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用VASP-DFPT+phonopy计算石墨烯声子谱求助
本人用VASP-DFPT+phonopy计算声子谱，下图是我计算得到的石墨烯的声子谱
下图是一篇PRB文章里给出的石墨烯的声子谱（PHYSICAL REVIEW B 77, 08）
两个图形状差不多，也都有一点虚频（很小）。但是仔细观察可以发现，PRB文章算出的声子谱在Gamma点的频率为1586cm-1，而我算出的值为1300cm-1，其他点频率值也都不一样。我不清楚是什么原因，还请高手指导一下。（我测试了一下phonopy给的NaCl的例子，没有问题，会不会是计算二维材料声子谱跟块体材料声子谱的计算有不一样的地方呢？）
我在这里把我算声子谱的过程贴出来给大家分享一下：
（1）优化石墨烯晶格，我用的GGA-PBE，能量判据为10-4eV，力收敛到0.01eV/A。优化得到石墨烯晶格常数为2.4673A。这一步应该没有问题。
（2）按照phonopy给的提示，扩胞，我扩了4*4的胞，a,b方向长度都接近10A，总共32个C原子。利用该超胞计算力常数。K点设定6*6*1。计算力常数的INCAR文件贴出来如下：
SYSTEM = graphene
PREC = Accurate
ISTART = 0
ICHARG = 2
LREAL = .FALSE.
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
ENCUT = 550
EDIFF = 1.0E-8
NELMIN = 4
IBRION = 8
POTIM = 0.2
ISMEAR = 0 !Gaussian
SIGMA = 0.02
IALGO = 38
ADDGRID = .TRUE.
（3）计算完力常数以后，根据phonopy里给出的提示，运行命令：phonopy --fc vasprun.xml，得到文件FORCE_CONSTANTS。
（4）运行命令：phonopy --dim=&4 4 1& -c POSCAR-unitcell band.conf 得到band.yaml文件，然后采用phonopy提供的scirpts程序bandplot得到数据，导入origin画声子谱
band.conf文件设置如下：
ATOM_NAME = C
DIM = 4 4 1
PRIMITIVE_AXIS = 0.25 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.0 0.0 1.0
BAND = 0.0 0.0 0.0 0...0 0.125 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
BAND_POINTS = 200
FORCE_CONSTANTS = READ
谢谢回复。
（1）文献里没说扩的多大胞，这个也就没法比较了。我又重新扩了6*6*1的胞，算出的声子谱只有3支声学波，光学波完全没有。
（2）文献里泛函用的是LDA，我用的PBE。我用LDA重新算了一下声子谱。画出来的Gamma点LO和TO的频率反而变得更小了，只有1000cm-1多一点，与文献的数据1586cm-1差的更多了，很奇怪。。。不知道是什么原因？
LDA泛函画出的声子谱
你这不是应助贴，我没法给你评分
好的，我试试IBRION=6,看看。另外，我刚刚试着讲SIGMA改为0.1，其他的不便，算出来的频率为1520cm-1，跟文献值接近很多了！看来这个参数影响还是蛮大的
我还想请教一下，phonopy里建议IBRION=8，如果IBRION=6，算出力常数以后，仍然使用phonopy照同样的步骤去画声子谱吗？
好的，谢谢，我试试看
请问为何sigma影响这么大？
算声子需要先算Hessian矩阵，也就是总能对原子坐标的二阶偏导。
对于金属，其总能与展宽类型关系很大。VASP手册上明确建议金属用MP型展宽。
了解了，谢谢
你这问题解决了吗？能说一下吗？
扩胞不同，对应band.conf里的设置也有所不同，例如2*2超胞与4*4超胞对应的band.conf是不一样的。4*4的如下
ATOM_NAME = C
DIM = 4 4 1
PRIMITIVE_AXIS = 0.25 0.0 0.0 0.0 0.25 0.0 0.0 0.0 1.0
BAND = 0.0 0.0 0.0 0...0 0.125 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
BAND_POINTS = 200
FORCE_CONSTANTS = READ
2*2的应该如下
ATOM_NAME = C
DIM = 2 2 1
PRIMITIVE_AXIS = 0.5 0.0 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 1.0
BAND = 0.0 0.0 0.0 0..0 0.25 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
BAND_POINTS = 200
FORCE_CONSTANTS = READ
PRIMITIVE_AXIS与BAND这两个参数都有不同。可以这样看，4*0.25=2*0.5=1倍石墨烯单胞晶格常数，所以PRIMITIVE_AXIS这个参数有区别。另外DIM里的数据乘以BAND的坐标应该得到石墨烯单胞的高对称点坐标。所以4*0.*0..333333，如你所知，（0...0）是graphene单胞K点坐标。同理，4*0.125=2*0.25，（0.5,0.0,0.0）是graphene单胞的M点坐标。
以上解释我没法给出确切的物理解释，起到一个方便大家记忆的作用吧
IBRION=6就不是DFPT了吧？
是的，但是都能算，而且给DFPT准确度差不多，但是省内存
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/Lattice_dynamics_via_force_constant_approach.html
我一般不设置这个参数，如果自己不是特别清楚，容易出错。建议用原包来扩胞，而不是惯用原胞，结果是一样的，然后就不用设置这个参数了。
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随时随地聊科研VASP+Phonopy-supercell 法计算声子谱
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|系统分类:|关键词:计算 谱
1. 首先得到力FORCE_SETS，操作为： phonopy -f vasprun.xml-00*2. 得到态密度和带结构a. 得到态密度所需文件及操作 &所需文件： mesh.conf FORCE_SETS POSCAR（扩胞前的Unitcell）
&其中mesh.conf内容如下：ATOM_NAME = ScDIM = 3 3 2MP = 8 8 8 & 操作为： phonopy -p --factor=521.471 mesh.confb. 得到带结构所需文件及操作 &所需文件：band.conf FORCE_SETS POSCAR（扩胞前的Unitcell） & &其中band.conf内容如下：ATOM_NAME = ScDIM = 3 3 2BAND= &0.000 &0.000 &0.000 & &0.000 &0.000 &0.500 & & -0.333 &0.667 &0.500 & &-0.333 &0.667 &0.000 & 0.000 &0.000 &0.000 &0.000 &0.500 &0.000 & &0.000 &0.500 &0.500 & -0.333 &0.667 &0.500 & 操作：1） phonopy -p --factor=521.471 band.conf &得到band.yaml & & &2) &bandplot --gnuplot &PhononBAND.dat &将band.yaml转化为可用orgin绘图的数据文件 &
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Phonopy 计算声子谱
1. Phonopy 简介
Phonopy 是一个由 python 实现的的晶体声子分析程序。它是目前提供了 VASP 的 Wien2k 的接口用来计算原子受力。它的主要功能有：
计算声子色散谱；计算声子态密度，包括分立态密度；声子热力学性质，包括自由能，热容量，焓；
Phonopy 通过力常数的方法计算声子谱。力常数由计算原子在超晶胞中被移动后的受力得到(Parlinsk-Li-Kawasoe 方法)。
同样类型的程序还有 phon, fropho, phonon. 其中 phonon 是商业软件，卖的很贵，fropho 和 phonopy 的代码其实都是来自于 phon, fropho 是为了代替 phon 而开发的，目的是为了使用 phon 更方便，phon 和 fropho 主要都是由 fortran 开发的，而现在 fropho 已经停止开发，由 python 开发的 phonopy 代替了 fropho, phonopy 在使用上更为方便，在计算量上更为减少。因为 phon, fropho 和 phonon 在移动原子位置时都是一次只移动一个原子的一个方向，而 phonopy 则可以一次移动一个原子的多个方向，所以和其它程序相比, phonopy 最多可以减少 2/3 的计算量。
2. Phonopy 的安装
phonopy 主要由 python 开发，其中的找晶体空间群功能是由 C 语言(spglib)实现。在安装 phonopy 时需要安装以下它所依赖的软件包：
Python 的开发包numpy , numpy-devmatplotlibpython-lxmlpython-yaml
如果是使用的 Ubuntu/Debian 系统只需：sudo aptitude install python-dev python-numpy \python-matplotlib python-tk python-lxml python-yaml
如果是 OpenSUSE 则可以去 http://software.opensuse.org/search 搜索下载安装相关软件包。
去 https://sourceforge.net/projects/phonopy/ 下载 phonopy 的最新软件包.
解压后进入 软件包的 c 目录，
supython setup.py install
编译安装所需要的 python 模块。
将 PATH/phonopy-0.6.1 $PATH 里：比如： export PATH=~/opt/phonopy-0.6.1:$PATH
3. Phonopy 的简单使用
下面我以 BC5 为例说明如何和 VASP 做接口计算声子谱：
a, 建立超胞
准备 POSCAR 文件单胞和原胞都可以
准备 INPHON 文件
ATOM_NAME = B CNDIM = 2 2 1LSUPER = .TRUE.
简单说明：第一行为原子符号名 B C ，注意要和 POSCAR 中的顺序相同。第二行为要建的超胞的维数。第三行是指要建立移动原子的 POSCAR.
然后输入命令：phonopy.py
就会输出 DISP, POSCAR-* (001, 002, 003, …)在本例出会输出 12 个 POSCAR-*, 依次为 POSCAR-001,…POSCAR-012
b, 计算力常数
将这些 POSCAR-* 做 SCF, 将输出文件 vasprun.xml 保存下来。我的计算脚本为：#!/bin/sh
for a in 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12docp POSCAR-0$a POSCAR/opt/intel/impi/3.1/bin64/mpiexec -n 8 /share/apps/vasp/bin/vaspmpi_mkl10_O1 >>out.vasp 2>>err.vasp &waitcp vasprun.xml vasprun.xml-0$adone
我的 INCAR 为：
SYSTEM = BC5PREC = AccurateENCUT = 520EDIFF = 1e-5NSW = 0ISMEAR = 0SIGMA = 0.05LCHARG = FALSELWAVE = FALSE
这样计算结束后会得到 vasprun.xml-001, …, vasprun.xml-012
然后，执行命令：phonopy.py -f vasprun.xml-*
就会得到文件 FORCES
c, 得到声子谱
有了文件 FORCES 后就可以计算声子谱了，这时将 INPHON 改为以下内容：
ATOM_NAME = B CNDIM = 2 2 1ND = 7NPOINTS = 51QI = 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5QF = 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.5简单说明：ND 是指有几条路径；NPOINTS 是指在每两个高对称性点间插入多少个点，包括边界；QI 和 QF 给出路径的起始和结束点。
其中我用的 Q 点顺序为：0.0 0.0 0.5 Z0.0 0.5 0.5 T0.0 0.5 0.0 Y0.0 0.0 0.0 G0.5 0.5 0.0 S0.5 0.0 0.0 X0.5 0.0 0.5 U0.5 0.5 0.5 R
执行 命令phonopy.py -p
即可画出声子谱， 如果执行 phonopy.py -p -s 即可将声子谱曲线保存为 PDF 文件。其中 声子谱的数据是以 yaml 格式保存在 band.yaml 里的。
如果你想用 Origin, Qtiplot, Xmgrace 等工具画图的话，可以用我写的 python 脚本，(http://www.zhuli.name/file/readband.py) 将 band.yaml 转换一下，输出文件有两个 band.dat, qpoint.dat.其中 band.dat 是声子谱数据， qpoint.dat 是高对称性点的数据。
以上只是 phonopy 的其本用法，如果要计算声子态度度和热力学性质的话可以参考http://phonopy.sourceforge.net 上的文档，还是比较简单的。
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请登录后评论。再谈phonopy计算声子谱虚频的处理方法
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|个人分类:|系统分类:
关注：1） 虚频的物理意义？波矢量？ 特征值？ &动力学矩阵的含义？2） 什么样的虚频可以调节？ &振动模式的可视化3） 什么样的不可调节，必须更新结构预测4） 方法有三个： & &a. modulation 调制：得到一系列结构，计算单点能获得能量最低结构 【尚未尝试】 & &b. 分子动力学处理：扩胞后，分子动力学跑以期得到能量更低结构，找出对称性，优化，扩胞后再计算声子谱 & &分子动力学跑的过程中可以设计一个脚本把每一步的POSCAR保留下来，看能量在哪一步最低，找到能量最低的构型，拿出来优化即可得到一个较为稳定的构型。
& &用到的命令：grep 'energy &without ' OUTCAR& 运行分子动力学处理虚频问题，在某一步得到了最低能量值，请问如何编写一个脚本把该能量值对于的POSCAR提取出来？Hanyu Liu &0:04:10XDATCAR vasprun.xml 都有某一步的位型。可以提取出来。small &0:32:26感觉，前面的晶格矢量都是一样的，改变的只是原子位置，Direct configuration= & & 5.....Direct configuration= & & 2000&Hanyu Liu &0:35:29vaspun 中，我也没注意过。我一般在XDATCAR里找。small &0:36:16嗯，XDATCAR中较直观，谢谢；祝美国工作愉快&& & &c. 类似于软膜的处理： & &找出最大虚频如K(1/3,1/3,0)，扩胞成(3,3,1)，即将K点移动至Gamma点； & &计算gamma点声子谱(IBRION=6)，找到最大虚频点，将x/y/z+dx/dy/dz，得到笛卡尔坐标形式的POSCAR； & &优化后，再计算gamma点声子谱，重复上述步骤，反复进行x/y/z+dx/dy/dz，直至gamma点虚频可忽略； & & 从而找到能量最低的且动力学稳定的结构，导入castep找出对称性，优化后，扩胞后再计算声子谱 ；如确认消除虚频，则在不同压力点优化，得到焓值，与之前结构的焓值比较，看是否也热力学更稳定 &System = ScH3-P63mmc-0GPREC = AccurateENCUT = 400.0LREAL = .FalseISMEAR = 1EDIFF = 1E-7#PSTRESS = 2500IBRION = 6LWAVE = .FALSELCHARG = .FALSEADDGRID = .TRUE 5） 计算声子谱的方法有三种 & a. 超胞法 & b. DFPT方法 & c. 只计算gamma点声子频率，IBRION=6&& &分子动力学方式处理虚频脚本摘录1： &Thanks to YKT:& SYSTEM = bccEDIFF = 2e-5NSW = 2000IBRION = 0POTIM = 1.5TEBEG =400ISMEAR = 0SIGMA=0.05LCHARG=FLWAVE=FNELMIN=6KBLOCK=1NBLOCK=5ISIF=2SMASS=2.0& &modulation 调制处理虚频脚本摘录1： &Thanks to YKT:for a in 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2 1.4 1.6 1.8 2.0 2.2 2.4 2.6 2.8 3.0 3.2 3.4 3.6 3.8 4.0 4.2 4.4 4.6 4.8 docat & INPHON_$a && EOFATOM_NAME =N HDIM= 4 4 4 MODULATION=1 &2 1, &0.00 &0.50 &0.00 &1 $a & &【 1 $a ； 1的含义仍不清楚】EOFphonopy INPHON_$a --tolerance=0.001 cp MPOSCAR-001 MPOSCAR-001-$adone&&&&&& 脚本摘录2：Thanks must be give to ZCY:&&for a in 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2 1.4 1.6 1.8 2.0 2.2 2.4 2.6docat & INPHON_$a && EOFATOM_NAME =B MoDIM= 2 2 2MODULATION= 0. 0. 0. 1 &1 1,1 $a 【gama点0,0,0；不用扩胞所以是1 1 1； 沿1个方向，按a所代表的数值移动；若两个方向需移动，则写成1 &$a， 2 $a】EOFphonopy INPHON_$a &【这个命令是什么意思？】cp MPOSCAR-001 MPOSCAR-001-$a & 【得到一系列POSCAR....】cp MPOSCAR-002 MPOSCAR-002-$acp MPOSCAR MPOSCAR-$adone&下面的脚本表示对上面所得到的MPOSCAR-002-$a做单点计算得到能量最低的结构vi job for pressure in 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2 1.4 1.6 1.8 2.0 2.2 2.4 2.6docp MPOSCAR-001-$pressure POSCARmpirun -np 8 ~/bin/vasp &/dev/null & logcp OUTCAR OUTCAR_$pressuredone&单点计算INCAR设置如下：& cat &INCAR SYSTEM = Various- local optimisationPREC = AccurateENCUT = 500.0EDIFF = 1e-5#IBRION = 1#ISIF =3 #NSW = 100ISMEAR = 1SIGMA = 0.2POTIM = 0.100#No writing charge density and wavefunctionLCHARG = FALSELWAVE = FALSE#Target PressurePSTRESS = 0#Finer optimizationEDIFFG = 1e-5#ParallelisationNPAR = 1EDIFFG = -0.001网络摘录：&更仔细的说说吧，在高对称性位置点存在虚频往往相对好解决。1. 在G点存在虚频，这是最好解决的，直接做结构优化消除&2. 在非G点的高对称性点存在虚频，需要做相应的单胞增倍。 & & &比如说立方的(0.5,0,0)处存在虚频，这实际上表明结构存在自发的对称性降低，因此需要将单胞在a方向上增倍，变成2*1*1单胞去做优化，这样就可以观察到优化后对称性降低的有序结构。&&如果是在(0.5,0.5,0)处存在虚频，这就需要将单胞在a和b方向上增倍，变成2*2*1单胞做优化。 如果不是高对称性位置存在虚频，这个处理其实类似于上面2中的处理，比如说(1/3,0,0)这种，变成3*1*1单胞还是可以解决的。【0都弄成1？】无法解决的是无共度调制这种有序不发生在单胞的整数倍上的结构。&: Originally posted by zyl雨田 at
11:01:17谢谢你的耐心解答，这个就是我计算出来的声子谱。它并不是在某个点处产生虚频，而是一部分的区域都有虚频，虚频最大值处在0 0 0.28处。并不是整数倍，这样说来 是无法解决的了？_C84V_8G(WBY(JA}4AW4~AL.jpg ... 某支声学支的啊。。。 你可以看看声学简正模对应的原子移动是怎么样的，然后在结构中人为引入这种畸变吧。因为计算软件在结构优化过程中一般是固定初始结构的空间群，所以往往无法产生自发结构对称性的破坏。&&摘自phonopy手册&&Create modulated structureMODULATIONThe MODULATION tag is used to create a crystal structure with displacements along normal modes at q-point in the specified supercell dimension.Atomic displacement of the&j-th atom is created from the real part of the eigenvectors【特征向量】 with amplitudes【振幅】 and phase factors aswhere
is the amplitude, &【从哪里可获取这些数值？】& is the phase, and
is the mass of the j-th atom,& is the q-point specified,
is the position of the j-th atom and in the l-th unit cell, and
is the j-th part of eigenvector.&& & & &Convention of eigenvector or dynamical matrix employed in phonopy is shown in .&&If several modes are specified as shown in the example above, they are overlapped on the structure.&& & The output filenames are MPOSCAR.... Each modulated structure of a normal mode is written in MPOSCAR-&number& where the numbers correspond to the order of specified sets of modulations. &&MPOSCAR is the structure where all the modulations are summed. MPOSCAR-orig is the structure without containing modulation, but the dimension is the one that is specified. Some information is written into modulation.yaml.Usage（1）The first three values correspond to the supercell dimension. 【3 3 1】 （2） The following values are used to describe how the atoms are modulated. &Multiple sets of modulations can be specified by separating by comma ,. &In each set, the first three values give a Q-point in the reduced coordinates in reciprocal space【倒空间可约坐标？】.&&Then the next three values【1/3 1/3 0 1 2】 are the band index from the bottom with ascending 【上升的】order, amplitude, and phase factor 【在此处phase &factor没给出】in degrees.& The phase factor is optional. If it is not specified, 0 is used.&Before multiplying user specified phase factor, the phase of the modulation vector is adjusted as the largest absolute value, , of element of 3N dimensional modulation vector to be real. The complex modulation vector is shown in modulation.yaml.&MODULATION = 3 3 1, 1/3 1/3 0 1 2, 1/3 1/3 2 3.5MODULATION = 3 3 1, 1/3 1/3 0 1 2, 1/3 0 0 2 2MODULATION = 3 3 1, 1/3 1/3 0 1 1 0, 1/3 1/3 0 1 1 90 &Characters of irreducible representations of phonon modesIRREPSCharacters of irreducible representations (IRs) of phonon modes are shown. For this calculation, a primitive cell has to be used. If the input unit cell is a non-primitive cell, it has to be transformed to a primitive cell using PRIMITIVE_AXIS tag.The first three values gives a q-point in reduced coordinates to be calculated. &The degenerated modes are searched only by the closeness of frequencies. The frequency difference to be tolerated is specified by the fourth value in the frequency unit that the user specified.IRREPS = 0 0 0 1e-3Only the databases of IRs for a few point group types at the
point are implemented. If the database is available, the symbols of the IRs and the rotation operations are shown.SHOW_IRREPSIrreducible representations are shown along with character table.IRREPS = 1/3 1/3 0SHOW_IRREPS = .TRUE.LITTLE_COGROUPShow irreps of little co-group (point-group of wavevector) instead of little group.IRREPS = 0 0 1/8LITTLE_COGROUP = .TRUE.&&Dynamical matrixIn phonopy, a phase convention 【约定，惯例】of dynamical matrix is used as follows:where
is the atomic mass and
is the wave vector【波矢量？！】. An equation of motion is written aswhere the eigenvector of the band index
is obtained by the diagonalization of :The atomic displacements
are given aswhere
are the creation and annihilation operators of phonon,
is the reduced Planck constant, and
is the time.类似于软膜处理方法备忘-OUTCAR中部分内容摘录与解析 Dimension of arrays: & k-points & & & & & NKPTS = & & &6 & k-points in BZ & & NKDIM = & & &6 & number of bands & &NBANDS= & &248 & number of dos & & &NEDOS = & &301 & number of ions & & NIONS = & & 72 & non local maximal &LDIM &= & & &8 & non local SUM 2l+1 LMDIM = & & 32 & total plane-waves &NPLWV = 307200 & max r-space proj & IRMAX = & & &1 & max aug-charges & &IRDMAX= 288919 & dimension x,y,z NGX = & &80 NGY = & 80 NGZ = & 48 & dimension x,y,z NGXF= & 160 NGYF= &160 NGZF= & 96 & support grid & &NGXF= & 320 NGYF= &320 NGZF= &192 & ions per type = & & & & & & &54 &18 NGX,Y,Z & is equivalent &to a cutoff of &11.60, 11.60, 11.63 a.u. NGXF,Y,Z &is equivalent &to a cutoff of &23.20, 23.20, 23.26 a.u. I would recommend the setting: & dimension x,y,z NGX = & &75 NGY = & 75 NGZ = & 45 &【采用推荐值怎么样？ 是不是不设置该参数，则程序自动采用推荐值？】***************energy-cutoff &: & & &400.00 &volume of cell : & & &781.45 & &
direct lattice vectors & & & & & & & & reciprocal lattice vectors & &11. &0. &0. & & 0. &0. &0. & &-5. &9. &0. & & 0. &0. &0. & & 0. &0. &6. & & 0. &0. &0. &length of vectors & &11.. &6. & & 0. &0. &0.& k-points in units of 2pi/SCALE and weight: K-Points & & & & & & & & & & & & & & & & & 0... & & & 0.037 & 0... & & & 0.222 & 0... & & & 0.074 & 0... & & & 0.074 & 0... & & & 0.444 & 0... & & & 0.148& k-points in reciprocal lattice and weights: K-Points & & & & & & & & & & & & & & & & & 0... & & & 0.037 & 0... & & & 0.222 & 0... & & & 0.074 & 0... & & & 0.074 & 0... & & & 0.444 & 0... & & & 0.148position of ions in fractional coordinates (direct lattice)
& 0... & 0... & 0... & &...... & 0... & 0... & 0... position of ions in cartesian coordinates &(Angst): &0... & 3...& &7... &........ &-1... & 1... & 5...*********215 f/i= & &7.469225 THz & &46.PiTHz &249.146526 cm-1 & &30.890243 meV & & & & & & X & & & & Y & & & & Z & 【对应笛卡尔坐标】 & & & &dx & & & & &dy & & & & &dz & & &0...146275 & & 0.000000 & -0.000000 & -0.184253 & & & &3...146275 & &-0.000000 & -0.000000 & &0.297550 & & & &7...146275 & & 0.000000 & -0.000000 & -0.113297 & & &.......... &
&-1...715425 & &-0.000000 & -0.000000 & &0.000000 & & & &1...715425 & &-0.000000 & &0.000000 & &0.000000 & & & &5...715425 & &-0.000000 & &0.000000 & -0.000000 && 216 f/i= & &7.469225 THz & &46.PiTHz &249.146526 cm-1 & &30.890243 meV & & & & & & X & & & & Y & & & & Z & & & & & dx & & & & &dy & & & & &dz & & &0...146275 & &-0.000000 & &0.000000 & -0.237202 & & & &3...146275 & & 0.000000 & &0.000000 & -0.040966 & & & &7...146275 & & 0.000000 & &0.000000 & &0.278169 & .......... & &
-1...715425 & & 0.000000 & &0.000000 & -0.000000 & & & &1...715425 & & 0.000000 & -0.000000 & &0.000000 & & & &5...715425 & &-0.000000 & -0.000000 & &0.000000 && ELASTIC MODULI CONTR FROM IONIC RELAXATION (kBar)【与声子谱虚频有何对应关系？】 Direction & &XX & & & & &YY & & & & &ZZ & & & & &XY & & & & &YZ & & & & &ZX -------------------------------------------------------------------------------- XX & & & &-161.3730 & &152.5077 & & 17.6648 & & -0.0000 & & &0.0000 & & -0.0000 YY & & & & 152.5077 & -161.3730 & & 17.6648 & & -0.0000 & & -0.0000 & & &0.0000 ZZ & & & & &17.6648 & & 17.6648 & &-70.3967 & & &0.0000 & & &0.0000 & & -0.0000 XY & & & & &-0.0000 & & -0.0000 & & &0.0000 & -156.9404 & & &0.0000 & & &0.0000 YZ & & & & & 0.0000 & & -0.0000 & & &0.0000 & & &0.0000 & & -5.0821 & & -0.0000 ZX & & & & &-0.0000 & & &0.0000 & & -0.0000 & & &0.0000 & & -0.0000 & & -5.0822 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- &LATTYP: Found a hexagonal cell. ALAT & & & = & &11. C/A-ratio &= & & 0. & &Lattice vectors: & A1 = ( &11., & 0., & 0.) A2 = ( &-5., & 9., & 0.) A3 = ( & 0., & 0., & 6.)Analysis of symmetry for initial positions (statically):===================================================================== Subroutine PRICEL returns following result:& &LATTYP: Found a hexagonal cell. & ALAT & & & = & & 3. C/A-ratio &= & & 1. & &Lattice vectors: & A1 = ( & 3., & 0., & 0.) A2 = ( &-1., & 3., & 0.) A3 = ( & 0., & 0., & 6.)& & 9 primitive cells build up your supercell.& Routine SETGRP: Setting up the symmetry group for a
hexagonal supercell. Subroutine GETGRP returns: Found 24 space group operations (whereof 12 operations were pure point group operations) out of a pool of 24 trial point group operations.The static configuration has the point symmetry D_3d. The point group associated with its full space group is D_6h.Analysis of symmetry for dynamics (positions and initial velocities):===================================================================== Subroutine PRICEL returns following result:& &LATTYP: Found a hexagonal cell. ALAT & & & = & & 3. C/A-ratio &= & & 1. & &Lattice vectors: 【对应扩胞前的POSCAR】 &&A1 = ( & 3., & 0., & 0.) A2 = ( &-1., & 3., & 0.) A3 = ( & 0., & 0., & 6.)& & 9 primitive cells build up your supercell.& Routine SETGRP: Setting up the symmetry group for a
hexagonal supercell. Subroutine GETGRP returns: Found 24 space group operations (whereof 12 operations were pure point group operations) out of a pool of 24 trial point group operations.The dynamic configuration has the point symmetry D_3d. The point group associated with its full space group is D_6h.Analysis of magnetic symmetry:===================================================================== Subroutine MAGSYM returns: Found 24 space group operations (whereof 12 operations were pure point group operations) out of a pool of 24 trial space group operations (whereof 12 operations were pure point group operations) and found also & & 9 'primitive' translationsThe magnetic configuration has the point symmetry D_3d. The point group associated with its full space group is D_6h.初始扩胞前 POSCAR 1.00 & &
&3.9999 & &0.0000 & &0.0000 & &-1.9999 & &3.9998 & &0.0000 & & 0.0000 & &0.0000 & &6.0003 & & 6 & & 2Direct &0.0 &0.0000 &0.0 &0.0000 &0.9 &0.0028 &0.1 &0.9990 &0.1 &0.0010 &0.9 &0.9965 &0.9 &0.0000 &0.1 &0.0000&&
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