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第四部分：包1.标准包；2.共享包与CRAN；ggplot2、grid、lattice和ggvis3.命名空间；4.编写自己的包；------------------------------------------------如何手动安装R包：more in:&win7也可以进入R根目录，在cmd命令窗口中使用Rcmd安装提前下载好的包：D:\Program Files\R\R-3.3.1\bin\x64&Rcmd INSTALL C:\Users\Administrator\AppData\Local\Temp\RtmpmOGrZw\downloaded_packages\data.table_1.9.6.zip* installing to library 'D:/Program Files/R/R-3.3.1/library''data.table'MD5查看版本号& version& & & & & & & &_ & & & & & & & & & & & & &&platform & & & x86_64-w64-mingw32 & & & & &arch & & & & & x86_64 & & & & & & & & & & &os & & & & & & mingw32 & & & & & & & & & &&system & & & & x86_64, mingw32 & & & & & &&status & & & & & & & & & & & & & & & & & &&major & & & & &3 & & & & & & & & & & & & &&minor & & & & &3.1 & & & & & & & & & & & &&year & & & & & 2016 & & & & & & & & & & & &month & & & & &06 & & & & & & & & & & & & &day & & & & & &21 & & & & & & & & & & & & &svn rev & & & &70800 & & & & & & & & & & &&language & & & R & & & & & & & & & & & & &&version.string R version 3.3.1 ()nickname & & & Bug in Your Hair & &&查看session信息：& sessionInfo()R version 3.3.1 ()Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1locale:[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_People's Republic of China.936 &LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_People's Republic of China.936 &&[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_People's Republic of China.936 LC_NUMERIC=C & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & & &&[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_People's Republic of China.936 & &attached base packages:[1] stats & & graphics &grDevices utils & & datasets &methods & base & &&loaded via a namespace (and not attached):[1] tools_3.3.1如何查看安装过哪些包？& .packages(all.available=T)#注意命令前的英文句号！！&[1]"acepack" &"affxparser" &"affy" &"affycoretools" &"affyio" &"affyPLM"[7]"annotate" &"AnnotationDbi" &"AnnotationForge" &"AnnotationHub" &"assertthat" &"base"[13]"base64enc" &"Biobase" &"BiocGenerics" &"BiocInstaller" &"BiocParallel" &"biomaRt"[19]"Biostrings" &"biovizBase" &"bit" &"bitops" &"boot" &"BSgenome"[25]"Category" &"caTools" &"chron" &"class" &"CLL" &"cluster"[31]"codetools" &"colorspace" &"compiler" &"curl" &"data.table" &"datasets"[37]"DBI" &"DESeq2" &"dichromat" &"digest" &"edgeR" &"ensembldb"[43]"evaluate" &"ff" &"foreach" &"foreign" &"formatR" &"Formula"[49]"futile.logger" &"futile.options" &"gcrma" &"gdata" &"genefilter" &"geneplotter"[55]"GenomeInfoDb" &"GenomicAlignments" &"GenomicFeatures" &"GenomicRanges" &"GEOquery" &"GGally"[61]"ggbio" &"ggplot2" &"GO.db" &"GOstats" &"gplots" &"graph"[67]"graphics" &"grDevices" &"grid" &"gridExtra" &"GSEABase" &"gsubfn"[73]"gtable" &"gtools" &"hgu133a.db" &"hgu133acdf" &"hgu133aprobe" &"hgu133plus2.db"[79]"hgu133plus2cdf" &"hgu133plus2probe" &"hgu95av2cdf" &"highr" &"Hmisc" &"htmlTable"[85]"htmltools" &"httpuv" &"httr" &"hwriter" &"interactiveDisplayBase" &"IRanges"[91]"iterators" &"jsonlite" &"KernSmooth" &"knitr" &"labeling" &"lambda.r"[97]"lattice" &"latticeExtra" &"lazyeval" &"limma" &"locfit" &"magrittr"[103]"markdown" &"MASS" &"Matrix" &"methods" &"mgcv" &"mime"[109]"mouse4302.db" &"mouse4302cdf" &"mouse4302probe" &"munsell" &"nlme" &"nnet"[115]"oligo" &"oligoClasses" &"openssl" &"org.Hs.eg.db" &"org.Mm.eg.db" &"OrganismDbi"[121]"parallel" &"pd.huex.1.0.st.v2" &"PFAM.db" &"plyr" &"preprocessCore" &"proto"[127]"R.methodsS3" &"R.oo" &"R.utils" &"R6" &"RBGL" &"RColorBrewer"[133]"Rcpp" &"RcppArmadillo" &"RCurl" &"ReportingTools" &"reshape" &"reshape2"[139]"rmarkdown" &"rpart" &"Rsamtools" &"RSQLite" &"rtracklayer" &"S4Vectors"[145]"shiny" &"simpleaffy" &"snow" &"sourcetools" &"spatial" &"splines"[151]"sqldf" &"stats" &"stats4" &"stringi" &"stringr" &"SummarizedExperiment"[157]"survival" &"tcltk" &"tibble" &"tools" &"translations" &"utils"[163]"VariantAnnotation" &"viridis" &"XML" &"xtable" &"XVector" &"yaml"[169]"zlibbioc"& & &&R语言十大必须包：1. plyr包：2. knitr----------------
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{list wl as x}{/list}R语言DESeq 包介绍_中华文本库
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R 语言DESeq 包介绍
分析RNA 序列数据的一个主要任务是探测基因的差异表达，DESeq 包提供了测试差异表达的方法，应用负二项分布和收缩的分布方程估计。
输入如下命令，DESeq 和相关的包就可以自动下载和安装。
& source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
& biocLite("DESeq")
相关的包会自动下载安装，安装的包如下：
中间会有个选择需要更新相关的包，选择更新全部，更新的包有：
另外还要安装一个数据包，供下面介绍包中的方法时使用，包名为pasilla.
输入数据和准备
2.1 计数表
数据表的第i 行第j 列元素表示第j 个样本的第i 个基因有多少个reads
。本文使用的数据来
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R语言DESeq 包介绍
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