请问Mfoldiqos电子烟如何使用用?

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请教Mfold软件用于终止子预测的疑问?
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这个帖子发布于11年零53天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
最近,看到一篇外文文章,作者用Mfold软件对DNA序列的二级结构进行分析,用以对Rho-independent终止子进行预测. Rho-independent终止子的结构特点是含有5-10bp的stem(GC&60%)和3-8 base的Loop.我想请问的是,对于大批量的待测序列,是不是要一个一个的用此软件进行RNA fold?还有结果dG值怎么去分析筛选?不知道有高手做过这方面的工作吗,请多多指教,预测Rho-independent终止子还有其他方法吗?
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自己顶下!
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没有人用过吗
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请教用过mRNA二级结构预测软件的高手
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这个帖子发布于12年零11天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
本人用mRNA二级结构分析软件RNA FOLDING SERVE
对发现的一个基因突变进行生物信息学分析,发现mRNA二级结构有变化,想请问一下该软件报的结果中的一些参数是什么 意思,如dG和initially ,另外还有碱基的个数如何确定,我发现每次输入的碱基的个数不同,输出的结果图象会不同,恳请用过该软件的高手赐教,不胜感激!
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你用的mfold是最为经典的一个RNA折叠软件,此外还有sfold,MIfold等软件也可以使用.dG是自由能,自由能越负,形成的二级结构越稳定,initially是起始自由能,是一个动力学的参数,决定折叠的可能性,即能垒的大小.至于碱基的个数如何确定则较难回答,最好用RNAse酶切,获得双链的长度等信息,再在mfold中强制双链区,或许可以得到解析详细的mfold使用请到:http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/31/13/3406
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【求助】请问各位大侠哪有mfold软件下载啊,谢谢!
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这个帖子发布于9年零191天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请问各位大侠哪有mfold软件下载啊,谢谢!EMERGENCY!THANKS!
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这个软件我以前下载安装过,但是到了本地不知道怎么使用。现在一直是在线使用。
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关于丁香园关注今日:11 | 主题:117004
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请问,Mfold与RNAfold有什么区别呢?
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这个帖子发布于9年零36天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
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Mfold我用过,能用来预测DNA以及RNA的二级结构。RNAfold我没用过,但是顾名思义,就是只能用来预测RNA二级结构的软件呗。
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哦,这样啊?两个都是基于最低自由能来预测的,不知道原理上面有啥区别没有
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两个软件的最基本算法都是Zuker的DP,能量参数应该都是从Matthews那里来的RNAfold还有基于partition function的实现,可以计算pair的概率比较起来,ViennaRNA功能强大且易用得多,而且Hofacker他们更新得算勤快了mfold其实很久没什么大进步了
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