怎么用IGV软件分析基因突变的应用

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2018-06-16 22:44 标签： 基因突变片段分析法
课程-基因组浏览器（IGV）使用教程
IGV是用于基因组中各类数据的整合可视化，非常适合NGS的一款软件。IGV为Java软件，可以桌面使用，也可命令行运行；并且可以满足不同类型的研究的需求，便于查看各种类型的现成的数据，如TCGA数据库，Epigenetic & lincRNA studies、1000 Genomes Project、个人的研究项目等。
IGV是用于基因组中各类数据的整合可视化，非常适合NGS的一款软件。IGV为Java软件，可以桌面使用，也可命令行运行；并且可以满足不同类型的研究的需求，便于查看各种类型的现成的数据，如TCGA数据库，Epigenetic & lincRNA studies、1000 Genomes Project、个人的研究项目等。
本次在线交流我们围绕IGV的使用重点介绍以下内容：
1）软件介绍与安装启动
2）数据导入与文件格式介绍
3）IGVTools介绍
4）数据练习
交流时间：日 下午16:00-18:00
IGV使用教程案例数据： 密码：i64z
IGV软件下载：3 &密码：j0v1
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最新中奖情况：&&三菱M701F4燃机IGV跟随技术的应用分析--《中国高新科技》2018年03期
三菱M701F4燃机IGV跟随技术的应用分析
【摘要】：三菱M701F4改进型联合循环机组进口可调导叶(IGV)的设计,在机组启停过程中起到了防止压气机发生喘振的作用。同时,在机组正常运行中,通过IGV的控制可实现对燃机排气温度和压气机进气流量的控制,并间接影响机组排放物的组成。因此,合理的IGV控制逻辑不仅能够消除机组运行中冒黄烟的现象,还能有效提高机组的运行效率。
【作者单位】：
【分类号】：TM621.3
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IGV故障分析及处理方法
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你可能喜欢基因组可视化工具第一弹：IGV基因组可视化工具第一弹：IGV百迈客云百家号我要做比对数据的可视化。。。。。。好哒、好哒，可是我不会。。。。。。小编自诩宇宙无敌生信gou，所以这能难倒我吗？于是乎，经过闭关修炼，终于摸清了门路。为了成就我高逼格人生，请让我一展拳脚。。。。IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因组浏览器，不管你用何种系统基本上都可找到对应的安装包，方便且实用。只需要导入参考基因组文件以及bam或者bw文件即可（本文仅以bam和bw文件进行讲解）。参考基因组大家都不陌生，它以.fa结尾，测序数据需要与其做比对。那么问题来了，bam是什么，bw又是什么鬼？且听小编娓娓道来......bam文件是你的测序数据与参考基因组比对后得到的文件，用记事本，notepad等文本编辑器都无法打开，因为它很大，即使打开也看不了，因为它是乱码；乱码？因为它是二进制文件；为什么二进制文件看不了呢？因为。。。好吧，你猜！bw文件是bigwig的缩写，它是wig文件的二进制文件，wig和bigwig文件都是UCSC为了追踪参考基因组的各个区域覆盖度所规定的文件。实际上它就是UCSC定义的可以放到他自己的基因组浏览器上进行可视化的软件，当然UCSC也提供了转换小工具(http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ )，通过基因组比对的bam文件产生。不过，强大的IGV早已看透了这一切，对这类文件也是可以轻松搞定！bam和bw文件通常情况下都很大，而他们最最重要的用途之一就是用来进行可视化展示。那么问题来了？我该如何将其导入IGV呢？废话不多说（额，好像已经说了很多废话）干货走起！下载及安装1. 下载链接：http://software.broadinstitute.org/software/igv/download（MAC，Windows，linux版）2. 解压进入文件夹。已经安装java的前提下，windows版，双击igv.bat；linux版则需进入终端键入sh igv.sh。稍等片刻弹出IGV页面如下：操作1.导入基因组文件IGV中存储了部分参考基因组，可以在第二行第一个下拉框寻找，如上图1号框。如果有，直接点击系统将自动下载并导入；如果没有，则选择Genomes->Load Genomes From Files 导入本地的基因组fa文件，记住一定是fa文件哦！2.导入bam或bw文件File->Load from File， 导入bam 或者bw文件。注意，bam一定要sort，同时在bam文件所在的目录下一定要有bam文件对应的.bai索引文件。bam文件排序：
A.sortbam文件构建索引： samtools
A.sort.bam 导入后只需在2号框选择感兴趣的染色体，或者在3号框键入感兴趣的基因组位置（格式：染色体：起始位置-终止位置），回车就可以在下图4,5号框展示出所选区域的read的覆盖情况。如果你选择的基因组区域过大，在read覆盖区就会出现Zoom in to see coverage字样，这时可以去6号框的位置点击“”去放大图片即缩小所选区域（“”则相反）。如果想选择基因进行可视化，可以在3号框键入基因的位置，或者通过Regions->Gene Lists 来选择感兴趣的基因集，当然也可导入自己感兴趣的基因list。如上图所示，4号框对应的是该样品在基因组上覆盖度的track, 横坐标是基因组上的位置，纵坐标是该位置上的测序深度；5号框对应的是该样品比对到该基因组上的read情况的track，每一条都是一个read，将鼠标放在read上会有该read的一个比对详情。注：如果导入的是bw文件将只有4号框的内容即read的覆盖深度，所以要是想看read的比对情况还是要用bam文件滴。3.调整可视化效果文件导入了，区域也找好了，那么问题又来了：这图怎么用啊？丑爆了吧~~说好的高大上呢？我的文章！我的标书！客官别急，所有这些都是可以调的。颜色不好看？调！高度不均？调！左侧字太多？调！调！调！在深度区域或者read覆盖区域单击右键，会弹出一个下拉菜单，如下图：... ...哎呀，参数实在太多了，大家自己试吧~~4.图片保存最后调整好各种参数就可以保存图片啦。依然是右键单击选择Save image...即可。 这时如果你加上PS或者AI便是锦上添花，结果展示堪称完美！！对IGV感兴趣的童鞋可以去官网深度挖掘其更强大的功能~~篇幅有限，小编仅介绍了冰山一角，链接为各位奉上：http://software.broadinstitute.org/software/igv/userguide。想必各位都注意到了，本篇题目为基因组可视化工具第一弹。没错，这是一个系列课程，IGV需要提前安装java及软件，我们的第二弹将带给各位一个不需要安装软件的在线可视化工具，感兴趣的童鞋们可以小小期待一下啦。。。。本文由百家号作者上传并发布，百家号仅提供信息发布平台。文章仅代表作者个人观点，不代表百度立场。未经作者许可，不得转载。百迈客云百家号最近更新：简介:专注于生物基因科技数据分析与研究作者最新文章相关文章

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