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【求助】MP2/6-311++G** 算单点出错
我用mp2/6-311++g** 算22个水的单点输入文件开头如下：
%chk=H2O-22-mp2-++-2.chk
# mp2/6-311++g** sp iop(2/16=1,5/13=1)
结果提示：
Disk-based method using OVN memory for 88 occupieds at a time.
Estimated scratch disk usage=
Actual& & scratch disk usage=
Erroneous write. Write -1 instead of 4096.
orig len = 4096 left = 4096
请问如何解决？
从你的输出结果可以看出你用的是64位的程序。同时也看出你这个的确是硬盘被写满了，Actual 这一行那个数字大概是34G words，对应到GB要乘以8，由于标称300G的硬盘实际空间不到300GB，再加上系统和软件的空间，你这个300G的硬盘是写满了。
你大概还需要20GB空间就可以完成你这个计算了。可以试试把硬盘限制的小一点，比如在#开头那一行加上maxdisk=200gb关键词，这样有时候能算过去，但计算的时间长一些。
Actual&&scratch disk usage=
你数数这个数字34,311,194,528，大概34G，单位是word，一个word相当于8B，乘下来大概270多个GB。当然只有64位的程序才能写这么大。
他这个标称300G的硬盘，实际容量在不到300GB，现在已经写了270多G，加上系统程序等占用的空间，应该是写满了报错。
请问maxdisk，gamess是关键字吗？还是软件？能不能具体点
请教一下 mp2方法gamess相比gaussian的优势？快/准？
gamess支持scs-mp2把，ri呢？
maxdisk是Gaussian关键字。高斯手册就有详细解释。
Gamess是另一个量化计算软件，在DFT方面并不比Gaussian差，计算速度还略微快些。但是人机界面不够友好。建议使用PCGamess。免费软件
北京学而思教育科技有限公司 地址：北京市海淀区北三环甲18号中鼎大厦A座1层102室 电话：010-高斯程序的频率计算&freq&【转载】
关于输出结果的错误说明：
有时候虽然也俩yes,但能力一直振荡,那时可以加IOP(1/8=1)采用最短步长来修正.
scf＝ tight &&&
提高 数值精度
scf=tight 是提高自洽场精度，也就是单点精度
opt＝tight 才是提高几何优化的精度，单点误差小了能量曲面才接近平滑曲面，更容易找到极小点
如果单点误差大，对于较平的能量曲面，几何优化两点之间的能量差小于单点能量误差，自然容易形成振荡
Gaussian程序频率计算中的注意问题
在Gaussian计算中，为了确定优化得到的几何结构是势能面上的局域极小点还是鞍点，或者要得到相关的热力学性质，经常需要对优化后的几何结构进行振
动分析。首先，原则上说，振动频率分析只对稳定结构有意义。这里所说的稳定结构包括是势能面上的局域极小点和鞍点。实际上，一个分子可以有很多的自由度，
如果在所有自由度上分子都处在稳定平衡，就是稳定的分子。频率分析得结果是所有频率都是正的，表明这是一个局域的极小点。如果分子只在一个自由度上处于不
稳定平衡位置，其他自由度上都处在稳定平衡位置，说明该结构是一阶鞍点。分子在稳定自由度方向上的振动才是真实的振动，在不稳定自由度方向上的实际上是不
会有振动的。不过我们可以对不稳定方向上的运动也按振动来做数学处理，会的到负的振动频率，我们称它为虚频。虚频的出现表明该结构为鞍点。
二，Gaussian计算中，频率的计算一定要在和分子结构优化相同的方法，基组下进行，否则计算的结果是没有意义的。我们知道，任何理论水平下的计算，
都是在一定的近似下进行的，不同的理论水平的近似程度是不同的。在一种理论水平A下优化的稳定结构Geom_A会和另一种理论水平B下优化的稳定结构
Geom_B有差别，也就是说Geom_A不会是理论水平B下的稳定结构。根据前面我们所讨论的，在理论水平B下对一个不稳定的结构进行频率分析是没有意
第三，频率计算中可以考虑同位
素效应（Freq=ReadIsotopes）。在波恩-奥本海默近似下，对于同一种元素采用不同的同位素对几何优化和电子结构计算没有影响，频率计算所
需的力常数矩阵（Hessian矩阵）也不会变化，变化的只是约化质量。容易理解，重的同位素会导致低的振动频率。实际上，原子序数大的元素的同位素效应
非常不明显，一般只需考虑H原子的同位素效应。
第四，各种方法计算的频率和实验结果之间存在系统误差，需要乘以一个约化因子来进行校正（Scale=f）。一般来说，理论计算的频率值会比实验结果大。下面是一些理论水平下的约化因子。注意频率和零点能的约化因子是可以不同的。更多水平下的约化因子需要查文献获得。
方法： 约化因子 约化因子
（频率） （ZPE）
HF/3-21G 0.9
HF/6-31G(d) 0.5
MP2(Full)/6-31G(d) 0.6
MP2(FC)/6-31G(d) 0.6
BLYP/6-31G(d) 0.9
B3LYP/6-31G(d) 0.4
SVWN/6-31G(d) 0.9
第五，Gaussian的频率计算有时会遇到下面的警告：
& & Warning -- explicit
consideration of 3 degrees of freedom as vibrations may cause
significant error
时一般有两种可能：一种可能是，优化的几何结构不够精确，还没有达到稳定点。对于这种情况，需要考虑用OPT=tight或OPT=VeryTight，
结合Int=fine或者Int=VeryFine进行更加精确的优化。第二种可能是，在计算的振动模式中，有部分的低频模式对应于内转动模式，在热力学
分析中应该按自由转子或受阻转子模型处理，如果按谐振子模型处理会造成较大的误差。采用受阻内转子模型，可以用Freq=Hindered-Rotor计
算或者自己手动计算这些振动模式对热力学性质的贡献。
&&第六，对于计算出的力常数较小的振动模式，其势能面形状可能不满足谐振子模型的要求，力常数函数需要考虑非谐性的成分，这时可以用Freq=Anharmonic来进行非谐性处理。
第七，在频率输出前，会有这样的输出:
Low frequencies --- -0.3 0.5 59.3808
Low frequencies --- 09.36
面行的六个模式实际对应于平动（前三个）和转动（后三个），理论上，这六个数都应该是零。如果是对过渡态进行的频率计算，第一行会先输出虚频，然后才给出
平动转动的数值。一般来说，平动的三个数都是接近于零的。如果转动的三个数不接近于零（一般解析频率10个波数以内，数值频率50个波数以内），说明需要
进行OPT=Tight或OPT=VeryTight计算。第二行的几个实频率应该和随后输出中的相应频率进行对比，如果基本一样，说明频率计算结果很
好；如果差别较大，说明这些频率受到的平动和转动的污染较大。
&&第八，频率计算后程序会进行一步优化计算，正常会得到四个判据都是YES的结果，这说明优化的结构很好。但是有时也会遇到四个判据不全是YES的情况，这时需要仔细分析，一般有三种情况：
<font COLOR="#、Force和RMS Force都是收敛的，Displacement和RMS
Displacement虽然是NO，但是都比较接近收敛判据；
2、如果Force和RMS Force都是收敛的，Displacement和RMS
Displacement不收敛且数值远大于收敛判据；
<font COLOR="#、Force和RMS
Force不收敛。
于第一种情况，我们可以不管它，仍然可以认为计算结果是可靠的。对于第二和第三种情况，一般说明优化过程中估算的Hessian是不准确的，优化的结构可
能还没有达到稳定点，需要重新优化。如果反复优化仍然无法解决这个问题，建议在优化过程中使用OPT=CalcAll。
九，优化一个局域极小点，收敛后从力常数本征值看应该是局域极小点（没有负的本征值），但是频率计算中会出现虚频和负的本征值。这种情况下虚频一般是由转
动模式造成的，说明分子中两个基团之间的相互位置不是很合适，需要绕转动的键相对转动到一个合适的位置，重新优化。绕某个键转动两个基团，有时可以很方便
地用修改二面角的方法实现：OPT=Modredundant结合分子描述后输入：* m n *
[+=]value。其中m，n为连接两个基团的键的顶端原子。有时，用OPT=CalcAll也可以解决这个问题。
十，Gaussian程序中，频率计算是和温度、压力无关的。因为Gaussian所考虑的是原子核在一定核构型和电子运动状态构成的势场内振动，一般来
说，温度和压力的变化不会影响分子的结构和电子运动状态，所以振动的势能函数是与温度、压力无关的。Freq=Isotopes关键词要求输入的温度和压
力影响的只是平动，转动和振动的平衡分布和它们对热力学性质的贡献
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求助：关于二聚体的结合能和nosymm关键字的问题
目前计算遇到困难，不知如何展开下去，问了实验室的师兄也都没有给出实用的建议，毕竟他们都没做过类似的题目。希望有遇到过的虫友给分析分析。目前在做二聚体的结合能问题如下;
1、二聚体具有严格的分子对称性，在计算二聚体的总能量时，发现在输入文件中加入nosymm比不加计算得到的能量大0.001hatree左右，计算扣除bsse的结合能时，结合能差0.3kcalmol左右。查了资料，nosymm是去掉分子轨道的对称性，不明白为什么对高对称性的二聚体总能量影响那么大?
2、单体的能量计算时，因为要加入别的东西，破坏了对称性，所以一直是加入nosymm的，不加就算不动。由加了nosymm的总能量减去单体的能量得到的结合能，跟文献资料相差0.002kcal\mol，是不是说明，为了保持一致，必须两个文件都要加入nosymm？
老板很忙，自己年纪一大把学点东西很难，希望各位虫友帮忙指导一下，我看了一下午小木虫上nosymm相关的内容，还是没有搞懂。希望有人能帮我解决，在此拜谢！！
分子体系并不是很大，总共有三十个原子左右，对称性非常好。我认为这个差值很大的，因为结合能只有3kcal\mol ，差0.3kcal\mo就是10%，只是无论如何不能允许的。
我知道加上利用对称性会极大的减少计算量，但是加与不加相差比较大，不知道怎么选择。我原来一直认为，对称性这么好，应该加不加都一样的。请问你的意思是说，我的体系对称性低的状态更稳定么？
我为了重复文献上的计算结果，用的它结构数据，方法和基组都一样。只有计算包它是g03，我用g09，目前实验室计算系统没有g03。没办法直接重复计算。
另外阁下能不能指点下，g03和g09记算能量一般都差别这么大么?怎么调整g09的参数是更接近g03的结果？我目前调整了scf收敛精度，发现基本没有影响。
感谢斑竹大人回帖指导。
我也本来认为加了 nosymm，最多只是更昂贵些。使我的结构问题么？也不是啊，结构是用的文献上的数据，自己手写的z矩阵坐标，构建的模型，对称性是不容置疑的。可不可以认为，我的构型对称性是肯定的确定没有问题的，不用程序对它进行对称性操作，将分子改变坐标轴取向、挪动分子电子密度重心于坐标原点等等，所以要使用nosymm。那这样的话，加不加nosymm应该差别不大的！为啥我的计算结果差别如此巨大！！是在不能理解。
弱弱的问一句版主，我这样的数据差距也属于计算误差范围么？（⊙﹏⊙b汗，我觉得数值差距有点太大了）因为加了nosymm的结果更接近文献值，我是否可以认为,不加nosymm得到的总能量是有问题的？也就是说，我因为计算单体能量的时候使用了nosymm，为了保持一致性计算总能量是也要加呢?
能把你的头文件贴一下么
"nosymm只是在需要保持分子前后坐标保持不变时加",如果分子前后坐标变了就不能加这个坐标了？算过渡态时要是加nosymm岂不是错了？
#p opt=(calcfc,ts,noeigen,modredundant) b3lyp/6-31g nosymm scf=(maxcyc=500,conver=7) freq=noraman&&这组命令我可是用了很久（3个月），本人初学请不吝赐教。谢谢
基组不同结果肯定不同了，这部分我没详细研究过，不敢给你乱说:D
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【原创】ORCA2.8学习笔记【不断更新中】
ORCA2.8学习笔记
密度泛函&#8226;小卒（yjcmwgk）
小卒是个笨人，学习软件总是从说明书开始。这次打算学习orca，仍旧维持笨办法，依旧从orca的说明书开始。呵呵！
说明书1-34页的学习笔记：一楼
说明书35-51页的学习笔记：五楼
说明书51-61页的学习笔记：九楼
说明书61-80页的学习笔记：十楼
说明书81-84页的学习笔记：十一楼
说明书85-92页的学习笔记：十四楼
说明书92-105页的学习笔记：十五楼
说明书105-120页的学习笔记：三十楼
说明书120-126页的学习笔记：三十二楼
说明书126-138页的学习笔记：三十三楼
说明书138-185页的学习笔记：三十八楼
说明书185-217页的学习笔记：三十九楼
同时欢迎大家跟小卒一起学习orca。orca的说明书在的收件箱中，密码emuchgaussian。独乐不如众乐
（一）输入
（1）提交任务的命令
orca mymol.inp > mymol.out
mymol.inp输入文件；mymol.out输出文件。
mymol.x.tmp多个临时文件，包含密度矩阵、fock矩阵、积分文件等等。
mymol.gbw用二进制格式表示的计算信息文件，用于任务重启、轨道生成等等。
在任务运行时候，不要打开mymol.out
（2）并行运算
mrci不支持并行计算。其他任务均支持并行计算。
要使用orca进行并行运算，需要mpich1.2.x或openmpi1.3.2。
并行计算的设置在mymol.nodes这个文件中。如果在输入文件中加入paln，则采用n个核心。
（3）任务控制
以#开头的命令行是注释行。
orca可以用变量来控制。变量定义格式tole=1e-5。
输入块包含以下几种：
BASIS:基组设置
CIS或TDDFT
COORDS:坐标设置
COSMO:COSMO溶剂模型计算设置
ELPROP:电荷和电子性质计算设置
EPRNMR:自旋谱和核磁谱的计算设置
GEOM:几何优化计算设置
LOC:轨道的定域化
MDCI:单参考组态相互作用计算设置
METHOD:计算方法设置
MP2:MP2计算细节设置
PAL:并行计算设置
PARAS:输入半经验参数
PLOTS:格点文件的设置
REL:相对论效应的设置
RR:拉曼谱、吸收谱、荧光谱的半波宽设置
输入块的格式。如
Method = HF;
另一种格式
%method method hf end
命令行的格式，如
! RKS B3LYP SVP Opt
（4）orca的常用任务类型
1.& & & & energy和sp关键字同义
2.& & & & opt关键字和gdiis-opt关键字开启和关闭gdiis。
3.& & & & usesym和nousesym开启和关闭对称性控制和判断。orca的对称性控制很粗糙，不推荐使用。
4.& & & & mp2，scs-mp2，ri-mp2，ri-scs-mp2，oo-ri-mp2，oo-scs-ri-mp2。
5.& & & & mp3，scs-mp3。
6.& & & & ccsd，ccsd(t)，qcisd，qcisd(t)。
7.& & & & mrci，mrci+q。
8.& & & & zindo/s，zindo/1，zindo/2，nddo/1，nddo/2，mndo，am1，pm3。
9.& & & & rhf和rks关键字同义，uhf和uks关键字同义，rohf和roks关键字同义。分别定义开壳层、闭壳层、限制性开壳层DFT计算。
10.& & & & allowrhf关键字定义如果multi>1，仍旧使用rhf；如果不定义则自动转为uhf计算（这个关键字貌似没啥意义的说）
11.& & & & ri，nori关键字在dft计算时是否开启ri近似计算。
12.& & & & vdw关键字开启grimme的半经验范德华校正。
13.& & & & zora，zora/ri。
14.& & & & scfconvn，定义scf收敛标准ETol=10^(-n)，n=6-10。
15.& & & & extremescf，verytightscf，strongscf，tightscf，loosescf，sloppyscf。
16.& & & & tightopt，normalopt，looseopt。
17.& & & & diis和nodiis关键字开启和关闭diis。
18.& & & & nrscf开启牛顿迭代。
19.& & & & lshift和nolshift关键字开启和关闭能级移动。
20.& & & & cosmo。
21.& & & & keepints关键字保留双电子积分文件。
22.& & & & cheapints关键字采用直接scf。
23.& & & & miniprint，smallprint，normalprint，largeprint。
24.& & & & nomoprint关键字禁止输出轨道信息。
25.& & & & printbasis。
26.& & & & printgap关键字输出lumo-humo-gap（貌似没啥用）
27.& & & & allpop和nopop关键字开启和关闭全电子布居分析。
28.& & & & mulliken和nomulliken关键字开启和关闭mulliken布居分析。
29.& & & & mayer和nomayer关键字开启和关闭mayer布居分析。
30.& & & & npa和nonpa关键字开启和关闭npa布居分析。
31.& & & & nbo和nonbo关键字开启和关闭nbo布居分析。orca中不存在npa和nbo程序。只提供nbo5的接口。
32.& & & & angs和bohrs关键字分别设置单位为埃和au。
33.& & & & xyzfile和pdbfile关键字分别设置输出一个xyz格式与pdb格式的分子构型文件。
34.& & & & %moinp “myorbitals.gbw” end关键字从myorbitals.gbw中读取轨道信息。
35.& & & & gridn关键字设置dft计算的格点精度。n=4推荐。
36.& & & & %scf maxiter n end关键字设置scf最大循环次数。
37.& & & & paln关键字设置并行核心数。
38.& & & & %maxcore n end关键字设置内存最大占用量（单位M）。
以上内容是orca说明书第1-34页的主要内容。慢慢看吧，以后会逐步更新，争取短期拿下orca，fighting
最常用的高斯型函数是笛卡尔型高斯函数，通式为N*x^a*y^b*z^c*exp(-q*r^2)，N为归一化常数，q为收缩系数，r为以此基函数所在原子为中心的坐标向量。
还有一种球谐型高斯函数，也叫原子轨道型高斯函数，通式为N*r^n*exp(-q*r^2)*Y(θ,φ)，其中Y(θ,φ)就是类氢原子轨道的角度部分函数，与STO的区别是指数项的r变为了r^2。球谐型高斯函数与实型原子轨道角度部分行为一致，通过调整收缩系数q调整径向行为，就可以一一对应地近似描述实型原子轨道。
谢谢小卒的解释，但这似乎没有给出我想问的问题的答案，也许是我笨啊。呵呵……
再次表示感谢。
呵呵，现在暂时还处于啃说明书的阶段。以后一定会这样做地！呵呵。
貌似yz专家这段时间来量化版比较少啊
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/
orca官方下载
ECP在最新的版本中已经可以了，参见手册(Version 2.8-00)41页。
可是orca不是我近期的专项。每天晚上看一点而已。现在才看了140多页，而全书高达480页呢……:P
慢慢来。不过，有了那么多软件的使用经验，从应用这个层次上来说，应该很快能掌握新软件呢。偶到时后算一些分子的量子输运性质，发到量化版上跟大家讨论。:D
其实说的也是
对于我这种低级的使用者来说，orca跟高斯相比，就是换了套指令系统罢了:P
说明书已更新到2.8.0.但是主页上的程序还没有更新啊。难道现在你能下到2.8.0.版本的吗？
算了吧，千万别埋汰我，我就是随便写写随便贴一下
其实“出版”嘛……前半部分已经在咱们的区刊第二期上发布了，剩下的部分会在咱们的区刊第三期上发布
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