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5月24日，英国《自然》杂志发布名为《自然出版指数2011中国》（Nature Publishing Index 2011 China）的报告。深圳华大基因成为中国十大科研机构排名中唯一入选的深圳机构，也是唯一一家民营机构。该报告列出了2011年中国十大科研机构的排名，前十名分别为：中国科学院、中国科学技术大学、北京大学、清华大学、香港科技大学、厦门大学、上海交通大学、香港大学、南京大学和深圳华大基因。这其中，深圳华大基因是深圳唯一入选机构。《自然出版指数2011中国》也提供了城市的排名。在发表高质量的科研论文方面，2011年中国十大城市依次是北京、上海、合肥、香港、南京、武汉、厦门、杭州、深圳和西安。这十个科研城市在《自然》系列期刊上发表论文的总量约占全国86％，并拥有2011年二十大科研机构中的19所。报告对科研经费、科研机构和城市如何促进了中国科研的急剧发展提供了深入的分析。报告指出，中国目前在《自然》系列期刊上发表论文的比率已经超过6%。大量数据表明，中国在发表论文和科学研究两方面快将成为全球的领导者。报告利用ISI数据作出了新的分析，发现在全球最有影响力的论文中，也就是引用率最高的1％的论文当中，超过10%是由中国科学家发表的。
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