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介绍了如何采用 sra-toolkit 下载 sra 文件，但是如果你想下载整个项目的所有样本，应该怎样批量下载呢，下面参考biostar网站的部分回帖，做简单介绍。
R语言 SRAdb 包
source('http://bioconductor.org/biocLite.R')
biocLite('SRAdb')
library(SRAdb)
srafile = getSRAdbFile()
con = dbConnect('SQLite',srafile)
# 列举 SRP026197 项目下的所有样本，并写入sqlite数据库
listSRAfile('SRP026197',con)
sample experiment
SRP026197 SRS449410
SRX311638 SRR913951
SRP026197 SRS449476
SRX311704 SRR914066
SRP026197 SRS449408
SRX311636 SRR913949
247 SRP026197 SRS449508
SRX311735 SRR914158
248 SRP026197 SRS449460
SRX311688 SRR914006
249 SRP026197 SRS449509
SRX311736 SRR914160
# 下载数据
getSRAfile('SRP026197',con,fileType='sra')
命令行工具
首先需要下载NCBI的E-utilities工具，这是NCBI所有数据库的API，提供非常丰富的功能，搜索全部NCBI数据库，之前做pubmed的文本挖掘就是用的这个工具。
E-utilities 安装（貌似这个不行了，还是直接用R语言的包吧）
官方文档：
linux和mac没有问题，windows没有试过。
perl -MNet::FTP -e \
'$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive =& 1); $ftp-&
$ftp-& $ftp-&get("/entrez/entrezdirect/edirect.zip");'
unzip -u -q edirect.zip
rm edirect.zip
export PATH=$PATH:$HOME/edirect
./edirect/setup.sh
参考知识库
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生物数据库
详细列出全部脊椎动物物种的免疫球蛋白、T-细胞受体、主要络合物分子组织相容性。 Marie-Paule Lefranc建立。
国际合作的人类基因计划的基因图谱数据的官方中央陈列馆。
收集有疗效的样本，含DNA和蛋白质序列、基因表示、细胞功能、蛋白质种类以及微生物、植物、人类的分类学数据。
含分类、描述、化学成分、辅因子等信息。
人类乳头状瘤病毒数据库
能迅速找到动物王国中某些独特生灵的资料，如科学分类、趣闻、生物学价值等。
第一个将完成的古代基因数据库
有3500多家由药品公司、大学、生物技术公司组成的生物技术联合体。
加利福尼亚脉管植物的地理学和生态学分布信息。
日本园林的历史、构造、人物、语言、型式、造园过程。
有分类学资料、照片。
有公元前49年至今地中海、加勒比海、大西洋、印度洋、太平洋海啸资料。
有关色彩和视觉研究的文献目录（有摘要）。
控制野火和防火的文献，主要是北美的，特别使美国东南部。
爱达荷大学。
英国卫生部。
所有裸子植物：针叶树、凤尾松等。有描述、范围、分类及其他数据。
序列数据库和帮助研究人员研究流感病毒A、B、C的分析工具。
美国东北部外来植物名称、分类登记、管理信息。
日本蚁分类和大量彩图。
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在世界生物圈保护区和其他保护区脉管植物和脊椎动物的分布状况。
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波兰语和英语。
粒性结膜炎（沙眼）衣原体，支原体，梅毒螺旋体，人类乳头（状）瘤病毒基因数据库。
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按分类学组织。
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加勒比海地区anole许多物种的进化、范围、习性。
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UNDP/世界银行/WHO热带病专项计划资助，澳大利亚Monash大学和Walter&Eliga Hall 医学研究院维护。自原始时代就有疟原虫，可能起源于非洲。蚊子化石可上溯3000万年，说明疟疾的病媒体很早以前就有了。 -
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有交互式Web/Java金属蛋白质站点数据库浏览器。
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按省、品种等检索的数据库
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第一个中英双语PID,1994年。新加坡国立大学。
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约翰.霍普金斯大学。
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Species 2000Species 2000是一个国际合作项目,目的是列出地球上所有已知的各类植物、动物、真菌和微生物的种类,作为全球生物多样性研究的基础数据库。 目前, 该网页给出两个主要超链接:Species 2000介绍, 物种定位, 由物种定位可获知已知物种的学名, 现状及类别。
ARS Databases这里给出了24个与农业有关的数据库的超链接，进入后再分别查询, 有:ARS水数据库，牲畜基因组图, 国家农业图书馆数据库, 食品成分数据,真菌保藏与信息, 玉米基因数据库, 小谷物库, 国家植物种质系统, 作物油料种子库,大豆库, 猪基因组图等。
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