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【云工具】加权基因共表达网络分析工具
​1. 功能与应用
WGCNA是一种从表达数据中挖掘基因模块（module）信息的算法，可以用于分析各种表达谱数据。在该方法中module被定义为一组具有类似表达趋势的基因，如果某些基因在一个生理过程或不同组织中总是具有相类似的表达变化，那么我们有理由认为这些基因在功能上是相关的，可以把他们定义为一个模块(module)。这似乎有点类似于进行聚类分析所得到结果，但不同的是，WGCNA的聚类准则具有生物学意义，而非常规的聚类方法(如利用数据间的几何距离)，因此该方法所得出的结果具有更高的可信度。当基因module被定义出来后，我们可以利用这些结果做很多进一步的工作，如关联性状(随后会以这方面的应用为Example)，代谢通路建模，建立基因互作网络。
结果为分层聚类树，该聚类树的不同分支代表不同的基因模块，模块内的基因共表达程度高，而分属不同模块的基因共表达程度低。可以帮助研究者探索模块与特定表型、生物功能或疾病之间等的关联关系，比如医学领域中可以获得疾病治疗的靶基因的目的。
2. 使用参数说明
​& &
File：输入表达量（FPKM、RPKM、TPM）文件。表达量文件第一列是基因名，第一行是样本名称，文件必须以tab分割。文件内容如下：
3. 结果示例
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以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。用权重基因共表达网络分析识别心脏重构关键节点基因--《共铸医药学术新文明——2012年广东省药师周大会论文集》2012年
用权重基因共表达网络分析识别心脏重构关键节点基因
【摘要】：目的:心肌梗死后的心脏重构是是发生慢性心力衰竭的主要病理基础,而ACE1和ACE2平衡在慢性心力衰竭的发病机制及其治疗中扮有极其重要作用,然而它们的上游调控机制还不清楚。本课题在采用权重基因共表达网络分析方法(WGCNA)挖掘心肌梗死后心脏重构的关键节点基因,并研究其与ACE1和ACE2的关系。方法:从NCBI的GEO下载2个心肌梗死后心脏重构的全基因组表达数据GSE14267和GSE738;数据初处理后,用WGCNA构建基因共表达网络,识别与心脏重构相关的模块与关键节点基因,分析关键节点基因与ACE1的关联性;进一步在动物模型中验证RCAN1与ACE1和ACE2的相关性。结果:分析发现在GSE14267,17个模块中有6个模块与心脏重构显著相关,模块基因显著富集于16条KEGG信号通路。在GSE738,5个模块与心脏重构显著相关,模块基因显著富集于15条KEGG信号通路,其中有10条信号通路与第一组数据结果相同,这些信号通路涉及心肌肥厚病理、氧化磷酸化、代谢等。两组数据结果的高度一致显示WGCNA方法的健壮性和准确性。进一步利用模块内连通性和基因重要性找到了一些心脏重构的关键调控基因,如钙依赖磷酸酶调节子(RCAN1)。RCAN1表达与ACE1表达高度相关(r=0.749,P0.001),但与ACE2不相关(r=0.144,P=0.532)。在动物模型中验证结果与上述结果一致,ACE1在心脏重构中表达增加,而ACE2表达基本没改变。结论:权重基因共表达网络分析方法是一个高效的系统生物学方法,应用本方法发现了心脏重构的关键节点基因,其中RCAN1可能影响ACE1-ACE2在肾素血管紧张素系统中的平衡。
【作者单位】：
【关键词】：
【基金】：
【分类号】：R542.22【正文快照】：
引言心肌梗死(myocardial infarction，MI)是引起致残致死的重要原因。MI后出现以左心室肥大，左心室收缩功能障碍以及左心室纤维化为特征的心脏重构(c ardiacventricular remodeling，vR)，它是发生慢性心力衰竭(C柳)的主要病理基础，严重地影响Ml的预后，所以必须积极预防
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