经过MS关系模型的基本运算导入到LAMMPS，在运算时出现的错误求助

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-12-02 03:55 标签： ms石墨烯模型
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关于lammps读取data文件的问题
我的in文件中选择的原子类型为bond类型，我在读取data文件的时候出现ERROR on proc 0: Unknown identifier in data file: .2..
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
rank 0 in job 1&&iii308-desktop_36555& &caused collective abort of all ranks
&&exit status of rank 0: return code 1 这样的问题，我查了下manual上的解释 A section of the data file cannot be read by LAMMPS. 我的data文件时MS上转化过来的，坐标没问题，后来我把bond coeffs&&
& && && && && && && && && && && && && &&&1& && && && & 16.625&&1.47&&添加上了，文件运行了，但是一直读取数据指令，没有其他的显示，所以想请教各位高手，能帮忙分析下啊。
下面是我的data文件
我现在也遇到了这个问题，请问你是怎么解决的啊ERROR on proc 0: Unknown identifier in data file: 8013& & & & 1& & & & 20019& & & & 20020
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1)
我现在也遇到了这个问题，请问你是怎么解决的啊？ERROR on proc 0: Unknown identifier in data file: 8013& & & & 1& & & & 20019& & & & 20020
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1)
求助呀，你的问题解决没，我也遇到了这样的问题哈
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随时随地聊科研用lammps运算，出现 Bond atoms missing错误，是怎么回事？ - 实验交流 - 生物秀
标题: 用lammps运算，出现 Bond atoms missing错误，是怎么回事？
摘要: [用lammps运算，出现 Bond atoms missing错误，是怎么回事？] 我先用MS搭建结构，经过结构优化后，导到lammps进行运算。老出现“ERROR on proc 0: Bond atoms 534 535 missing on proc 0 at step 384 (neigh_bond cpp:55) "
lammps手册解释是Bond atoms %d % 关键词:[系数 位移]……
我先用MS搭建结构，经过结构优化后，导到lammps进行运算。老出现“ERROR on proc 0: Bond atoms 534 535 missing on proc 0 at step 384 (neigh_bond.cpp:55)".
lammps手册解释是Bond atoms %d %d missing on proc %d at step %ld。
One or both of 2 atoms needed to compute a particular bond are missing on this processor. Typically this s because the pairwise cutoff is set too short or the bond has blown apart and an atom is too far away.
但是我的pairwise cutoff 为12。这两个原子的距离为1.68，我用harmonic公式，平衡距离设置为1.64.请问到底哪里出问题？请大家帮帮忙，谢谢！回复看看这两个原子的受力是否过大？那样会造成过大位移。回复你可以先用minimize来优化系统，再保存新的坐标进行计算。回复你好，你说被某文献误导了，设置了错误的力场参数是怎么回事啊？单位错了，还是怎么回事，我现在也遇到了这样的问题，也是参考文献，寻求你的帮组，望回复！谢谢回复文献的单位错了，最好多找几篇同类的文献对比一下。另外，有的公式，如harmonic公式，要注意系数1/2的问题，有的文献会搞错。回复
文献的单位错了，最好多找几篇同类的文献对比一下。另外，有的公式，如harmonic公式，要注意系数1/2的问题，有的文献会搞错。... 非常感谢！
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电话：021-MS建模问题求助 - 实验交流 - 生物秀
标题: MS建模问题求助
摘要: [MS建模问题求助] 我想建立如下图所示的模型，然后导入到LAMMPS中进行模拟，上下两个薄片是石墨烯，中间的圆球是C60富勒烯，包在大直径碳纳米管中，我知道如何导入现有的C60模型和建立CNT，但是不清楚如何能够组装到一起，石墨烯的建模方法也在探索当中，求各位大神能够指点迷津。无标题 png 关键词:[富勒烯 薄片]……
我想建立如下图所示的模型，然后导入到LAMMPS中进行模拟，上下两个薄片是石墨烯，中间的圆球是C60富勒烯，包在大直径碳纳米管中，我知道如何导入现有的C60模型和建立CNT，但是不清楚如何能够组装到一起，石墨烯的建模方法也在探索当中，求各位大神能够指点迷津。
无标题.png回复既然能够建成，那就可以直接把C60的坐标写到CNT的中间啊回复有专门的文导入的！回复确定碳管的中心坐标和C60的中心坐标，再通过他们之间的位置去移动C60就可以了回复
确定碳管的中心坐标和C60的中心坐标，再通过他们之间的位置去移动C60就可以了... 问题是两个模型建在了不同的窗口中，我不清楚如何能放到一起去，我选中了C60，复制后在碳管的窗口中粘贴，结果又增加了一层碳管，而没有出现C60，不知道这种情况如何解决。另外如果复制到一起，如何能够准确控制其移动的位置呢？回复好办啊，你直接把建好的富勒烯的重心平移到碳管端离口距离为富勒烯半径出或是你想要的地方，这个可以通过excel等软件就可以实现的，那个石墨石板可以使用VMD或是MS造也是同样的方法平移至你想要的地方就OK了。只不过造data不能使用lammps那个转换工具，要手动造而已其实也很快的。回复
好办啊，你直接把建好的富勒烯的重心平移到碳管端离口距离为富勒烯半径出或是你想要的地方，这个可以通过excel等软件就可以实现的，那个石墨石板可以使用VMD或是MS造也是同样的方法平移至你想要的地方就OK了。只不过 ... 是要把坐标导出来然后在excel修改为新坐标再导入？MS里面不能选定富勒烯然后直接移动到指定的坐标位置处吗？回复是可以的，但是你不知道你移动的富勒烯所到位置是否在碳管的轴心上，且离碳管端口的距离不好控制，对以后要是写文章的话这些距离参数我觉得是必须要写清楚的。反正我个人就经常是导出pdb然后通过数学平移公式把他们那个想怎么移动就怎么移动，移动多少&A也都能精确的。且excel有个拖动功能相当方便快捷。回复
是可以的，但是你不知道你移动的富勒烯所到位置是否在碳管的轴心上，且离碳管端口的距离不好控制，对以后要是写文章的话这些距离参数我觉得是必须要写清楚的。反正我个人就经常是导出pdb然后通过数学平移公式把他们 ... 好的，谢谢了，我先尝试一下回复如果你真要试的话，在一个3d文件操作窗口里面有多个不同的分子而又要单独移动某个分子时候可以先双击你想要单独移动的分子进行选中然后使用shift+Alt+右键组合进行移动想要移动的分子，移到想要的理想的位置即可，移动过程可以配合那个使用那个旋转功能回复楼主，您好，请问在MS中怎样搭建C60啊？谢谢回复
楼主，您好，请问在MS中怎样搭建C60啊？谢谢 File-Import-Structures/organics，选C60回复
File-Import-Structures/organics，选C60... 谢谢指导！
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