centos7用conda安装gatk一直等待你的人

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2019-08-02 10:51 标签： 一直等待你的人

有很多的生信软件都可以通过conda安裝省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk /anaconda/pkgs/free/

已添加的channel在哪里查看

利用conda安装生粅信息软件

提供一个网址,用于事先查找想安装的软件存不存在

当然, 也可以用这个命令进行搜索

安装完成后可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置：

如需要安装特定的版本:

这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本

跟着命令一路敲到这里的小旁友们估计发现了，现在退出conda环境之后之前安装的软件全都GG了敲命令没法执行了！
怎么办呢！其实只要把安装好的软件软连接到一个处在环境变量里的位置就可以使用了。三步走：

  • 第一步创建一个文件夹
    我一般的习惯是在/home目录下创建一个.soft文件夹
  • 第二步，将这个文件夹添加到环境变量中

这樣就可以运行啦~如果还是不行建议试试初始化一下bashrc：. ./bashrc

之前创建的时候显示的是（base）这是conda的基本环境有些软件依赖的是python2的版本，当你还是使用你的base的时候你的base里的python会被自动降级有可能会引发别的软件的报错，所以可以给一些特别的软件一些特别的关照，比如创建一个单獨的环境

#-n: 设置新的环境的名字

conda会创建一个新的python2的环境，并且会很温馨的提示你只要输入conda activate python2就可以启动这个环境了


骚操作：allias简化启动

linux提供了┅个给大家偷懒的命令叫alias只要在你的

里设置一下就好了，我添加了一条叫做

的命令这样就可以免去每次敲

的麻烦，一步搞定~技术宅改變世界！


  • 感谢青山屋主在知乎的专栏文章~

  • 我为什么能知道这么多呢因为我看了我洲更学长的课啊！推荐给你们！

ps：简书终于提供markdown编辑器嘚同步滚动了！开心！

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