[转载]LibSVM 在matlab中的使用以及libsvm-mat在MATLAB平台下的安装
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LibSVM 在matlab中的使用 & & & &&搞了一天，看了很多资料，终于搞好了matlab中调用大牛写好的svm库，将结果告诉大家避免以后走弯路。1. 参考网站：libsvm库下载：视频： （有小问题，等下会提到）详解：2. 操作流程：请注意：详细操作流程请参考上面的“详解”网站，这里只说大框架和详解里没有提到的问题。A.设置pathFile-&set path -&add with subfolders-&加入libsvm-3.11文件夹的路径B. 在matlab中编译目的：将libsvm-3.11matlab 中 libsvmwrite.c 等 C++文件编译成 libsvmread.mexw32 等matlab文件，这样就可以在command window中被直接调用了。注意：在最外面的Readme中有提到已经有编译好的文件，比如在libsvm-3.11windows中也会看到libsvmread.mexw32,但这里不要被误导！还是需要你自己再编译一遍的！（还有如果matlab版本太低，如matlab 7.0是不能用VS作为编译器的，只能用VC++ 6.0，这是我劝你给matlab升级吧！别装vc了~我就是这样，升级到Matlab 2011b就可以用VS2008做编译器了）C.加载数据集就是这里搞了我一下午！加载数据集[cpp]load heart_scale &load heart_scale&有两个数据集，一个是C++的， 一个是matlab的。libsvm库中下载的是C++数据，所以matlab加载我们下载的heart_scale是会报错的：&这就是视频中遗漏的小问题&[cpp]??? Error using ==& load &Number of columns on line 3 of ASCII file D:ZJU projectsmachine learninglibsvm-3.11heart_scale must be the same as previous lines. &??? Error using ==& load
Number of columns on line 3 of ASCII file D:ZJU projectsmachine learninglibsvm-3.11heart_scale must be the same as previous lines.这时怎么办？&法1、下载matlab数据集（）法2、用libsvmread而非load，就是这里[cpp]libsvmread('heart_scale'); & libsvmread('heart_scale');这样就可以加载数据集了，完成该步骤后发现Workspace中出现了heart_scale_inst 和 heart_scale_label,说明正确。&ok，下一步我们来测试svm的训练和predictD.train & predict[cpp]model = svmtrain(heart_scale_label,heart_scale_inst); &[predict_label,accuracy] = svmpredict(heart_scale_label,heart_scale_inst,model); &model = svmtrain(heart_scale_label,heart_scale_inst);
[predict_label,accuracy] = svmpredict(heart_scale_label,heart_scale_inst,model);可以看到结果：&[cpp]Accuracy = 86.6667% (234/270) (classification) &Accuracy = 86.6667% (234/270) (classification)=========================MAC 版如何在matlab中使用libsvm=========================下面说下mac怎么用libsvm，这里的问题是mex -setup的问题，需要安装一个补丁。1. mac中安装xcode2. xcode的preference中装command line tools3. 下载最新补丁http://www.mathworks.cn/support/solutions/en/data/1-FR6LXJ/4. 在matlab命令行输入&&cd(matlabroot)5. 在matlab命令行输入这个打补丁&&!unzip -o ~/Downloads/optsPatch_MACOSX8.patch6. 可以运行mex -setup了，选择将原来的gcc覆盖掉7. 到libsvm/matlab进行make就搞定啦！具体参考：http://bbs.weiphone.com/read-htm-tid-5787323.html&就OK了。祝大家成功快速实现！&&安装libsvm-mat是在平台下使用libsvm的前提，如果没有安装好也就无法使用，在MATLAB平台下安装libsvm-mat一般有以下几个大步骤：1. 将libsvm-mat所在工具箱添加到matlab工作搜索目录(File ——》 Set Path… ——》 Add with Subfolders...)；2. 选择编译器(mex -setup)；3. 编译文件(make)。每一步都很重要【我就不在每一步前面说 这一步很重要了~】，下面我将 掰饽饽说馅【一句东北俚语i.e.翔实详尽】 的给大家详细说明。1. 将libsvm-mat所在文件夹目录添加到MATLAB工作搜索目录(File ——》 Set Path…——》 Add with Subfolders...)这第一步很重要，如果没有将libsvm-mat所在文件夹目录正确的添加到MATLAB工作搜索目录，使用的时候就会出现 ??? Undefined function or variable 'XXX'. 等等报错。首先明晰一下MATLAB工作搜索目录（路径）和当前目录（路径）这两个概念：当前目录[Current Folder]是指MATLAB当前所在的路径，MATLAB菜单栏下面有一个Current Folder可以在这里进行当前所在目录的更改。工作搜索目录（路径）是指当你使用某一个函数的时候，MATLAB可以进行搜索该函数的所有的目录集合。注：当你使用某一个函数的时候，MATLAB首先会从当前目录搜索调用该函数，如果当前目录没有该函数，MATLAB就会从工作搜索目录按照从上到下的顺序进行搜索调用该函数，如果工作搜索目录中也没有该函数，就会给出 ??? Undefined function or variable 'XXX' 这个报错。所以呀，往后如果出现这个报错，您不妨看一下您想调用的函数所在目录是否添加到MATLAB工作搜索目录中了。说了这么多，第一步就是将libsvm-mat所在文件夹复制到某一个地方后，在MATLAB菜单栏中选择 File ——》 Set Path…——》 Add with Subfolders... 然后选择之前存放libsvm-mat的文件夹，然后点击保存就可以了。如果你添加到工作搜索目录这个你还整不明白，可以看看这个帖子：【原创】Matlab如何安装新的工具箱说是第一步其实真正的第一步是打开电脑，囧~然后将libsvm-mat下来，下载地址如下：Libsvm-mat林智仁先生的原始版本下载libsvm-mat-2.91-1.zip【说明：最新的版本为libsvm-mat-3.0-1.zip大家可以在这里下载 最新版本的改动是将SVM的model structure移动到了svm.h里面，对于常规用户没有影响基本和以前的都一样，只是方便一些高级用户自己进行底层代码的修改】Libsvm-mat faruto版本下载libsvm-mat-2.89-3[FarutoUltimate3.0]GUI版本下载【基于libsvm-mat-2.89-3[FarutoUltimate3.0]】[原创]SVM_GUI_2.0[mcode][by_faruto]2. 选择编译器(mex -setup)好多工具箱其实在上面那步之后就算是“安装”成功了，有的小朋友可能会问：“为啥安装libsvm-mat会选神马编译器，干嘛！？”，因为libsvm的原始版本是用c++写的，这里为了能在MATLAB平台下使用，需要用编译器编译一下，生成一个类似于.m文件的东东（. mexw32文件）这样就可以在MATLAB平台下使用libsvm了，所以这里需要在编译之前选择一个编译器告诉MATLAB：“你丫就用这个我刚刚选择的编译器给我把 svmtrain.c && svmpredict.c等等一系列放在make.m中的文件名字给我编译一下。”这第一步也很重要，如果编译器没有选择好的话，下一步进行make编译的时候就会出现如下报错：Unable to complete successfully.这个表示你没有选择好编译器。下面进行编译器的选择，哎，这里就涉及到一个问题，既然是“选择”，那说明你电脑上需要安装了编译器才行，否则选你妹啊，是吧，哎，这就又涉及到一个问题：“神马是编译器？！”，这里俺就不解释了，学过C语言的应该会懂得，不懂的百度去，这里我推荐使用Microsoft Visual C++ 6.0编译器或者更高版本的visual studio，一般MATLAB会自带一个编译器Lcc-win32 C 但这个在这里无法使用！为啥呢？因为libsvm源代码使用c++写的，而Lcc-win32 C是一个c编译器，无法编译c++源代码！【日了，我都想吐了，真的这篇关于libsvm-mat在MATLAB平台下的安装的帖子我说的真的不能再详细了，详细的我都想吐了，要是还有人不明了如何安装libsvm-mat那只能说明：1.我表达能力还是不行或者2.你丫真的太**了，我希望是前者~】下面具体说说如何选择编译器。首先在MATLAB命令窗【Commond Window】中输入：mex -setup复制代码Remark : 注意 mex 后面要打一个 空格 然后 是-setup。 千万别忘记打一个空格，发现好多朋友在mex和-setup之间没有打空格！！会出现类似如下内容：Please choose your compiler for building external interface (MEX) files: Would you like mex to locate installed compilers [y]/n?复制代码这里问你是否locate本机安装的编译器，正规的选择y然后指定编译器即可，我们先来看一下选择y（选择n在后面说），好下面我们选择y。根据你本机安装的编译器，会出现类似如下内容：Please choose your compiler for building external interface (MEX) files: Would you like mex to locate installed compilers [y]/n? ySelect a compiler: [1] Lcc-win32 C 2.4.1 in D:MATLAB~1syslcc [2] Microsoft Visual C++ 6.0 in D:Microsoft Visual Studio [0] None Compiler:复制代码然后你选择相应的编译器并确认即可：Compiler: 2Please verify your choices: Compiler: Microsoft Visual C++ 6.0 Location: D:Microsoft Visual Studio Are these correct [y]/n? yTrying to update options file: C:UsersfarutoAppDataRoamingMATLABR2009bmexopts.bat From template: & & & & & & &D:MATLAB~1binwin32mexoptsmsvc60opts.bat Done . . . 复制代码PS：matlab支持的编译器列表在这里查看：http://www.mathworks.com/support/compilers/current_release/这样就表示编译器选择成功了（此步骤中可能会出现warning警告是正常现象，不用管的说~）。================================================================如果你输入 mex –setup后在Please choose your compiler for building external interface (MEX) files: Would you like mex to locate installed compilers [y]/n?复制代码这一步选择y后，可选择的编译器里面有没你已经安装的编译器，表示MATLAB可能没有识别记录你安装的编译器的名字和目录（有时候会发生这种情况），此时你应该重新输入 mex –setup后选择n手动进行编译器的设置：mex -setupPlease choose your compiler for building external interface (MEX) files: Would you like mex to locate installed compilers [y]/n? nSelect a compiler: [1] Intel C++ 9.1 (with Microsoft Visual C++ 2005 SP1 linker) [2] Intel Visual Fortran 10.1 (with Microsoft Visual C++ 2005 SP1 linker) [3] Lcc-win32 C 2.4.1 [4] Microsoft Visual C++ 6.0 [5] Microsoft Visual C++ .NET 2003 [6] Microsoft Visual C++ 2005 SP1 [7] Microsoft Visual C++ 2008 Express [8] Microsoft Visual C++ 2008 SP1 [9] Open WATCOM C++ [0] None Compiler: 4 &%选择的这个编译器一定是你本机安装了的，否则选择了也没有用Your machine has a Microsoft Visual C++ compiler located at D:Microsoft Visual Studio. Do you want to use this compiler [y]/n?复制代码这样的话就可以手动选择你想要的编译器了，在Your machine has a Microsoft Visual C++ compiler located at D:Microsoft Visual Studio. Do you want to use this compiler [y]/n?复制代码这个确认步骤，如果你的编译器的确是安装在MATLAB给出的这个目录（我这里是D:Microsoft Visual Studio）那么选择y确认即可，如果不是说明MATLAB没有识别出安装的地方，选择n手动指定目录即可，比如选择n后的结果如下：Compiler: 4Your machine has a Microsoft Visual C++ compiler located at D:Microsoft Visual Studio. Do you want to use this compiler [y]/n? nPlease enter the location of your compiler: [C:Program FilesMicrosoft Visual Studio]复制代码此时输入你安装的编译器的完整目录即可比如：D:Microsoft Visual Studio这样编译器的选择就结束了，相应会遇到的问题大概也就是上面这些了。3. 编译文件(make)这一步说白了就是运行一下 libsvm-mat工具箱中的make.m文件。首先需要把MATLAB的当前目录[Current Folder]调整到libsvm-mat所在的文件夹，如果你要问神马是“当前目录”？看第一步中，有关“MATLAB工作搜索目录（路径）和当前目录（路径）这两个概念”的讲解，i.e.当前目录[Current Folder]是指MATLAB当前所在的路径，MATLAB菜单栏下面有一个Current Folder可以在这里进行当前所在目录的更改。工作搜索目录（路径）是指当你使用某一个函数的时候，MATLAB可以进行搜索该函数的所有的目录集合。有人会问：“如何把MATLAB的当前目录[Current Folder]调整到libsvm-mat所在的文件夹？”答曰：先上个图：你点击箭头所指的那三个点，就能选择libsvm-mat所在的目录了，事先将libsvm-mat工具箱放在一个你想要放的位置即可~然后在MATLAB命令窗【Commond Window】输入make复制代码如果成功运行没有报错，到此就说明libsvm-mat工具箱成功安装了。Libsvm-mat工具箱中有自带的heart_scale.mat测试数据集，可以运行以下代码来check一下是否安装成功：load heart_model = svmtrain(heart_scale_label,heart_scale_inst);[predict_label,accuracy] = svmpredict(heart_scale_label,heart_scale_inst,model);复制代码如果出现下面这个结果，则说明肯定安装成功了：Accuracy = 86.6667% (234/270) (classification)复制代码注：编译文件(make)这一步为神马要把MATLAB的当前目录[Current Folder]调整到libsvm-mat所在的文件夹呢？答曰：因为这一步要运行libsvm-mat工具箱中的make.m文件，因为当你使用某一个函数的时候，MATLAB首先会从当前目录搜索调用该函数，为了防止其他位置也有类似名字的make.m函数，所以这一步要把MATLAB的当前目录[Current Folder]调整到libsvm-mat所在的文件夹，优先运行libsvm-mat文件夹下的make.m文件。=========================================================一些额外要说明的注意事项：PS: make.m的文件内容如下：% This make.m is used under Windowsmex -O -c svm.cppmex -O -c svm_model_matlab.cmex -O svmtrain.c svm.obj svm_model_matlab.objmex -O svmpredict.c svm.obj svm_model_matlab.objmex -O libsvmread.cmex -O libsvmwrite.c复制代码哦，对了，安装完libsvm-mat工具箱，有的小朋友想要用 help svmtain 和 help svmpredict来查看这两个函数的帮助文件，非常杯具的告诉你：运行help svmtain 在较新版本下得到的是MATLAB自带的svmtrain函数的帮助文件；运行help svmpredict 会有如下报错svmpredict not found.复制代码因为svmtrain和svmpredict的源代码是svmtrain.c和svmpredict.c即源代码用c++写的，编译后生成的文件是svmtrain.mexw32和svmpredict.mexw3，而.mexw32这个编译后的文件是加密过的，打开是乱码，根本就没有帮助文件解说，想看svmtrain和svmpredict的源代码直接看svmtrain.c和svmpredict.c即可。O(∩_∩)O~也有的小朋友测试过可以在别人电脑上进行编译然后将编译好的libsvm-mat工具箱复制过来，这样在你的本机上只进行第一步就可以安装成功了~这个是可以的，但我个人还是建议在本机也编译一下才好，因为编译的环境不同（32位或者64位或者XX差异）会导致可能使用别人编译的会出现这样那样的小问题~anyway，就是提一下这个事！下几个帖子计划 掰饽饽说馅 的给大家说说如何使用libsvm进行分类如何使用libsvm进行回归如何优化libsvm的各种参数使用libsvm进行分类和回归的通常的流程以及注意事项【这个最有技术含量了，因为总有朋友说用libsvm做分类或者回归效果不好，我说把数据给我试一下，结果我做的效果一般都会比其要好，为啥捏？这里先简单说一点点：使用libsvm（SVM）不是简简单单的用svmtrain输入几个参数 -c -g 生成model后用svmpredict来分类或者回归，其实更重要的是前期的数据预处理和后期的参数选择（归一化范围的选取，降维算法的选取，以及最佳参数选取的算法）这些才是关键，其实说白了如果这些您都搞得很透彻的话，选择其他分类器也能做好，即这些（前期的数据预处理和后期的参数选择）做好了，选择神马分类器真的并不重要，在libsvm-mat-2.89-3[FarutoUltimate3.0]工具箱中我把常见的数据预处理方法（归一化，降维pca）和参数选择算法（grid search 暴力搜索方法，启发式GA、PSO方法）都封装好了方便大家使用，同样是用这个加强工具箱，但对于同一个测试数据集合，我敢保证肯定会有人用的效果就没有我的好，为啥捏？因为知其然不知其所以然！肯定是其仅仅是了解一些表象的使用，而对于底层到底是怎么回事没有搞清楚，这样在具体的参数调整上肯定是不行的，这也回答之前的“为什么总有朋友说用libsvm做分类或者回归效果不好，我说把数据给我试一下，结果我做的效果一般都会比其要好”的原因。】如何可视化libsvm的分类结果【虚幻的浮云~】如何处理unbalanced label（不平衡数据标签）问题【难点问题】反正 我SVM 就会这么一点东西，早点说完早拉到~PPS：这篇帖子我编辑了一天，用word整理出来大概是5-6页，在此下个狠点的咒怨：谁TM要是转载这个帖子不给出原始链接，不给出faruto作者名，我TM咒你做分类准确率全为0，做回归mse巨大，平方相关系数巨小，各种考试全挂，毕业论文答辩通不过！更多关于SVM的东西请看：关于SVM的那点破事[长期更新整理 by faruto]&&matlab xcode 与 libsvm 的设置方法mac的系统还是太小众了，碰到问题搜索了很多资料，再加上自记得摸索才得到解决的办法科研需要用到matlab的c编译器，在moumntain lion下面如果要用到libsvm等需要编译才可以使用的工具包，则必须为matlab指定一个编译器mac下xcode带有一个 llvm-gcc编译器，但是配置起来还是要一番功夫的，首先国内网站的所有帖子几乎都不适于现在的mountain lion和xcode4.5.2但是matlab必须打一个补丁才能兼容xcode，官方指南matlab官方解决方案的但是这个方案其实依赖一个xcode command line tools，一直以来国内外的一些帖子没有成功配置好都是因为没有安装这个command line tools尤其是一个帖子提到了需要用到root权限，sudo启动matlab 之后打相应的补丁，这个方法真的害死我了，如果用sudo打开matlab，打好补丁之后 以后每次启动都必须sudo才可以 否则就启动出错，删了重装也无法解决，后来参考一个帖子重设权限才可正常启动所以千万别按他的方法搞。。。还有一些朋友的帖子说打好补丁后“用mex -setup的时候如果可以看到Template Options file for building llvm-gcc MEX-files字样的话就是成功了，如果没看到llvm-gcc的话就是悲剧了，其实这个不对的，我打好补丁mex -setup并没有显示llvm-gcc的（如果打最后那个补丁Xcode4_OLD.patch就有llvm字样，打mountain lion也就是optsPatch_MACOSX8.patch是没有这个字样的只有Template Options file for building gcc MEX-files）其实关键的关键就是要一定要安装xcode的command line tools才可以编译成功说了这么多 我还是具体说一下正确的步骤把：1 安装好matlab （我是装得2012b，其他版本也都差不多）2 安装xcode，我是直接用mac store装的 xcode免费的，但是比较大1个半G，store下载特别慢所以推荐晚上装，早上就差不多装好了。3 安装xcode的command line tools这一步很关键 官方指南没有提，但是一定做 否则不会成功编译的方法是打开xcode，我是随便建立一个项目，其实只要打开xcode，最上面的菜单栏显示出来了 就可以了点击菜单的xcode-&perference 回弹出一个窗口，点击downloads那个按钮 就能看到command line tools的下载按钮了，安装它（大概还要1小时多。。。）安装好 command line tools就可一进行下一步了4 到官方网站
下载最新的补丁（些此文时是optsPatch_MACOSX8.patch）5按照指南的指示进入matlab根目录命令是 cd(matlabroot)打好补丁命令是 !unzip -o ~/Downloads/optsPatch_MACOSX8.patch6 需要做的工作都差不多了 就可以mex -setup 了选择Template Options file for building gcc MEX-files 就可以了至此就完成了matlab C编译器 xcode的设置如果需要libsvm，下载之后直接make就行了。&
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小白求助一个matlab初级问题“??? Undefined function or variable”
运行一个模型，偶尔能出结果图形，但多数情况下总是出现??? Undefined function or variable “t”或“y”。这应该是个初级问题，但本人纯粹新手，不知如何解决，抑郁了两天，向各位大侠求助！程序如下：
function dy=ODE45_fun(t,y)
a=5;b=4.5;c=3;d=3;e=4.9;f=4;g=3.5;h=5;
dy(1)=y(1).*(1-y(1)).*((f-e+g-h).*y(2)-(g-h));
dy(2)=y(2).*(1-y(2)).*((a-c)-(a-c+d-b).*y(1));
dy=[dy(1);dy(2)];
ODE45_fun(t,y)
%ODE45主函数，用以计算yh方程
%tspan为时间区间
tspan=[0,50];
%y0为初始值
y0=[0.45;0.76];
%调用函数进行计算
[t,y]=ode45('ODE45_fun',tspan,y0);
%其他设置为缺省默认
data=[t,y];
save ODE45_data.txt data -ascii
%数据太大，以ASCII文件保存
plot(t,y(:,1),'-',t,y(:,2),'m')
title('yh方程')
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Undefined function or variable
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on 24 Sep 2014
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Hello All,I get this errorUndefined function or variable "uw".
Error in myoz&elj (line 292)
ua=exp(-beta*(uw + cb));
Error in myoz (line 66)
U11=elj(r,sig11,eps11,beta,Lb,q1,q1);
How to solve it? Can anyone please help me to solve it?This is my codefunction [h,c]=myoz
global L U rho iopt
iopt = 0; % Hyper-netted Chain
eps11=1.0; eps12=0.7; eps22=0.5;
sig11=10.0; sig12=6.0; sig22=1.0;
q1=-2.0;q2=+1.0;
rho1= 0.25*10^(-4);
rho2=(-rho1*q1)/q2;
beta=0.40093;
Lb= 0.0036069;
dx = sig11/300; L = (n-1)* r=0:dx:L; r=r';
dt= pi./L;
rho=[rho1',rho2']';
%U=elj(r,sigma,epsilon,beta);
U11=elj(r,sig11,eps11,beta,Lb,q1,q1);
U12=elj(r,sig12,eps12,beta,Lb,q1,q2);
U22=elj(r,sig22,eps22,beta,Lb,q2,q2);
U=[U11',U12',U22']';
tol=[1.d-8,1.d-8];
x=zeros(6*n,1);
parms=[40,80,-0.9];
[sol, it_hist, ierr] = nsoli(x,'oz',tol);
%% Unpack h and c.
h11=sol(1:n);h12=sol(n+1:2*n); h22=sol(2*n+1:3*n);
c11=sol(3*n+1:4*n); c12=sol(4*n+1:5*n); c22=sol(5*n+1:6*n);
g11= h11+1; g12= h12+1; g22= h22+1;
cd=cdirect(c12,c22);
if h11~=0.0
veff = h11-ceff-log(1.0+h11);
h111= (exp(-veff+h11-ceff))-1;
function u= elj(r,sigma,epsilon,beta,Lb,q1,q2)
n2=length(r);
ra=r(2:n2);
r12=(sigma./ra).^12; r6=(sigma./ra).^6;
%cb =((q1*q2)./(4*pi*epsilon0*ra*0.59616));
%u = uwca+
cb = ((Lb*q1*q2)./(beta*ra));
uj= 4*epsilon*(r12-r6);
if ra &= 1.12246*sigma
ua=exp(-beta*(uw + cb));
u=[0,ua']';
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&Accepted Answer
'uw' is defined in an if statement, but used in the else part of the same if statement where it is guaranteed not to be defined.
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function u= elj(r,sigma,epsilon,beta,Lb,q1,q2)
if ra &= 1.12246*sigma
ua=exp(-beta*(uw + cb));
There's no path to have uw defined in the function if the else clause is taken...only if the condition is true will there be a value for uw defined.
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