苏教版二年级数学上册0厘米后面单位要不要加

曼哈顿图本质上是一个散点图鼡于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点它得名源于样式与曼哈顿天际线相似。

近几年在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇

大数据中,即展示数据全貌又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息绝对高端大气,而且还有内涵

以GWAS研究结果为例:

- X轴为染色体编号,且每个基因组SNP位点沿染色体序列排列;在16S扩增子或宏基因组中则为OTU按Taxonomy某一级别排序

- Y轴为该位点相关的统计显著性P-value值,由于p-value值范围是从0-1且越小樾好,直接展示非常密集于0附近很难区分。如何使越近0的显著数值变大且而容易区分开,log10变换是非常好的方法直接把关注的高显著性(Pvalue趋近零)值高位显示,远离整体目标一目了然。

- 图中水平线一般为设定的不同显著性水平阈值方便读出每个点的显著性水平;或只添加一条显示性阈值,高于则显著

散点图,自然还是R语言ggplot2可以画的非常漂亮。这里我们介绍CMplot绘制曼哈顿图

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