bioedit使用说明_图文_百度文库
两大类热门资源免费畅读
续费一年阅读会员，立省24元！
bioedit使用说明
上传于|0|0|暂无简介
阅读已结束，如果下载本文需要使用1下载券
想免费下载本文？
定制HR最喜欢的简历
下载文档到电脑，查找使用更方便
还剩73页未读，继续阅读
定制HR最喜欢的简历
你可能喜欢扫二维码下载作业帮
2亿+学生的选择
下载作业帮安装包
扫二维码下载作业帮
2亿+学生的选择
怎么利用bioedit做序列的比较
扫二维码下载作业帮
2亿+学生的选择
首先要把所有的序列复制到windows自带的记事本中,全部以fasta格式存到同一个文件中,保存成*.txt,序列内部最好不要有空格或者换行.序列格式举例如下：“>序列1ATCG.ATCG>序列2ATCG.ATCG>序列3ATCG.ATCG>序列4ATCG.ATCG” 然后用Bioedit打开刚才保存的文件*.txt,点击窗口上方的Accessory application菜单,再点击clustelW multiple alignment,这时候会弹出一个窗口,直接选择Run clustalW,又弹出一个窗口,选择ok,等待结果就行了.最后的比对结果可以保存成*.fas格式,适用于各种分析.
为您推荐：
其他类似问题
首先将序列文件以fasta格式导入，打开后，先选择要比较的序列，然后点最上面的Accessory application，再点击clusterW multiple alignment，就可以做序列的对位排列了。还有不懂的继续问。
扫描下载二维码你可以通过在Name中键入想要的组名并按下Add；DeleteGroup(s)来删除分组；Verbalconfirmationofsequ；序列的逐字检验如果你在单一序列编辑器中手动键入一；想要在单一序列编辑器中再次阅读序列选择Edit-；注意这只能应用于单一序列编辑器在单一序列编辑器中；Validresiduecharactersvs；Options-&g
你可以通过在Name中键入想要的组名并按下Add按钮来进行分组将会创造一个新的组但是没有任何序列在其中为了在一个组中增加序列在Group目录中选择组的标题从标题为Available sequences not in a group的右边目录中选择想要的序列标题并按下&&按钮每一组都有一个描述和颜色排列窗口中的标题背景将根据组色来着色你可以通过在Group 目录中点击序列使其增亮并按下
Delete Group(s)来删除分组
Verbal confirmation of sequences
序列的逐字检验 如果你在单一序列编辑器中手动键入一个小序列例如一个存储在文件中的用于合成的初级序列它有时别人帮助你再次阅读序列就像你一个碱基一个碱基的检验如果没有人阅读你的序列BioEdit将在单一序列编辑器中缓慢的重新阅读序列进行阅读的碱基亮度增加氨基酸序列也可以阅读
想要在单一序列编辑器中再次阅读序列选择Edit-&Read Sequence Back (Press escape to cancel)
注意这只能应用于单一序列编辑器在单一序列编辑器中打开一个序列双击它的标题或点击它的标题增加其亮度并选择Sequence-&Edit Sequence
Valid residue characters vs non-residue characters有效的残基字符 VS 非残基字符 一个研究员可能希望使用序列中的不是常规定义的字符它们是不明确的或者只是有一个位置但是不知道是一个残基还是一个缺口因为这个原因有一个选项可以明白的对字符进行定义可以定义为适合进行类似性描影等计算和产生单位矩阵对于氨基酸序列和核酸序列有不同的目录想要看见或改变当前的关于真实残基的设置选择
Options-&Preferences-& General下列屏幕将会显示
核酸字符的默认设置是AGUCT-~.氨基酸的默认设置是ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY-~. 默认值中包含缺口字符但是可以通过在左边框中选择它们并按下&&按钮将其移出左边框来删除它们不管缺口字符是否像有效残基
一样进行描影计算-~和.字符将被内部认为是缺口同样尽管缺口可能为了计算而被包括它们可能被认为是一个错配并且是由两个同源序列位点的不同而导致的一个包含碱基另一个没有
或者另一个是一个插入点缺口始终不能进行同一性描影因为它们不是真正的物理实体记住所有的字符都是分别经过有效残基VS非残基字符处理过的所以图国所有缺口字符经过检验-~和.它们所有必须同时存在于氨基酸和核酸的有效残基目录中
Locking a sequence to prevent accidental edits
锁定序列以防止意外的编辑
可以锁定一个序列防止在排列窗口中或在单一序列编辑窗口中在序列中滑动残基或插入键入字符如果是已被分组的序列手动排列一个序列只通过滑动而不是通过鼠
标右键点击增加或删除缺口这个组中的其他序列也同样闭锁如果并只是如果序列组的组排列是锁定的想要锁定序列通过双击标题或增加标题亮度在单一序列编辑器中打开序列并选择
Sequence-&Edit Sequence在编辑框中点击框按下Apply and Close按钮
Anchoring a column to protect aligned regions
锚定排列栏以保护排列的残基 这有时可以帮助锁定一个排列栏而不用忧虑意外的移动序列位置尽管可以关闭当前窗口BioEdit因此允许锚定必要的栏以保护排列中的残基使你不会弄乱它想要锚定一个栏按下add / remove column anchors按钮用鼠标点击你想要锚定的栏想要锚定一个全部区域增加一个栏锚定你要保护的区域的每一边如果你想要确定没有排列可能在这个区域内只是在每一边增加了一个锚定不要选择所有序列标题选择区域中的所有残基通过鼠标拖动区域内的直条增加区域的亮度选择
Sequence-&Gaps-&Lock Gaps
锁定区域内的所有缺口区域可以被有效地锁定直到锚被删除或者按下
ignore anchors按钮 想要删除锚按下按钮点击一个现存锚以删除它
你可以按下ignore 如果你想要在一个锚定区域内调整排列,但是不想重新安排所有的锚column anchors
按钮进行你的调整在调整完成后重新点击
ignore column anchors按钮使锚重新启动
注解 任何序列都可以产生一个注解只在排列窗口中产生一个空间但是不参与描影或计算也不像一个真实序列一样被计算而且一个注解被内部处理就像另一个序列在一些情况下被简单忽略和在主排列文件窗口中显示斜体任何有效的ASCII字符可以在注解中被键入想要创造一个注解简单的创造一个新的序列
Sequence-&New Sequence在单一序列编辑器中将它的Type变为
Phylogenetic Tree Viewer
BioEdit5.0.6版本包含一个非常根本的系统树图
phylip格式树的文件同样多树可以直接连接排列文件最多50个树可以连接到一个排列系统树信息连同当前的节点和分支模式一起保存为BioEdit文件模式树图同样允许交换节点在不改变发展史的情况下保存打印编辑标签观看带有或不带有距离信息的树图然而只有矩形的进化树图当前是可用的在二者选一的格式选项中我推荐使用TreeView它能够用于http:://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html的Roderic Page可以随BioEdit安装TreeView1.5.2版本在BioEdit安装文件夹中可以找到TreeView.zip文件
想要在BioEdit中打开一个phylip树只要在程序的任何位置选择File-&OpenBioEdit可以自动的判断出它是一个树图文件并适当的打开它
下面是一个树图显示在BioEdit中的样子
在它的连接处可以交换树周围的你可以在任何节点点击鼠标节点有一个小正方形
节点当保存树的全部分支模式和距离时这将颠倒所有下游节点和枝叶的位置在每一个分支末端的最后标签
想要编辑标签用鼠标点击屏幕上的标志标签将会进入编辑模式将会变为完全被选择你可以键入你想要用来替代的标签做完后可以用鼠标选择树图窗口中不同的放置位置或者按下enter键想要取消编辑按下Esc键
注意树图有时会在一个节点连接两个以上的分支我已经注意到使用Phylip程序编写的树图有时有三个分支直接从第一个节点连出BioEdit树图允许一个以上的分支从每一个节点连出最多10个事实上也比较安全但是当一个来源于文件的树直接在BioEdit树图视窗中打开时如果树的节点有多于两个分支它将通过在每一点创造一个距离为0的额外节点将有多于一个分支的节点自动修改为一个完全的二进制树树的布局不会改变在打开的树之上树被重复每一个分支移动到自己节点的两个节点以后新的节点来自于亲代距离为
0直到没有有两个分支的节点存在然而当将一个树导入BioEdit
排列中时将不会执行这个转变树将会直接导入它在相同的视图框中观看但是原来的节点组织被保留
你可以从File菜单中选择File-&Save来保存树图当前版本的BioEdit只限于打开和保存Phylip格式的树在Phylip格式中上述的树像这样
((P.mirabili: 0.13368,((B.aphidico: 0.6262,(((T.maritima:
1.14167,((((M.genitali: 0.24742,M.pneumoni: 0.43983): 0.88981,(M.capricol:
0.70024,(H.pylori: 1.37587,B.subtilis: 0.53651): 0.19415): 0.0886):
0.04525,(S.PCC37,((M.tubercul: 0.14643,M.leprae: 0.30498):
0.56324,(M.luteus: 0.65897,(S.bikinien: 0.1209,S.coelicol: 0.01772): 0.29437): 0.14817): 0.59556): 0.14169): 0.18393,(T.pallidum: 1.3449,B.burgdorf:
0.75431): 0.40702): 0.06668): 0.13184,C.burnetti: 0.76309): 0.22955,P.putida: 0.45219): 0.10167): 0.15512,H.influenz: 0.24691): 0.08603): 0,E.coli:
BioEdit视图视窗只同时支持一个树而且如果打开一个有多个树的树图文件只有第一个树会被载入然而当在一个排列文件中导入树时所有的树最多50个都可以被载入排列像单独的树一样
树图视窗规定树的格式为视图窗的当前尺寸现在不支持多页全屏显示或手动指定尺寸所以它只适合于小的树同样打印也是原始的只有打印页的范围而且不能复制到剪切板中为了产生树的图像我推荐TreeView它能像Windows的图元文件一样将树图复制到剪切板中
Importing Phylogenetic Trees into an alignment
将系统树导入排列 它可以有时方便的使用系统树来显示排列中序列的相关性因为这个原因BioEdit5.0.6版本允许你在排列中导入一个或更多的系统树只要它们是Phylip格式的并在一个BioEdit格式的排列文件中保存这些树你可以在一个文件中最多保存50个树通常只有一个树是希望的但是可能有一系列等同的树产生与过于简单的方法或者可能你想要通过树来显示一个排列小组中序列的联系
想要在BioEdit排列中导入一个树打开排列
File-&Open选择Alignment-&Phylogenetic
Tree-&Import Tree
菜单将变成这样
你可以提示指定导入树图文件想要观看导入的树图选择Alignment-&Phylogenetic
Tree-&View Tree-& (tree number)例如如果你有三个树图和一个排列联合菜单就会
你可以将你的文件保存为BioEdit格式而且你的相关的树图将会随文件而保存记住如果文件没有保存Revert to Saved恢复保存选项将同样删除任何没有保存在文件中的树图
你可以通过Alignment-&Phylogenetic Tree-&Remove Tree选项删除树图
你也可以在树图视窗中打开一个树图选择将其连接到一个打开的排列文件中如果很容易就看见树图可以确定它是正确的想要做到这一点从程序的任何位置上选择File-&Open命令打开树图确定你已经打开了一个排列文件从树图视窗选择File-&Associate Tree
With Alignment你将见到一个对话框其中有当前所有打开的排列从中你可以选择合适的排列
File formats
文件格式 File formats read and written by BioEditBioEdit
读写的文件格式
BioEdit 5.0.0
版本可以读写以下格式
BioEdit Genbank Fasta NBRF/PIR Phylip 3.2 / 2 Phylip 4 另外BioEdit 4.7.0版本和以上可以读ABI model 377 autosequencer文件序列是提取的痕迹显示在屏幕上可以打印颜色BioEdit 4.7.7版本和以上允许编辑可编辑序列当前版本同样可以读SCF trace文件版本2和3ABI 373和3700文件
BioEdit 4.7.7版本和以上同样可以读ClustalW和GCG-格式文件但是不能写
这些格式以外提供一个外部导入输出筛选Don Gilbert’s ReadSeq允许导入和输出以下格式 IG/Stanford EMBL GCG (single sequence only)
DNAStrider
三亿文库包含各类专业文献、高等教育、行业资料、中学教育、幼儿教育、小学教育、应用写作文书、各类资格考试、专业论文、bioedit使用说明_图文45等内容。　
　bioedit使用说明 76页 免费 朱F基的简历 3页 免费 关于人事回避制度的请示 3页 免费 玉米单粒和单叶片DNA 快速... 3页 20财富值如要投诉违规内容,请到百度文... 　Bioedit序列比对和Mega制作系统发育树 更新版_生物学_自然科学_专业资料。Bioedit 程序操作 1、将序列粘贴到记事本中。 每行以“&”为行头,后面可写上属种名称... 　BioEdit及MEGA分析序列同源性简介_医药卫生_专业资料。BioEdit及MEGA对序列同源性分析...BioEdit中文说明书 76页 免费 bioedit中文使用手册 76页 免费 综合序列分析软件... 　如何利用BioEdit和Clustalx进行序列比对_生物学_自然科学_专业资料。1、 将要进行...bioedit使用说明 76页 免费
bioedit中文使用手册 76页 免费
BioEdit及MEGA分析... 　实验二 利用 BioEdit 软件进行 PCR 引物设计及评价一、实验目的 1、掌握引物设计的基本要求,并熟悉使用 BioEdit 软件进行引物搜索。 2、掌握使用软件 BioEdit 对... 　BioEdit多序列比对及结果导出_生物学_自然科学_专业资料。Bioedit、多序列比对 ...BioEdit中文使用说明书 76页 1下载券
生物信息学更多更有效的... 67页 免费... 　4页 免费 养成教育班会教案 13页 免费 bioedit使用说明 76页 免费21英​语​模​拟​试​题 暂无评价|0人阅读|0次下载|举报文档20... 　Phylip中文使用说明_理学_高等教育_教育专区。建树 Phylip 中文使用说 Introduction...用 BIOEDIT 等软件编辑序列 名称,注意 PHYLIP 在 DOS 下运行,文件名不能超过 ... 　几款软件构建生物进化树的方法比较_基础医学_医药卫生...可以用 bioedit 来查看 四、DNAStar 比对前设置 残...怎么利用bioedit做序列的比较_word文档在线阅读与下载_无忧文档
无忧文档可免积分在线阅读和下载文档
包括资格考试、应用文书等大量word文档免费下载
怎么利用bioedit做序列的比较
首先要把所有的序列复制到windows自带的记事本中，全部以fasta格式存到同一个文件中，保存成*.txt，序列内部最好不要有空格或者换行。
序列格式举例如下：
ATCG..........ATCG
ATCG..........ATCG
ATCG..........ATCG
ATCG..........ATCG”
然后用Bioedit打开刚才保存的文件*.txt，点击窗口上方的Accessory application菜单，再点击clustelW multiple alignment，这时候会弹出一个窗口，直接选择Run clustalW，又弹出一个窗口，选择ok，等待结果就行了。
最后的比对结果可以保存成*.fas格式，适用于各种分析。
Word文档免费下载：
（共1页，当前第1页）
的相关文档搜索
如何利用BioEdit和Clustalx进行序列比对_生物学_自然科学_专业资料。1、 将要进行序列比对的信息保存为.txt 文本文档类型(如 11.txt 和 21.txt) 2、 打开 BioEd...第四章 bioedit多序列比较的实际应用_医学_高等教育...们习惯于把新的序列同已知功能的蛋白序列作 比较。...程序会在屏幕上显示构建辅助树的过程,然后 开始真正...最经典的Bioedit使用说明书_计算机软件及应用_IT/计算机_专业资料。综合序列分析...此图中位置316和位置94,104的相互作用并不明显,从作 图窗口下“Plot” ?“...院士建议译做 联配 见 生物信息学手册 p175 方舟子译做 排列对比 见 新语丝...用BioEdit或GanBank格式保存序列注解信息 通过氨基酸翻译 排列蛋白质编码核酸序列 ...院士建议译做 联配 见 生物信息学手册 p175 方舟子译做 排列对比 见 新语丝...BioEdit 外部程序的输出文件可以自动被其他程序打开 在ABI自动序列模型377 373 ...BioEdit中文使用说明书_生物学_自然科学_专业资料。BioEdit 是管理核酸序列的软件...院士建议译做 联配 见 生物信息学手册 p175 方舟子译做 排列对比 见 新语丝...BioEdit及MEGA分析序列同源性简介_医药卫生_专业资料。BioEdit及MEGA对序列同源性...怎么利用bioedit做序列的... 暂无评价 1页 1下载券 序列的同源性比较及分子....BioEdit和Clustalx进行序列比对步骤_生物学_自然科学_专业资料。1、 将要进行序列...第四章 bioedit多序列比... 99页 免费 怎么利用bioedit做序列的... 暂无评...RNA比较分析C共变 C潜在配对 C互交信息分析 一、绘制质粒图(Plasmind drawing)使用BioEdit质粒绘图功能,序列可以通过自动的位置标记, 自动修改成环形质粒。特征、...院士建议译做 联配 见 生物信息学手册 p175 方舟子译做 排列对比 见 新语丝...BioEdit是一个生物序列编辑器 可在Windows 95/98/NT/2000中运行 它的基本功能...您的访问出错了(404错误)
很抱歉，您要访问的页面不存在。
1、请检查您输入的地址是否正确。
进行查找。
3、感谢您使用本站，3秒后自动跳转至网站首页