能不能介绍些phylogenetic方面的入门资料及其在生态学方面的应用呢
我的网页上也链接了一些资源, 这些幻灯片和软件操作指南都是可以下载的
对于怎麼入手去学习谱系软件你有什么好的建议吗?
学习系统发育分析一定要先把R软件学好,特别是ape程序包和picante程序包弄清楚随机化检验的原理及实现方法,同时要学习Phylocom软件 只要按步骤操作就可以了。但是这些只是技术手段都是比较容易实现的。真正决定研究水平的是研究所解决的问题,如检验假说这就需要阅读大量的文献。
中说系统发育分析中节点表示共同祖先,枝长表示改变了的性状的数量(進化速率)?
那么如果要比较两个物种的出现早晚,就比较它们到共同祖先的枝长就可以了
如果其中一个物种到共同祖先之间的节點数比另一个物种多,只能说明在它这条分枝上保存下来的物种比较多而不能说明它这条分枝的进化速率比较快?
物种到共同祖先的时間是一致的而不同类型的进化树, 其枝长的意义是不同的
Phylogram中有一类, 是Chronogram Chronogram的枝长就是表示时间, 经过分子钟校订之后的进化树 都是Chronogram。Phylogram还包括 简约法获得的进化树, 这里的枝长 表示变化了的为点数。极大似然法获得的进化树中枝长表示碱基突变的概率。所以不能咣看枝长 首先要了解是怎样获得的进化树。
比较大的系统发育树里能否挑选出部分物种重新构建系统发育树呢?新构建的系统发育树能否通过Phylocom软件计算其多样性等相关變量呢
如果当前的进化树是有枝长的newick格式的进化树(一定要保证枝长表示的是分化时间), 要选出部分的种类可以先用R软件ape程序包的read.tree讀取进化树, 之后用drop.tip() 函数去掉不需要的物种
我在里面原始文件是不是用
但是如果直接运行Phylocom的内存不够, 在R中调用Phylocom仍然会内存不足的问题 如果用picante或者PhyloMeasures程序包,请一定要按照函数的说明准备输入的数据
我将树以newick的形式导进去后无法进行后面嘚分析,我也不清楚像样方数据怎么输到R中说明文件中的例子我操作了一次,也成功了但Phylocom是如何输入进去的我不清楚。您能否教我使鼡这个程序包举一个三、五个样方的例子?
如何一次性地读入多个.tre或.nex格式的文件到R的一个list中
ape的read.tree返回值是list,可以读取多棵进化树可参栲如下命令:
我这边有两个100×100的对角矩阵一个是betaNTI值,同时我想和样点间pH的差值比较dist(data$ph)
,以一个散点图的形式呈现但是我不知如何通过R把他们的所有距离一一对应起来?我对循环不熟df <- data.frame()
不知道如何能把这个distz转换成一列向量啊大概应该有5050值吧?
回複: 可以先将对角线的值设为0然后转换成dist类型的距离矩阵,最后用simba程序包的liste函数将其转换为data.frame即可。
我建立了一个树Phylo2.txt;同时有一个群落data2.txt我计算能得到PD,但是我计算MPD或者MNTD时却显示是下标出界,我好久都找不出原因我现在把所有的东西都简化了,还是找不出原因不知您能不能给帮忙解答一下!
下标出界很可能是进化树中的物种数与群落中的物种数不匹配造成的。需要将两者的名称完全对应起来不能┅个多于另一个。用Phylocom计算就可以发现这个问题了
我用Phylocom的数据进行练习,发现Phylocom软件计算的NRI值跟我用picante包ses.mpd()计算的值差了一个负号,而且两者嘚值也不太一样是不是因为Phylocom计算结果比用picante包的结果更精确呢?有这样的说法吗
在Phylomatic 中,无论有没有勾选clean按照练习的步骤在Phylocom 中进行练习,然后并没有得到结果我不知道我是哪里出错了。
Phylocom计算的是NRI picante计算的是SES.mpd,两者符号相反picante和Phylocom的结果都是可以使用的,在精确程度上 并沒有什么明显区别。
结果绝对值的差异主要是来源于随机化过程在R中, 可以设定随机数种子 保证每次获得的随机数序列都是相同的。 泹是在Phylocom中似乎不能设定因此, Phylocom每次运行的结果会有一定的差异
第二个问题,很可能是你的命令设定错了 这跟是否勾选clean没有什么关系。 也可能是你的sample的格式有问题 或者sample中的物种名与进化树中的物种名不能完全匹配。具体要看Phylocom在运行时给出什么提示
我最近在学习R的程序包picante分析PSV。我用lm.str()打开R自带的sample和tree以后仍然不太明白可以用R进行分析的sample和tree的具体格式。我原来的sample格式都是对应Phylocom软件建的
我尝试着用R软件使用您的代码分析我的野外调查数据时,当运行到代码
不知道您在使用过是是否有这样的情况一般是什么原因引起这样的错误呢,我應该怎么排除啊
我的电脑上运行没有问题。 我的是 64bit, Win10. 脚本和结果参见附件
我随机选的物种和随机放置不同的样方中所进行的练习,用picante包計算它们的谱系结构然后软件求得的RNI值,跟我用公式计算的值数值是一样的但是公式求得值是负数呀,我想问下这两个结果都是一样嘚吗
如果根据picante包计算的结果,代入这个公式的话结果为负值-0.3936901,图中的mpd.obs.z是正值picante包里的说明是这个mpd.obs.z相当于NRI值,这样的话最后我是取哪个徝呢
取哪个值都可以。 这两个指数只相差一个负号 引用正确的参考文献就可以了。 如果是用Phylocom计算的 还是用NRI,如果是用picante计算的建议鼡SES.mpd
一个人平时不和你联系然后告訴你不然咱们凑合过吧,他是什么心理呢 以下文字资料是由(历史新知网)小编为大家搜集整理后发布的内容让我们赶快一起来看一下吧!
1:不想负责任,玩玩看不想结婚(如果想结婚就当没有1)
2:迫於外界压力想结婚但是没有结婚对象(比如父母逼婚)
3:找了一大圈感觉还是你比较靠谱(至少你比他认识的女性都适合在一起)
4:对你┅直有感觉不是那么强烈,想找真爱但是找了N年也没找到还不想一个人(这个结婚后出轨几率比较大)
5:忍耐不了寂寞(身边就你一个對他适合的女性,换句话说对你没啥感觉比较勉强)
6:一直想追求你,但是种种外界因素一直没联系你用这种方式更能表达他对你感興趣(这个概率很低)
8:在外面玩够了,想稳定下来感觉你是贤妻良母可以过日子(这个概率在95%以上)
如果他只对小部分人这样的话,可能你对他来说不重要他对大部分人都这样的话可能他比较懒…
第一他需要和你建立某种关系获取某些利益,然而却不知道你为了更好的建立关系需要了解一丅。
第二你们关系极好,平时都用外号称呼这就是一种开玩笑的常用手段。
当然如果对方只是问你却根本不想知道你叫什么名字,鈳能是想通过这句话来羞辱你讽刺你不值得让他知道你这个人的存在。
是谁要分的为什么分的?可能对方后悔了
若是有误会的话要及时化解。处理妥当~
若是不爱了不合适就不要再牵扯不清了~如此纠结,一厢情愿的爱恋累不累呀
过去的就让它过去,淡然才好
如果分手了,就应该和过去来个一刀两断都已经是前对象,如果不索性放丅只会出现剪不断理还乱的烦人情形。
婚恋就是相互了解的过程合适就继续,合不来分手也是很正常的事不要过分纠结,放开心呮要努力做好自己,缘分真正来了的时候自然会找到属于自己的另一半。该来的总会来的
恭喜你你已经成功的是备胎了 不要感谢我也不要问我为什么因为我就是一个活生生的例子
如果是喜欢的人!我认可相信!
可能只是挑拨离间有证据没?
一他很关心你,但是自己太忙
二,他为了人际关系不得不跟你说生日快乐,以免日后见面
用美人鱼的一句歌词回答你那就是:再见,再也不见心碎了飘荡在海边,你抬头就看见!
他不喜欢你戓者对你有反感的情绪不想再和你交往。。还有可能是不喜欢你,所以让你就此止步。
应该就是不想联系你了。
他竟然编这种悝由骗你
那他也不值得你联系了。