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【求助】western条带灰度值分析统计
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这个帖子发布于3年零122天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
各位大神晚上好！有关western条带灰度值分析统计的问题，虽然园子里也有帖子，但是感觉一不系统，二解惑不够完全。小妹在此斗胆向大神多提几个问题。谢谢大神们再一次耐心阅读！再谢详细解答！1.目的蛋白的灰度值必须比内参低吗？个人认为这个跟上样量有很大的关系啊，如果做目的蛋白时上样量比做内参时大的话（尤其对于目的蛋白丰度高的情况），就会出现目的蛋白比内参的灰度值大的情况吧。2.对每一条带来说，不是只有一个灰度值吗，那么文献里有用均数加减标准差来表示某一条带的灰度值的，这个是怎么回事呢？是作者重复做了几次再计算的吗？3.对于灰度值的统计，我想说用t检验是不是显得样本含量太低了呢（一般情况下，除样本量很大的情况），很难同时满足正态性和方差齐性吧？4.灰度值的比较，必须用目的基因的灰度值比上内参的灰度值吗？不可以用目的基因间直接比较吗？个人认为每一目的基因间直接比较不是更好吗，毕竟这个上样量肯定是一致的呀，每一目的基因均设置对照组就可以了啊，实在不行觉得实验组的目的基因表达量跟对照组的目的基因表达量相比，比跟内参相比更好吧？问题暂时就这些了，谬论可能也很多，敬请指教！
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feng冯1987 各位大神晚上好！有关western条带灰度值分析统计的问题，虽然园子里也有帖子，但是感觉一不系统，二解惑不够完全。小妹在此斗胆向大神多提几个问题。谢谢大神们再一次耐心阅读！再谢详细解答！1.目的蛋白的灰度值必须比内参低吗？个人认为这个跟上样量有很大的关系啊，如果做目的蛋白时上样量比做内参时大的话（尤其对于目的蛋白丰度高的情况），就会出现目的蛋白比内参的灰度值大的情况吧。2.对每一条带来说，不是只有一个灰度值吗，那么文献里有用均数加减标准差来表示某一条带的灰度值的，这个是怎么回事呢？是作者重复做了几次再计算的吗？3.对于灰度值的统计，我想说用t检验是不是显得样本含量太低了呢（一般情况下，除样本量很大的情况），很难同时满足正态性和方差齐性吧？4.灰度值的比较，必须用目的基因的灰度值比上内参的灰度值吗？不可以用目的基因间直接比较吗？个人认为每一目的基因间直接比较不是更好吗，毕竟这个上样量肯定是一致的呀，每一目的基因均设置对照组就可以了啊，实在不行觉得实验组的目的基因表达量跟对照组的目的基因表达量相比，比跟内参相比更好吧？问题暂时就这些了，谬论可能也很多，敬请指教！1、不一定。但是不会出现目的蛋白的上样量比做内参大的这种情况，除非你把内参和目的蛋白分开跑电泳——也就是说造假2、不是只有一个灰度，圈选法看你画的圈，阈值选择法看你选的阈值，就算是用分析凝胶的泳道条带分析法也是可以自设阈值的。其次，一次同一个分组一次会做两个泳道——也就是会有两个条带，而且实验要重复3次最基础的知识3、统计我没学好，不过至少重复3次，每次2个条带，拿来做统计也过得去了吧？4、必须，不可以，直接用目的基因比目的基因在历史上是有过的，现在还用这种方法的不是根本不懂就是故意造假，切记蛋白定量基本是不怎么准的，而且就算你测得准，但是你没有证据（没有内参）综上，楼主根本没搞清楚为什么要设内参，估计一直是把内参跑一块胶，目的跑一块胶，而且连做实验要至少重复3次都不知道
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你好，楼主，我也是小白一个，看了你的问题，想问问你你的问题解决了没？我也只做个半天只有一张图片比较可以，听别人说，可以把一张图做三次灰度值测定，这样就有3组数据了，你可以试试，另外我想问问，测出灰度值之后再怎么进行下一步的数据分析呢？
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feng冯1987 各位大神晚上好！有关western条带灰度值分析统计的问题，虽然园子里也有帖子，但是感觉一不系统，二解惑不够完全。小妹在此斗胆向大神多提几个问题。谢谢大神们再一次耐心阅读！再谢详细解答！1.目的蛋白的灰度值必须比内参低吗？个人认为这个跟上样量有很大的关系啊，如果做目的蛋白时上样量比做内参时大的话（尤其对于目的蛋白丰度高的情况），就会出现目的蛋白比内参的灰度值大的情况吧。2.对每一条带来说，不是只有一个灰度值吗，那么文献里有用均数加减标准差来表示某一条带的灰度值的，这个是怎么回事呢？是作者重复做了几次再计算的吗？3.对于灰度值的统计，我想说用t检验是不是显得样本含量太低了呢（一般情况下，除样本量很大的情况），很难同时满足正态性和方差齐性吧？4.灰度值的比较，必须用目的基因的灰度值比上内参的灰度值吗？不可以用目的基因间直接比较吗？个人认为每一目的基因间直接比较不是更好吗，毕竟这个上样量肯定是一致的呀，每一目的基因均设置对照组就可以了啊，实在不行觉得实验组的目的基因表达量跟对照组的目的基因表达量相比，比跟内参相比更好吧？问题暂时就这些了，谬论可能也很多，敬请指教！1、目的可以比内参高。目的表达量比内参大，是灰常正常的2、检测的时候n&2撒3、统计方法自己捉摸4、要目的/内参。每个都设置对照组怎么设置呢？写上来让大家学习下
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feng冯1987 各位大神晚上好！有关western条带灰度值分析统计的问题，虽然园子里也有帖子，但是感觉一不系统，二解惑不够完全。小妹在此斗胆向大神多提几个问题。谢谢大神们再一次耐心阅读！再谢详细解答！1.目的蛋白的灰度值必须比内参低吗？个人认为这个跟上样量有很大的关系啊，如果做目的蛋白时上样量比做内参时大的话（尤其对于目的蛋白丰度高的情况），就会出现目的蛋白比内参的灰度值大的情况吧。2.对每一条带来说，不是只有一个灰度值吗，那么文献里有用均数加减标准差来表示某一条带的灰度值的，这个是怎么回事呢？是作者重复做了几次再计算的吗？3.对于灰度值的统计，我想说用t检验是不是显得样本含量太低了呢（一般情况下，除样本量很大的情况），很难同时满足正态性和方差齐性吧？4.灰度值的比较，必须用目的基因的灰度值比上内参的灰度值吗？不可以用目的基因间直接比较吗？个人认为每一目的基因间直接比较不是更好吗，毕竟这个上样量肯定是一致的呀，每一目的基因均设置对照组就可以了啊，实在不行觉得实验组的目的基因表达量跟对照组的目的基因表达量相比，比跟内参相比更好吧？问题暂时就这些了，谬论可能也很多，敬请指教！1、不一定。但是不会出现目的蛋白的上样量比做内参大的这种情况，除非你把内参和目的蛋白分开跑电泳——也就是说造假2、不是只有一个灰度，圈选法看你画的圈，阈值选择法看你选的阈值，就算是用分析凝胶的泳道条带分析法也是可以自设阈值的。其次，一次同一个分组一次会做两个泳道——也就是会有两个条带，而且实验要重复3次最基础的知识3、统计我没学好，不过至少重复3次，每次2个条带，拿来做统计也过得去了吧？4、必须，不可以，直接用目的基因比目的基因在历史上是有过的，现在还用这种方法的不是根本不懂就是故意造假，切记蛋白定量基本是不怎么准的，而且就算你测得准，但是你没有证据（没有内参）综上，楼主根本没搞清楚为什么要设内参，估计一直是把内参跑一块胶，目的跑一块胶，而且连做实验要至少重复3次都不知道
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TO 空山凝烨还真是把内参和目的蛋白分开做的，至于原因嘛，内参和目的蛋白的分子量相差甚大，我只有一个半干式转膜仪，一直都不敢转膜到半途（就是到了内参的转膜时间）把内参拿出来，再转接着目的基因。故再问真的这样做可以吗？至于重复3次嘛，对于目的蛋白来说，难度真的好大呀，分子量170KD，转膜仪是半干式的，至今还没做出来一次呢。唉。。。
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TO 空山凝烨有些问题不是理论如何，在实际就能实现的吧。我没有把内参和目的基因一块跑，主要是考虑内参（42KD)和目的基因(170）分子量相差太大，转膜时该怎么整呢？只有一个半干式转印仪。阔以转膜时间到内参的时间的时候把内参拿出来，目的基因接着转吗？还是内参放两张或三张膜，让它转过头？至于重复三次嘛，这只是理论吧，我这人可能比较实在，不来虚的，我认可有人做得到，但是就我目前看到的，哈哈哈目的基因能出一次就阿弥陀佛了吧。
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TO fangweibai119我说的对照组只是一个没加药物处理的对照哈哈哈新手需要深入思考的还很多。。。
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feng冯1987 TO 空山凝烨有些问题不是理论如何，在实际就能实现的吧。我没有把内参和目的基因一块跑，主要是考虑内参（42KD)和目的基因(170）分子量相差太大，转膜时该怎么整呢？只有一个半干式转印仪。阔以转膜时间到内参的时间的时候把内参拿出来，目的基因接着转吗？还是内参放两张或三张膜，让它转过头？至于重复三次嘛，这只是理论吧，我这人可能比较实在，不来虚的，我认可有人做得到，但是就我目前看到的，哈哈哈目的基因能出一次就阿弥陀佛了吧。1、我只会做湿转，不会做半干，对半干不了解，不知道这种方法行不行。2、分开跑的内参起不到内参的作用了，重复三次也是一样，这两者归根到底都是发文章的问题，如果打定主意随便发发混个毕业，那当然造个假就把这些东西混过去了，但是如果想发好的杂志，这种结果会被打回头的
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TO 空山凝烨了解
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想问一下，我目的蛋白太大，300KD，怎样才能与内参Actin跑同一块胶呢
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空山凝烨 1、我只会做湿转，不会做半干，对半干不了解，不知道这种方法行不行。2、分开跑的内参起不到内参的作用了，重复三次也是一样，这两者归根到底都是发文章的问题，如果打定主意随便发发混个毕业，那当然造个假就把这些东西混过去了，但是如果想发好的杂志，这种结果会被打回头的 您好，最近需要计算表达差异就搜到这个帖子了。有问题想请问一下，内参和目的基因必须是同一块胶吗？转膜后然后剪开孵育不同的抗体？我之前一直做的就是内参一块胶，目的基因一块胶。然后通过上相同的量经过比值确定最后是否具有表达差异的，这个方法不对啊？
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空山凝烨 1、我只会做湿转，不会做半干，对半干不了解，不知道这种方法行不行。2、分开跑的内参起不到内参的作用了，重复三次也是一样，这两者归根到底都是发文章的问题，如果打定主意随便发发混个毕业，那当然造个假就把这些东西混过去了，但是如果想发好的杂志，这种结果会被打回头的 对了，2块胶是一起跑一起转膜的。
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你好，我想问一下，关于目的蛋白和内参的灰度值比，在作图是叫什么？谢谢
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空山凝烨1、我只会做湿转，不会做半干，对半干不了解，不知道这种方法行不行。2、分开跑的内参起不到内参的作用了，重复三次也是一样，这两者归根到底都是发文章的问题，如果打定主意随便发发混个毕业，那当然造个假就把这些东西混过去了，但是如果想发好的杂志，这种结果会被打回头的我想问，重复跑的话必然不在一张膜上，我的疑问是，不是一张膜如何比较，还是目的蛋白比内参得到一个值然后做统计吗？
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新手，学习了。
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关于丁香园关注今日：24 | 主题：208107
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（求助）请问western blot 扫描结果用什么软件进行灰度分析。
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这个帖子发布于11年零291天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我最近跑了一批western ，结果很理想，目测趋势明显，但是老板说要灰度分析，我不知道用什么软件分析，特请高手请教。
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野原 edited on
Gel-Pro Analyzer ，一般的凝胶成像系统也能分析。
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可以用bandleader,小巧并且很有用的条带分析软件。http://www.bio-soft.net/down/pLeader.zip下载安装即可！
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可以用bandleader,小巧并且很有用的条带分析软件。http://www.bio-soft.net/down/pLeader.zip下载安装即可！
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关于丁香园精彩幻灯：Western blot 实验技术分析
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【分享帖】Western Blot结果分析软件Quantity One使用介绍
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问一下，在分析结果的时候 ，是否是应该把面积也考虑进去呢？有时候做出来的条带，灰度值差不多，大小相差甚远，这样怎样来处理？
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软件不稳定，经常分析到一半就错误了，一个图片我会花上个一下午分析，真是让人崩溃，能不能再介绍一个其他的软件，而且同一张图片分析起来每次数据都不一样，崩溃到家了！
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还有就是为什么目测很粗黑的条带比细白的条带的值要低很多？就是目测表达量高的反而作出来的值不如目测表达量低的，但是这种情况不经常出现，偶尔会有，是不是***不完全？
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问一下，在分析结果的时候 ，是否是应该把面积也考虑进去呢？有时候做出来的条带，灰度值差不多，大小相差甚远，这样怎样来处理？
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我也有这个疑问，同样灰度的条带，大小不一样，大的分析出来反而不如小的值高，这是怎么回事啊？是不是这个软件没有算上曲线下面积的？
信誉分 102
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您在图示中指出的分析结果中的InT*mm2是不是就是指灰度和面积的乘积？还有一个问题，就是有的结果是几百而有的分析结果上万？这到底是怎么回事? 谢谢！！！
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刚才试了下，可以下的，速度还可以。
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在定义未知样品的面积时，主观性太强了吧，特别是样品有拖尾的时候，不知道战友怎么处理的？
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Quantitiy ONE软件只能打开没有压缩的Tif文件，而我的tif文件是压缩的，可是我根本没有进行压缩呀？
请战友帮忙，都急坏了！！！
你可以用ACDsee软件解压再用这软件打开
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请高手指点，做Dot Blotting用NBT/BCIP 显色基质显色可否用天能3500凝胶成像系统拍照用quantity one软件分析呀？
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求助：我怎么Quantity one 4.4.0软件就是下载不了啊，不知道怎么回事，Quantity one 4.62还可以下载，但是补丁就是装不到我的bin文件夹里，还有我的图老是说我的压缩过，但是我是没压缩过，所有也没有可以解压缩的，不知道怎么办？不知道这些和我的电脑系统是VISTA系统有没有关系，能不能发分给我啊，谢谢了！western blot之数据分析
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