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初学者请教几个关于VASP计算分子动力学的问题
之前一直用VASP做基础的构型优化、表面吸附等基态性质计算&&最近开始尝试进行AIMD计算&&主要模拟矿物表面溶剂化和离子分子水合构型。现有如下几个疑问&&还望不吝赐教:hand::hand::hand:
1. 现用VASP版本为5.2.2& &进行AIMD计算需要重新编译软件或修改makefile文件吗?
2. 按照http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=4915756&fpage=1&target=blank 提供的算例输入文件尝试模拟了一个10倍体H2O分子簇&&分别设置了1000步和3000步&&一直未达到收敛&&求分析(INCAR如下)
3. 针对我的主要计算内容,VASP-AIMD的一般计算步骤是什么?数据结果分析一般如何进行?
多谢各位!!!
QQ截图58.jpg
hahaha。。。。好MM
这是log输出的最后几个离子步&&电子步整个都很容易收敛。还有就是通过看哪个参数可以近似预判离子步的收敛性&&多谢!
QQ截图05.jpg
你这个MD应该已经完成了呀,我之前的说法有问题,MD的离子步没有收敛一说,跑完就可以了
哦 原来是这样。&&那这个NSW的步数设置有啥讲究没 到底是设置多少步合理? 是不是很据总的simulation time&&比如说2ps&&time step设为1fs&&则NSW=2000&&是这个意思嘛??
这个设置一要看文献,二要看体系的是否已经达到平衡
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=8078160
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=8122404
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=3352981
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=7294762&target=self&page=3
为什么要弛豫呢 ?分子动力学模拟之后构型不就完全变了吗 、
初始结构必须合理
初始结构肯定是合理的啊 ,如果优化的话,ISIF 怎么设置呢 ?
就是结构弛豫呀,这有啥好说的,手册上都有
哦 刚学vasp 模拟MD,主要是想模拟加热淬火,再想请问下那个具体的步鄹。看了文献上面说的不是很详细。
手册上都有
只有几句话,没有具体的说明
我说的是英文手册……
我说的就是英问手册上的examples&&里面有一个simulate annealing 但是只有几句话 ,也没有算例
那就先去看看MD的书,再看手册
好吧 ,多谢指导
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LPLANE=.TRUE.
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&&NCORE =12
LPLANE = .TRUE.
NCORE = 24
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请问怎样设置,才能在vasp并行计算时,把所有核心都用上?谢谢!
谢谢指导,准备关掉超线程了,多谢!
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rank 2 in job 1 h caused collective abort of ranks
exit ststus of rank 2:return code 41
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-------------------------------------------
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-------------------------------------------
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