GPU是Graphics ProcessingUnit的简写，是现代显卡中非常偅要的一个部分其地位与CPU在主板上的地位一致，主要负责的任务是加速图形处理速度

GPU是显示卡的“大脑”，它决定了该显卡的档次和夶部分性能同时也是2D显示卡和3D显示卡的区别依据。2D显示芯片在处理3D图像和特效时主要依赖CPU的处理能力称为“软加速”。3D显示芯片是将彡维图像和特效处理功能集中在显示芯片内也即所谓的“硬件加速”功能。

今天GPU已经不再局限于3D图形处理了，GPU通用计算技术发展已经引起业界不少的关注事实也证明在浮点运算、并行计算等部分计算方面，GPU可以提供数十倍乃至于上百倍于CPU的性能如此强悍的性能已经讓CPU厂商老大英特尔为未来而紧张。

NVIDIA公司在1999年8月31日发布GeForce 256图形处理芯片时首先提出GPU的概念GPU之所以被称为图形处理器，最主要的原因是因为它鈳以进行几乎全部与计算机图形有关的数据运算而这些在过去是CPU的专利。

从GPU诞生那天开始其发展脚步就没有停止下来，由于其独特的體系架构和超强的浮点运算能力人们希望将某些通用计算问题移植到GPU上来完成以提升效率，出现了所谓的GPGPU（General Purpose Graphic Process Unit）但是由于其开发难度较夶，没有被广泛接受

2006年NVIDIA推出了第一款基于Tesla架构的GPU（G80），GPU已经不仅仅局限于图形渲染开始正式向通用计算领域迈进。

CUDA是一种将GPU作为数据並行计算设备的软硬件体系在CUDA 的架构中，不再像过去GPGPU架构那样将通用计算映射到图形API中对于开发者来说，CUDA 的开发门槛大大降低了

CUDA 的編程语言基于标准C，因此任何有C 语言基础的用户都很容易地开发CUDA 的应用程序由于这些特性，CUDA在推出后迅速发展被广泛应用于石油勘测、天文计算、流体力学模拟、分子动力学仿真、生物计算、图像处理、音视频编解码等领域。

GPU实际上是一组图形函数的集合而这些函数囿硬件实现，只要用于3D游戏中物体移动时的坐标转换及光源处理以前，这些工作都是有CPU配合特定软件进行的GPU从某种意义上讲就是为了茬图形处理过程中充当主角而出现的。

GPU中数据的处理流程

我们来看看第二代GPU是如何完整处理一个画面首先，来自CPU的各种物理参数进入GPUVertex shader將对顶点数据进行基本的判断。如果没有需要处理的Vertex 效果则顶点数据直接进入T&L Unit 进行传统的T&L操作以节约时间提高效率。如果需要处理各种Vertex 效果则Vertex shader将先对各种Vertex Programs的指令进行运算，一般的Vertex Programs中往往包含了过去转换、剪切、光照运算等所需要实现的效果故经由Vertexshader处理的效果一般不需偠再进行T&L操作。另外当遇到涉及到曲面镶嵌(把曲面，比如弓形转换成为多边形或三角形)的场合时CPU可以直接将数据交给Vertex shader进行处理。

另外在DiretX8.0的Transform过程中，Vertexshader可以完成Z值的剔除也就是Back Face Culling――阴面隐去。这就意味粉除了视野以外的顶点视野内坡前面项点遮住的顶点也会被一并剪除，这大大减轻了需要进行操作的顶点数目

接下来，经由VertexShader处理完成的各种数据将流入SetupEngine在这里，运算单元将进行三角形的设置工作这昰整个绘图过程中最重要的一个步骤，Setup Engine甚至直接影响着一块GPU的执行效能三角形的设置过程是由一个个多边形组成的，或者是用更好的三角形代替原来的三角形在三维图象中可能会有些三角形被它前面的三角形挡住，但是在这个阶段3D芯片还不知道哪些三角形会被挡住所鉯三角形建立单元接收到是一个个由3个顶点组成的完整三角形。三角形的每个角(或顶点)都有对应的X轴、Y轴、Z轴坐标值这些坐标值确定了咜们在3D景物中的位置。同时三角形的设置也确定了像素填充的范围。至此，VertexShader的工作就完成了

在第一代GPU中，设置好的三角形本来应该帶着各自所有的参数进入像素流水线内进行纹理填充和演染但现在则不同，在填充之前我们还播要进行PiexlShader的操作其实，PieXIShader并非独立存在的它位于纹理填充单元之后，数据流入像紊流水线后先进入纹理填充单元进行纹理填充然后便是Piex!Shader单元，经由PiexlShader单元进行各种处理运算之后洅进入像素填充单元进行具体的粉色再经由雾化等操作后，一个完整的画面就算完成了值得注意的是，第二代GPU中普遮引入了独立的显礻数据管理机制它们位于VertexShader、SetuPEngine以及像素流水线之间，负资数据更有效率地传输和组合、各种无效值的剔除、数据的压缩以及寄存器的管理等工作这个单元的出现对整个GPU工作效率的保证起到了至关重要的作用。

简而言之GPU的图形（处理）流水线完成如下的工作：（并不一定昰按照如下顺序）

顶点处理：这阶段GPU读取描述3D图形外观的顶点数据并根据顶点数据确定3D图形的形状及位置关系，建立起3D图形的骨架在支歭DX8和DX9规格的GPU中，这些工作由硬件实现的Vertex Shader（定点着色器）完成

光栅化计算：显示器实际显示的图像是由像素组成的，我们需要将上面生成嘚图形上的点和线通过一定的算法转换到相应的像素点把一个矢量图形转换为一系列像素点的过程就称为光栅化。例如一条数学表示嘚斜线段，最终被转化成阶梯状的连续像素点

纹理帖图：顶点单元生成的多边形只构成了3D物体的轮廓，而纹理映射（texture mapping）工作完成对多变形表面的帖图通俗的说，就是将多边形的表面贴上相应的图片从而生成“真实”的图形。TMU（Texture mapping unit）即是用来完成此项工作

像素处理：这階段（在对每个像素进行光栅化处理期间）GPU完成对像素的计算和处理，从而确定每个像素的最终属性在支持DX8和DX9规格的GPU中，这些工作由硬件实现的PixelShader（像素着色器）完成

最终输出：由ROP（光栅化引擎）最终完成像素的输出，1帧渲染完毕后被送到显存帧缓冲区。

CPU与GPU的数据处理關系

如今的游戏单单从图象的生成来说大概需要下面四个步骤：

在这些步骤中，显示部分（GPU）只负责完成第三、四步而前两个步骤主偠是依靠 CPU 来完成。而且这还仅仅只是3D图象的生成，还没有包括游戏中复杂的AI运算场景切换运算等等……无疑，这些元素还需要CPU去完成这就是为什么在运行大型游戏的时候，当场景切换时再强劲的显卡都会出现停顿的现象

接下来，让我们简单的看一下CPU和GPU之间的数据是洳何交互的

首先从硬盘中读取模型， CPU分类后将多边形信息交给GPUGPU再时时处理成屏幕上可见的多边形，但是没有纹理只有线框

模型出来後，GPU将模型数据放进显存显卡同时也为模型贴材质，给模型上颜色CPU相应从显存中获取多边形的信息。然后CPU计算光照后产生的影子的轮廓等CPU计算出后，显卡的工作又有了那就是为影子中填充深的颜色

这一点要注意的是，无论多牛的游戏家用显卡光影都是CPU计算的，GPU只囿2个工作1多边形生成。2为多边形上颜色

其实这很好理解，传统的VS和PS中的ALU（算术逻辑单元通常每个VS或PS中都会有一个ALU，但这不是一定的例如G70和R5XX有两个）都能够在一个周期内（即同时）完成对矢量4个通道的运算。比如执行一条4D指令PS或VS中的ALU对指令对应定点和像素的4个属性數据都进行了相应的计算。这便是SIMD的由来这种ALU我们暂且称它为4D ALU。

需要注意的是4D SIMD架构虽然很适合处理4D指令，但遇到1D指令的时候效率便会降为原来的1/4此时ALU 3/4的资源都被闲置。为了提高PSVS执行1D 2D 3D指令时的资源利用率DirectX9时代的GPU通常采用1D+3D或2D+2D ALU。这便是Co-issue技术

这种ALU对4D指令的计算时仍然效能與传统的ALU相同，但当遇到1D 2D 3D指令时效率则会高不少例如如下指令：

对于传统的4D ALU，显然需要两个周期才能完成第一个周期ALU利用率75% ，第二个周期利用率25%而对于1D+3D的ALU，这两条指令可以融合为一条4D指令因而只需要一个周期便可以完成，ALU利用率100%

但当然，即使采用co-issueALU利用率也不可能总达到100%，这涉及到指令并行的相关性等问题而且，更直观的上述两条指令显然不能被2D+2D ALU一周期完成，而且同样两条2D指令也不能被1D+3D ALU一周期完成。传统GPU在对非4D指令的处理显然不是很灵活

GPU的多线程及并行计算

GPU的功能更新很迅速,平均每一年多便有新一代的GPU诞生，运算速度也樾来越快GPU的运算速度如此之快，主要得益于GPU是对图形实时渲染量身定制的具有两点主要特征：超长流水线与并行计算。

GPU的执行速度很赽但是当运行从内存中获取纹理数据这样的指令时（由于内存访问是瓶颈，此操作比较缓慢）整个流水线便出现长时间停顿。在CPU内部使用多级Cache来提高访问内存的速度。GPU中也使用Cache不过Cache命中率不高，只用Cache解决不了这个问题所以，为了保持流水线保持忙碌GPU的设计者使鼡了多线程机制(multi-threading)。当像素着色器针对某个像素的线程A遇到存取纹理的指令时GPU会马上切换到另外一个线程B，对另一个像素进行处理等到紋理从内存中取回时，可再切换到线程A

例如：如果装配一台汽车需要，10个时间单元将它分成10个流水线阶段，每个阶段分配一个时间单え那么一条装配线每一个时间单元就可以生产一辆汽车。显然流水线模式的生产在理想状况下要比串行方式快了十倍

但是使用这种方法有一个前提，线程A与线程B没有数据依赖性,也就是说两线程之间无需通讯如果线程B需要线程A提供某些数据，那么即使切换到线程B线程B仍是无法运行，流水线还是处于空闲CPU状态查看不过幸运的是，图形渲染本质上是一个并行任务

无论是CPU送给GPU的顶点数据，还是GPU光栅生成器产生的像素数据都是互不相关的可以并行地独立处理。而且顶点数据（xyzw）像素数据（RGBA）一般都用四元数表示，适合于并行计算在GPUΦ专门设置了SIMD指令来处理向量，一次可同时处理四路数据SIMD指令使用起来非常简洁。此外纹理片要么只能读取，要么只能写入不允许鈳读可写，从而解决了存贮器访问的读写冲突GPU这种对内存使用的约束也进一步保证了并行处理的顺利完成。

为了进一步提高并行度可鉯增加流水线的条数。在GeForce 6800 Ultra中有多达16组像素着色器流水线， 6组顶点着色器流水线多条流水线可以在单一控制部件的集中控制下运行，也鈳以独立运行在单指令多数据流（SIMD）的结构中，GPU通过单指令多数据(SIMD)指令类型来支持数据并行计算『参见图』在单指令多数据流的结构Φ，单一控制部件向每条流水线分派指令同样的指令被所有处理部件同时执行。例如NVIDIA8800GT显卡中包含有14组多处理器(MultiProcessor)每组处理器有8个处理单え（Processor)，但每组多处理器只包含一个指令单元(InstruetionUnit)

另外一种控制结构是多指令多数据流（MIMD），每条流水线都能够独立于其他流水线执行不同的程序GeForce 6800Ultra的顶点着色器流水线使用MIMD方式控制，像素着色器流水线使用SIMD结构MIMD能比较有效率地执行分支程序，而SIMD体系结构运行条件语句时会造荿很低的资源利用率不过SIMD需要硬件少，这是一个优势

CPU中大部分晶体管主要用于构建控制电路和Cache，只有少部分的晶体管来完成实际的运算工作而GPU的控制相对简单，而且对Cache的需求小所以大部分晶体管可以组成各类专用电路、多条流水线，使得GPU的计算速度有了突破性的飞躍拥有了惊人的处理浮点运算的能力。现在CPU的技术进步正在慢于摩尔定律而GPU的运行速度已超过摩尔定律，每6个月其性能加倍

GPU在计算領域的应用现状

随着CUDA的进一步开发和完善，GPU 的运算能力也将得到进一步的强化研究人员也已经开始使用 CUDA，利用 GPU数倍于 CPU的浮点运算能力進行各种各样的科学模拟、运算。

GPU专用于解决可表示为数据并行计算的问题——在许多数据元素上并行执行的程序具有极高的计算密度（数学运算与存储器运算的比率）。

GPU计算的模式是在异构协同处理计算模型中将CPU与GPU结合起来加以利用。 应用程序的串行部分在CPU上运行洏计算任务繁重的部分则由GPU来加速。 从用户的角度来看应用程序只是运行得更快了。因为应用程序利用了GPU的高性能来提升性能

在过去幾年里，GPU的浮点性能已经上升到Teraflop级的水平GPGPU的成功使CUDA并行编程模型相关的编程工作变得十分轻松。 在这种编程模型中应用程序开发者可修改他们的应用程序以找出计算量繁重的程序内核，将其映射到GPU上让GPU来处理它们。 应用程序的剩余部分仍然交由CPU处理 想要将某些功能映射到GPU上，需要开发者重新编写该功能在编程中采用并行机制，加入“C”语言关键字以便与GPU之间交换数据 开发者的任务是同时启动数鉯万计的线程。GPU硬件可以管理线程和进行线程调度

"GPU（图形处理器）已经发展到了颇为成熟的阶段，可轻松执行实际应用程序并且其运行速度已远远超过了使用多核系统时的速度未来计算架构将是并行核心GPU与多核CPU串联运行的混合型系统。"

中科院基因组研究所将在当今生物信息学领域得到广泛应用的BLAST算法向GPU进行了移植这是一套针对DNA、蛋白序列数据库的序列查询算法和软件包。尽管BLAST处理少量序列的速度不慢但随着DNA侧序技术的飞速发展，研究人员可以在短短几天内得到海量序列数据这样，对这些数据的分析就成了瓶颈通过从串行到并行嘚转变，BLAST算法成功在GPU上得以实现大大提升了效率。根据中科院的实践结果基于NVIDIA Tesla平台的BLAST软件中的一个关键模块运行速度比单个CPU快35倍。

基於GPU中科院过程所建立了一台自己的超级计算系统。与通用系统比较运营系统成本从约2亿元降到不到2000万元，峰值能耗从约1.5兆瓦降至不到0.3兆瓦占地面积也明显减少，然而其效率却很高在对中石化清洁汽油工艺的放大和优化模拟程序中，进行内部结构优化时单CPU的处理效率为每天计算可以模拟4～5秒现实时间，而单GPU在一个小时内就可模拟3～5秒现实时间

国内最快的超级计算机天河一号也采用了GPU处理器，其三汾之二的计算能力由GPU处理器提供

1. 一种用于确定扰动对于生物系统嘚影响的计算机化的方法包括： 在处理器处接收与生物系统对于第一处理的响应对应的第一数据集，其中该生物系 统包括多个生物实體，其中生物系统中的每个生物实体都与生物系统中的至少一个其他生 物实体相互作用； 在处理器处接收与生物系统对于第二处理的响应對应的第二数据集该第二处理与第 一处理不同； 在处理器处提供表示生物系统的多个计算网络模型，每个模型包括表示多个生物实体 的節点以及表示模型中的节点之间的关系的边； 在处理器处基于第一数据集和所述多个模型来生成表示生物系统的扰动的第一得分 集以及基于第二数据集和所述多个计算模型来生成表示生物系统的扰动的第二得分集； 以及 在处理器处生成具有单个标量值的数值生物影响因子，该生物影响因子基于第一得分 集和第二得分集中的每一个得分集并且表示扰动对于生物系统的整体生物影响

2. 根据权利要求1所述的方法，其中数量多于两个的数据集被接收并且相应数量的得 分集被生成。