如何把seq格式的caj文件转换成pdf格式FASTA格式

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-11-10 08:55 标签： las文件转换成txt格式
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求助-将很多fasta文档转换成.seq格式等
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本人没有编程背景（我系统是win，昨晚刚自学装了perl和Cygwin，目前只会把大侠写的执行命令粘贴过去执行），在此求助各位大侠给我出出主意：情景1：有几万fasta文档放在同一文件夹下，命名都是数字形式，能否将他们的命名改为文档内&后的内容？情景2：能否将数万条的fasta格式批量转化成.seq格式？情景3：若有很多.seq格式的序列能否将他们按照现有名称合并成一个.fasta格式（也就是每个&后的内容都是原来.seq的名字）？问题有点多，大侠们见谅！有主意的出出主意，我们实验室没有做生物信息学的，只好求助大家了，谢谢大家。
不知道邀请谁？试试他们
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前面两个不懂，刚搜到第三个可以用DNAStar的Ediseq将seq文件打开后Export as --fasta
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关于丁香园[转载]Fish亲笔：.ab1或.seq序列文件批量转换合并为fasta
& & 以下为Fish一字字敲出，转载请注明出处，欢迎批评指正。
问题引出：我想将多个.ab1或.seq，批量转换成一个fasta文件,看了论坛上的建议，用BioEdit做了尝试，能实现，但生成fasta中序列表头和原来.ab1文件名不同。比如：sample.ab1
转成fasta得到的表头却是“&E05（下一行是序列）”，可能跟测序公司有关；而我想得到的是这样：“&sample(下一行是序列)”。如何做到一致呢？&
软件：DNASTAR.Lasergene （V7.1版本，支持win8）
这款软件不仅可以满足上述要求，而且对.ab1和.seq格式均支持。
& & 步骤（以.seq为例）：
& & 1.选用EditSeq功能
2.把需要转换合并的文件全选，拖进软件，继续点Just Open
& & 3.运用Export all as one功能
& & 4.以fasta格式保存，完成。
另外，Linux下可用cat语句合并多个fasta文件，举例：cat file1 file2 file3
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&&请问如何将这些序列转化为FASTA格式？
请问如何将这些序列转化为FASTA格式？
老板要求：
根据已经查到的相关的十几个基因的序列，通过NIBC Blast找到相似度较大的序列，一律转换为FASTA的格式。
我在网上查了，这是NIBC的举例：
>gi|129295|sp|P01013|OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (OVALBUMIN-RELATED)
QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAEKMKILELPFASGDLSMLVLLPDEVSDLERIEKTINFEKLTEWTNPNTMEKRRVKVYLPQMKIEEKYNLTSVLMALGMTDLFIPSANLTGISSAESLKISQAVHGAFMELSEDGIEMAGSTGVIEDIKHSPESEQFRADHPFLFLIKHNPTNTIVYFGRYWSP
但我在Blast后筛选到的基因序列中却看不到这样的格式，只看到截图的结果，以及下面的结果：
ORIGIN& && &
& && &&&1 tcaggcaaaa ctcctcagat agtcgggctc ggtactccag ctgatgcacg aaaccgggca
& && & 61 gacatcaatg gcaccatgtt ggatatcgtc ctcggatgcg ccattggggt cgtaacactc
& && &121 cgccttgttt tcgtcatcga aacgaaacac ctcggaaacg ttgtccacgc agagcccgca
& && &181 gcttatgcat tcttccttgt caatccatgg tgccttgatc at
请问如何转换为FASTA格式呢？
给予最简明扼要但又清晰的回答的给予50分的重奖。只回答“见百度”“google一下”或给个网址的视为无效答案，呵呵。
你很给力。:hand::hand:
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&&如何把一个氨基酸序列转化成FASTA格式
如何把一个氨基酸序列转化成FASTA格式
求助！是否可以将一个氨基酸序列转化成FASTA格式？(表达了一个putative endolysin蛋白,用DNAMAN翻译了一下。但是因为要用与MEROPS 数据库查询 必须要载入FASTA格式)
我今天也这样试了一下，好像不行啊
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