system Bobby-Joe Breitkreutz1, 2, Chris Stark1, 2 and Mike Tyers1
1Address: Samuel Lunenfeld Research Institute, Mount Sinai Hospital, University Avenue, Toronto, M5G 1X5, Canada
Genome Biology ):R22 Correspondence: Mike Tyers. E-mail: tyers@mshri.on.ca
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【作者】Shiwei Sun, et al.
【开发语言】Java
【介绍】a bioinformatics software package to visualize the protein’s interaction and function annotations. The software allows the user to search for information on putative protein interactions and function classes identified by our algorithm or reported in the literature. Yeast protein interaction datasets are included in the software package-PIN(for win9x/2000):
【下载】Protein Interaction Network:
software package(version2.0): (window 2000/xp/me)
winzip format(zip):&
winrar format(rar):&
【数据】Datasets:
Quasi-clique datasets:&
Quasi-bipartite datasets:&
【文献参考】Topological Analysis Results of protein-protein Interaction Networks in yeast, Nucl. Acids. Res. 43-2450 |
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【开发语言】
【介绍】Program for Large Network Analysis
这是一个专业的大型网络分析软件，它不仅仅可以分析蛋白质相互作用网络，什么pathway，代谢网络都可以用它试一试，只要你的数据复合他的格式就行！
【优势】程序中内含多种高级分析方法(算法)，如cluster,vector,hierarchy等
【缺点】不是专门为生物、医学研究设计的，所以对数据库支持很差
【下载】http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/pajek91.exe
【文献参考】An improved version of the paper presented at Sunbelt’97 was published in Connections 21(-57 – V. Batagelj, A. Mrvar: Pajek – Program for Large Network Analysis (PDF; PRISON.KIN).
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【InterViewer】
【作者】B.-H. Ju, B. Park, J. H. Park, and K. Han
【开发语言】
【介绍】运行速度快，界面良好，支持数据库查询，支持多种数据格式！
- Support dividing a graph by the distance from a current node
- Support coloring a graph
- Implement a new layout algorithm
- Support find subset (find subset of graph by template)
- Support union graph (by index or label)
【文献参考】B.-H. Ju, B. Park, J. H. Park, and K. Han, Visualization and Analysis of Protein Interactions, Bioinformatics, Vol. 19, 317-318, 2003.
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【VGJ Graph Drawing Tool】
【作者】Dr. Carolyn McCreary Larry Barowski, Jon Fouss, Shawn Stutzman
【开发语言】Java, Java Applet
【介绍】此软件包是个专业layout软件，但是界面良好，支持多种数据格式！所以用来layout相互作用网络还是不错的，可以画tree,CDG,其中的spring(弹簧平衡)算法很有意思,支持有向图分析！有Java Applet(基于浏览器的Java小程序)和Java application（Java运行程序)，都有源代码，学习Java编程的战友可以研究研究！
【文献参考】N/A
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Graphviz distribution
graphviz is open source licensed software.
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Tulip software
Tulip software is a system dedicated to the visualization of huge graphs. It manages graphs with a number of elements(node and edges) up to 500.000 on a personal computer(PIII 600, with 256mo). Its SuperGraph technology architecture enables to do the following things :
3D visualizations
3D modifications
Plug-in support for easy evolution
Building of clusters and navigation into it
Automatic drawing of graphs Automatic selection of elements
Automatic Metric coloration of graphs
This software is under GPL licence and can be download freely.
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ProViz is a protein-protein interaction graphs visualisation tool. It uses the Tulip library to display graphs.Features:Load and save graphs in Tulip tlp format
Efficient and fast navigation through the graphs
Load Gene Ontology described in XML format
Multiple view of the same graph, each view may be filtered
Possibility to annotate each node and each edge with a comment
Public: Biologist who wishes to explore interaction graphs between biomolecules. These graphs can be produced by database search, conversion of PSI files, computation (predictive method). ProViz provides facilities to navigate through large graphs and biologically relevant exploration fonctions.ProViz is developped for the IntAct project by the LaBRI, Bordeaux, France.
Contact: David Sherman
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给大家推荐一个软件
，它跟前面几个软件不同，除了可视化蛋白质互作网络图以外，它可以在网络里面寻找clique,并且把具有交叠的clique用不同颜色表示出来，不同的clique有功能注释，可以可视化那些重要的hub节点
research 文章发在nature上：Uncovering the overlapping community structure of complex networks in nature and society
软件在bioinformatics上：CFinder: locating cliques and overlapping modules
in biological networks
网址：CFinder (for Windows, Linux and Macintosh) and its
manual can be downloaded from&
传个图给大家看看，很不错
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GeneGo(metacore),
p53的相互作用网络
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Ariadne Genomics(MedScan)
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