perl提取序列信息写入Excel表
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& & perl一个强大的地方，就是有很多别人写好的模块，可以直接搬过来用，就好像提供了很多现在的工具，找到合适的工具就能解决相应的问题，这里用了一个很强大的专门操作Excel的模块Win32::OLE，可以方便的用perl读写Excel数据，用perl提取genebank格式的序列文件中mRNA信息，然后将筛选结果输出到Excel中，为以后数据库的建立打下基础，程序运行结果如下（有些序列中没有gene_name，所以为空的）：程序如下：#!/usr/bin/perluse Win32::OLE;#这个模块可以对Excel进行读写操作my $dir='F:/sequence/';################################################################################################中的内容基本为昨天提取序列信息的程序open F,"$dir".'a.gb';#此文件中装有二千条拟南芥genebank格式的基因序列my @a=&F&;my $i=0;my $my $temp1;my $temp2;my $temp3;my $my $locus_tag_my @b;my @my @mRNA_my @my @CDS_my @my @protein_my @AA_my @CDS_my @mRNA_my @gene_my @tag_my @Gene_my $my $gene_while($i&=$#a){if($a[$i]=~/^LOCUS(\s){7}/){$a[$i]=~s/.*NM_(\d)+//;$a[$i]=~s/(\s)+//g;$a[$i]=~s/bp.*//s;push @mRNA_length,$a[$i];$i++;}elsif($a[$i]=~/DEFINITION(\s)+/){$a[$i]=~s/DEFINITION &//;$a[$i]=~s/\n//;$temp1=$a[$i];$i++;unless($a[$i]=~/ACCESSION(\s)+/){$a[$i]=~s/(\s){11}//;$a[$i]=~s/(\s)+$//;$a[$i]=~s/\n//;$temp2=$a[$i];&& & $temp1=$temp1.$temp2;&& &push @description,$temp1;$i++;}else{push @description,$temp1;$i++;}$temp1='';$temp2='';}elsif($a[$i]=~/VERSION(\s){5}/){$a[$i]=~s/VERSION//;$a[$i]=~s/GI.*//s;& & & &$a[$i]=~s/(\s)+//g;push @accession,$a[$i];$i++;}&elsif($a[$i]=~/\/gene=\"/)&&{&$a[$i]=~s/.*=//;&&$a[$i]=~s/\"//g;&&$a[$i]=~s/(\s)+//g;&&$genename=$a[$i];$i++;& & &}elsif($a[$i]=~/\/locus_tag=/){& & & & $a[$i]=~s/.*=//;&&$a[$i]=~s/\"//g;&&$a[$i]=~s/(\s)+//g;&&$locus_tag_name=$a[$i];$i++;}elsif($a[$i]=~/\/db_xref=\"GeneID:/){$a[$i]=~s/\/db_xref=\"GeneID://;$a[$i]=~s/\"//g;$a[$i]=~s/(\s)+//g;$gene_id=$a[$i];$i++;}elsif($a[$i]=~/^(\s)+CDS(\s)+(\d)+/){&&$a[$i]=~s/CDS//;& & & & &$a[$i]=~s/(\s)+//g; & & && & & & $a[$i]=~s/\n//;&&@b=split/\.\./,$a[$i];&&$temp=int($b[1])-int($b[0])+1;&&$start=int($b[0]);&& & &push @CDS_length,$&&@b=();$i++;}elsif($a[$i]=~/\/product=\"/)&{$a[$i]=~s/\/product=//;$a[$i]=~s/\"//g;$a[$i]=~s/^(\s)+//;$a[$i]=~s/(\s)+$//;$a[$i]=~s/\n//;$temp1=$a[$i];$i++;while(!($a[$i]=~/\/protein_id=/)){$a[$i]=~s/^(\s){21}//;$a[$i]=~s/(\s)+$//;$a[$i]=~s/\n//;$temp2=$a[$i];&& $temp1=$temp1.$temp2;&&$i++;}push @product,$temp1;& & & & &$a[$i]=~s/\/protein_id=//;&& && $a[$i]=~s/\"//g;&& &$a[$i]=~s/(\s)+//g;&& &$a[$i]=~s/\n//;push @protein_id,$a[$i];$i++;&& &$temp1='';$temp2='';&}&elsif($a[$i]=~/\/translation=/){& & & & $a[$i]=~s/\/translation=//;$a[$i]=~s/\"//g;$a[$i]=~s/^(\s)+//;$a[$i]=~s/(\s)+$//;$a[$i]=~s/\n//;$temp1=$a[$i];$i++;while(!($a[$i]=~/ORIGIN/)){$a[$i]=~s/(\s)+//g;$a[$i]=~s/\n//;$a[$i]=~s/\"//;$temp2=$a[$i];&& $temp1=$temp1.$temp2;&& $i++;}push @AA_seq,$temp1; & &&&& && $temp1='';$temp2='';}elsif($a[$i]=~/^ORIGIN(\s){6}/){$i++;&& &while(!($a[$i]=~/\/\//)){$a[$i]=~s/(\s)+//g;$a[$i]=~s/(\d)+//g;$a[$i]=~s/\n//;&& $temp2=$a[$i];&& $temp1=$temp1.$temp2;&& $i++;}$temp3=substr($temp1,$start-1,$temp);push @CDS_seq,$temp3;push @mRNA_seq,$temp1;$temp1='';$temp2='';&}elsif($a[$i]=~/\/\//){push @gene_name,$push @tag_name,$locus_tag_push @Gene_id,$gene_$genename='';$locus_tag_name='';$gene_id=''; & & &&$i++;}else{$a[$i]=~s/.*//$i++;}}##################################################################################将结果输入到Excel表中my $app_xls=Win32::OLE-&new('Excel.Application',sub{$_[0]-&Quit}) or die "Excel初始化失败，你可能没有安装Excel!";$app_xls-&{DisplayAlerts}='False';my $book=$app_xls-&WorkBooks-&A$book-&SaveAs($dir.'A.xls')or die "Save failer";#新建一个Excel表undef $my $src_book=$app_xls-&WorkBooks-&Open($dir.'A.xls');my $src_sheet=$src_book-&Worksheets(1);#当前工作薄为sheet1&&#输入表头信息$src_sheet-&Range("A1:L1")-&{Value}=['Accession','mRNA_length','Gene_id','Gene_name','Locus_tag','CDS_length','Protein_id','Description','Product','CDS_seq','AA_seq','mRNA_seq'];&&my $n=2;#因为第一行输入了表头，所以从第二行开始输出数据for($i=0;$i&=$#$i++){$src_sheet-&Cells($n,1)-&{Value}=$accession[$i];#在第一列输出accession信息$src_sheet-&Cells($n,2)-&{Value}=$mRNA_length[$i];$src_sheet-&Cells($n,3)-&{Value}=$description[$i];$src_sheet-&Cells($n,4)-&{Value}=$Gene_id[$i];$src_sheet-&Cells($n,5)-&{Value}=$gene_name[$i];$src_sheet-&Cells($n,6)-&{Value}=$tag_name[$i];$src_sheet-&Cells($n,7)-&{Value}=$CDS_length[$i];$src_sheet-&Cells($n,8)-&{Value}=$protein_id[$i];$src_sheet-&Cells($n,9)-&{Value}=$product[$i];$src_sheet-&Cells($n,10)-&{Value}=$CDS_seq[$i];$src_sheet-&Cells($n,11)-&{Value}=$AA_seq[$i];$src_sheet-&Cells($n,12)-&{Value}=$mRNA_seq[$i];$n++;}$src_book-&S#保存退出$app_xls-&{DisplayAlerts}='True';undef $src_#消除变量undef $src_##############################################################################&
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&[ 7 篇帖子 ]&
&文章标题 : Perl 如何获取当前程序文件的绝对目录？发表于 :
19:51帖子: 972
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RT谢谢大家的帮助
_________________宪法 写道:第三十五条
中华人民共和国公民有言论、出版、集会、结社、囗囗、示威的自由。以上内容完全是复制粘贴，请自行跨省追捕原作者，谢谢！
&文章标题 : Re: Perl 如何获取当前程序文件的绝对目录？发表于 :
19:51帖子: 972
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已知下面的代码可以做到：代码:#!/usr/bin/perl& &use Cuse File::Bmy $if ($0 =~ m{^/}) {& $cwd = dirname($0);} else {& $cwd = dirname(getcwd().&/$0&);}print &$cwd\n&;但是有没有更简洁的方法？
_________________宪法 写道:第三十五条
中华人民共和国公民有言论、出版、集会、结社、囗囗、示威的自由。以上内容完全是复制粘贴，请自行跨省追捕原作者，谢谢！
&文章标题 : Re: Perl 如何获取当前程序文件的绝对目录？发表于 :
21:55帖子: 58428地址: 长沙
$0 包含正在执行的脚本的文件名 ?
_________________● 鸣学
&文章标题 : Re: Perl 如何获取当前程序文件的绝对目录？发表于 :
19:51帖子: 972
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eexpress 写道:$0 包含正在执行的脚本的文件名 ?$0的值取决于运行程序是输入的路径 (相对路径和绝对路径）我想要的是绝对路径。。。。。。。。。。。。
_________________宪法 写道:第三十五条
中华人民共和国公民有言论、出版、集会、结社、囗囗、示威的自由。以上内容完全是复制粘贴，请自行跨省追捕原作者，谢谢！
&文章标题 : Re: Perl 如何获取当前程序文件的绝对目录？发表于 :
11:46帖子: 84
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`pwd`行不行？
&文章标题 : Re: Perl 如何获取当前程序文件的绝对目录？发表于 :
20:46帖子: 2393地址: 湖南长沙
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这样可以吗：代码:use File::Spec::Functions qw(rel2abs);use File::Basename qw(dirname);print dirname( rel2abs( __FILE__ ) );
&文章标题 : Re: Perl 如何获取当前程序文件的绝对目录？发表于 :
21:55帖子: 58428地址: 长沙
use Cwd qw(abs_path);
_________________● 鸣学
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