wANNOVAR filter过滤所有请求 有哪些

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-11-14 05:43 标签： filter拦截所有请求
ANNOVAR DocumentationAnnovar学习笔记
1:Annovar可以做三件事：
Gene-based
annotation:识别SNP和CNVs是否引起蛋白质编码改变或者是氨基酸，用户可以使用RefSeq
genes, UCSC genes, ENSEMBL genes, GENCODE genes, AceView
genes以及其它注释系统。
Region-based
annotation:识别在特定区域的变异，例如44个物种的保守区域，转录因子绑定位点，ENCODE的甲基化表观遗传位点，CHIP-seq\RNA-seq
Filter-based
annotation:识别变异是否在某些特定数据库中，例如1000
Genome Project, NHLBI-ESP 6500 exomes or Exome Aggregation
Consortium, calculate
functionalities:批量回收特定位置的核苷酸序列，从外显子数据中识别符合孟德尔遗传疾病的gene
list.以上三种功能的实施需要一定的注释数据库支持，Annovar数据库可以通过网络下载。
2:Annovar软件下载地址：
3:Annovar对于人类的注释分析很成熟，但是对于新物种首先建立数据库，使用的是GTF文件和GFF3文件,另外还需要gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具，这两个工具下载地址：
4:实际例子：
mkdir atdb
Arabidopsis_thaliana.TAIR10.27.dna.genome.fa.gz
Arabidopsis_thaliana.TAIR10.27.gtf.gz
gtfToGenePred -genePredExt
Arabidopsis_thaliana.TAIR10.27.gtf
AT_refGene.txt＃建议使用GTF文件不要使用gff文件
table_annovar.pl $PWD/ --vcfinput --out final &buildver AT
--protocol refGene&
输出结果：final.AT_multianno.txt

&建议下载最新版本的Annovar
&参考文献：Yang
H, Wang K. Genomic variant annotation and prioritization with
ANNOVAR and wANNOVAR[J]. Nature protocols, ):
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