首先需要确定你下载的GEO数据是鈈是affy的表达谱数据。
如果是的话readAffy()读取的是CEL文件,即下机原始文件而不是txt文件。
txt文件通常是从seriesmatrix下载的预处理后文件通过看boxplot等可以确定該txt数据是否为标准化数据。
如果是标准化数据可以直接用于差异表达分析。