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VNL-ATK知识库
ATK软件的安装
使用VNL-ATK进行材料计算模拟（快速入门手册）
研究块体材料的能带结构
研究块体材料的态密度
研究块体材料的电势分布
研究块体材料的价电子密度分布
VNL-ATK官方使用教程
VNL-ATK 2015 新功能演示教程
适应性动力学蒙特卡洛（AKMC）模拟铂原子岛形成过程
界面结构优化
一维金原子链电极氢分子非弹性电子隧穿谱
使用VNL作为Quantum Espresso的图形界面
AKMC模拟铂原子在铂（100）表面扩散过程
单壁碳纳米管同位素效应（2015）
计算并显示振动模式
虚晶近似（VCA）模拟InGaAs随机合金
InGaAs随机合金的有效能带
硅pn结非弹性电流模拟
分子动力学（NEMD）研究界面热导率
VNL图形界面的使用
VNL Builder基本操作
导出XYZ、CIF、CAR、VASP文件
导入XYZ、CIF、CAR和VASP文件
控制三维显示、选中原子
在VNL中导入LAMMPS轨迹文件
从轨迹文件创建动画
VNL建模工具的基本用法
VNL建模工具使用教程
创建MoS2纳米结构
MoS2纳米管
有孔洞的纳米片层
使用Crystal Builder创建晶体结构
用CIF文件定义晶体结构
生成无定型结构
三角型结构的三方和六方体系设置
构建Si–Si3N4界面模型
相对旋转的双层石墨烯的超胞
封口碳纳米管的建模
纳米管导电结建模
普通周期结构（块体）材料计算
计算晶体的能带结构
碳化硅（SiC）的能带计算
硅100表面的重构：用ATK进行几何结构优化
显示水分子的LUMO轨道
MetaGGA与二维受限InAs的精确能带计算
NiO电子态结构（LDA+U）
硅晶体中电子的有效质量
空原子法计算金属表面功函数
用metaGGA计算半导体材料光学性质
弹性常数计算
钒的半芯赝势
复数能带结构
Grimme DFT-D2（范德华相互作用）与BSSE矫正
铂原子在铂表面的扩散：NEB计算
表面沉积超薄氧化层控制银表面功函数
计算缺陷等的生成能
双电极器件体系与电子输运性质计算
器件体系的建模与计算
器件体系的计算设置（新版）
石墨烯纳米带的输运性质
构建金-DTB-金分子结
镍-石墨烯界面
Simulating a creep experiment of polycrystalline copper
有缺陷纳米带的透射谱
石墨烯结器件：纳米晶体管
用ATK研究石墨烯
铁-氧化镁-铁磁性隧道结
分析分子器件
硅纳米线场效应管
苯单电子晶体管
金（111）-并五苯金属-有机界面
完美石墨烯和MoS2片层的输运谱
弹性散射、平均自由程、迁移率：硅纳米线的杂质散射
重复使用电极
双电极体系中如何正确设置电极
IV曲线和电压降
双电极器件的几何结构优化
为什么在器件计算的输运方向需要非常多的k点?
线性响应电流：如何计算以及为什么有时会结果并不可靠
自旋极化与输运计算
自旋极化原子链的输运谱
金属纳米线的非共线自旋计算
非共线自旋计算入门
自旋分辨布洛赫态
分子动力学计算
分子动力学计算
基本分子动力学
用分子动力学方法计算Stone-Wales缺陷碳纳米管的杨氏模量
添加、组合、修改经验势场
模拟离子轰击石墨烯
声子态与声子输运性质
硅的声子能带
声子性质、热输运和热电性质
单壁碳纳米管的同位素效应
使用第三方程序进行计算
使用第三方程序进行计算
在VNL中使用VASP进行计算
使用VNL和VASP进行NEB过渡态搜索计算
ATK的高级功能
在ATK中自定义Slater-Koster紧束缚模型
ATK中的DFTB以及NEB计算
计算原子尺度的电容
用电场打开硅烯和双层石墨烯的能隙
用ATK研究掺杂：NiSi2–Si界面研究
获取ATK内部数据：哈密顿量、重叠矩阵等
提高计算速度
简单集群上ATK的并行计算
在已经收敛的计算基础上计算其他物理量
从已经收敛的另一个态继续计算以提高效率
重启终止的计算400-633-1888
当前位置：
郑州大学“ATK软件”单一来源采购公示
郑州大学“ATK软件”单一来源采购公示
信息发布日期：
加入日期：地 区：河南省关键词： 软件 大学
&招标公告正文
郑州大学申请采购一套“ATK软件”，拟采用单一来源方式采购，现将有关情况公示如下：
一、项目名称：ATK&(2015)&材料模拟软件
二、项目金额：20万元
三、拟成交供货商：费米科技（北京）有限公司
（费米科技（北京）有限公司系目前Quantumwise公司在中国唯一代理商）
四、拟提供货物或服务项目基本情况：
1、ATK&(2015)&材料模拟软件，永久使用权。
产地：丹麦&Quantumwise&A/S公司
一、&设备名称及用途：
1、设备名称：ATK材料模拟软件
2、用途：ATK软件是一款可以模拟纳米结构体系和纳米器件的电学性质和量子输运性质的分子模拟计算科学软件，广泛应用于纳米材料与器件的计算机模拟科学研究工作中。
二、技术指标和参数：
A.周期性体系：电子结构；光学性质。
B.器件体系：电子透射分析；静电势场下电输运。
C.动力学模拟：结构优化；&分子动力学；NEB。
D.声子计算：计算块材，纳米线，纳米管，石墨烯等的声子带结构和态密度,声子Transmission&Spectrum。
软件模块:&&&&
功&&能&&项&&目
产&&&品&&&&描&&&&述
计算作业数
基于赝势和原子轨道线性组合的第一性原理密度泛函理论电子结构计算方法，可用于分子、晶体、器件的结构优化和各种性质计算
包含Extended&Huckel和密度泛函紧束缚近似两种半经验方法，可以用于电子态性质计算和器件体系模拟。
&最大并发MPI子进程数
提供经验势场分子动力学模拟，支持EMT势和Brenner势，可用于处理碳、碳氢化合物、硅、锗原子，能够快速地优化更大规模、更复杂的石墨烯、硅纳米线、有缺陷碳纳米管等体系。
基于PAW势和平面波基组的密度泛函方法
高级图形化用户界面。可视化处理工具，通过鼠标拖动用户能方便地搭建三维模型，设置参数，管理计算任务和分析结果。
结构数据库
Python语言编辑工具
Script&Generater
脚本设置工具
Jobs&Manager
任务管理工具
3D视图工具
Custom&Analyzer
自定义结果分析工具
Custom&Builder
自定义建模工具
Custom&Scripter
第三方脚本程序接口工具
2、软件现场安装：供应商按合同规定交货期限交货。货到用户现场后，双方共同开箱验货，清点软件介质，供应商保证软件介质完整无损。货交用户后，由用户通知供应商安装时间，供应商在接到通知后为用户进行安装。
3、人员培训：供应商为用户提供软件现场培训，在软件到货安装完成后进行，为期2个工作日，内容包括软件所涉及的基本原理、软件核心模块及用户购买模块的基本使用方法、上机实际操作指导以及对用户当前进行的课题所涉及软件的应用进行初步的建议和讨论。
4、使用过程中问题解答：一年内可免费享受到如下服务，软件厂商Quantumwise公司和供应商提供的软件使用的标准技术支持服务。用户通过电话、邮件等方式提交的技术支持请求会在48小时内响应、72小时内予以回复和解答。
5、软件更新服务：用户所购的ATK软件为永久使用权，下一大版本发布前的小版本免费升级,每一次大版本升级收费为原购买价格的25%。免费升级期满后，用户可以通过付费购买的方式继续获得软件厂商和供应商提供的软件升级和技术支持服务。
6、其他服务：供应商每年举办一次国内用户学术交流研讨会，为国内用户提供学术交流的平台，促进用户之间的交流；供应商不定期举办相关专题的网络讲座，组织相关研究领域用户参加。
五、单一来源原因及相关说明：
Atomistix&Toolkit&(ATK)&是由世界领先的计算科学公司—丹麦&Quantumwise公司开发的能模拟纳米结构体系和纳米器件的电学性质和量子输运性质的分子模拟计算科学软件。ATK集成了密度泛函、半经验、经典力场等计算方法，可以用来进行多尺度的分子体系、周期体系和两终端电极器件的高精度计算。ATK具有强大的功能特性，可应用于传统电子态结构研究、分子动力学模拟及电子输运性质计算模拟(业界最强有力的工具)研究领域，可作为我院诸多研究人员的强有力的科研工具。ATK不仅广泛应用于纳米材料、电子器件的科学研究，同时也可用于教学课程，如可用于纳米电子学的研究生教育和量子力学的本科生教育等课程的教学。众多国内外著名大学(如中科院、清华、北大)、国家实验室、电子公司的研究组使用ATK进行纳米电子学及相关领域的科学研究，已发表相关高水平学术论文&700&多篇。ATK现为电子输运研究领域使用界面最为友好的模拟软件。针对以上的具体需求，我们特提出购买ATK使用版权。
ATK软件目前只有丹麦Quantumwise&A/S公司开发提供，在中国大陆目前只有费米科技（北京）有限公司一家代理商。为购买此软件，学校组织相关专家进行了多轮校内论证。&
&&&&为慎重起见，我们邀请了相关专家进行了论证（专家论证意见附后）。
&&&&根据政府采购相关政策，我们特申请采用单一来源采购ATK&(2015)&材料模拟软件，永久使用权。
六、其它需要公示的内容（技术参数、要求及专家论证意见等见附件）
公示期限从2015年&9月9日起至日止。
潜在政府采购供应商对公示内容有异议的，请于公示期满后2个工作日内以实名书面（包括联系人、地址、联系电话）形式将意见反馈至财政厅政府采购监督管理处（联系电话：2；6&）和郑州大学国有资产管理处(地址：郑州市高新技术开发区科学大道100号，联系人：王老师，联系电话：7)。
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&2015年&9月9日
附件：1、设备名称、技术参数及功能要求
2、单一来源方式采购产品专家论证意见
设备名称、技术参数及功能要求：
二、&设备名称及用途：
1、设备名称：ATK材料模拟软件
2、用途：ATK软件是一款可以模拟纳米结构体系和纳米器件的电学性质和量子输运性质的分子模拟计算科学软件，广泛应用于纳米材料与器件的计算机模拟科学研究工作中。
二、技术指标和参数：
A.周期性体系：电子结构；光学性质。
B.器件体系：电子透射分析；静电势场下电输运。
C.动力学模拟：结构优化；&分子动力学；NEB。
D.声子计算：计算块材，纳米线，纳米管，石墨烯等的声子带结构和态密度,声子Transmission&Spectrum。
&&&&配置要求：2Master+40Slave+1VNL&DFT和SE模块
三、&技术及售后服务
3.1&设备安装、调试和验收
上门提供安装培训2天，然后给一个2月的license用于测试，之后没有问题再更换永久license,&最终安装时间与最终用户商定。
3.2软件到达后，在接到通知后2周内进行安装调试，直至通过验收。
3.3技术培训：设备安装调试完成后，应对用户技术人员进行调试、操作、仪器维护、故障排除等方面的现场培训。
3.4服务：A.&软件优化、调试服务。根据用户的具体需要，为用户调试程序并进
&&&行优化。&B.永久售后软件使用技术支持（电话，邮件，远程）；在用户的使
&&&用过程中，我们将根据用户的需要，随时通过电话、网络或者派遣技术人员
&&&上门进行服务，以协助解决软件使用过程中遇到的问题。C.&学术交流平台服
&&&务。我们将定期邀请国内外专家举办各种软件的讲座和研讨会，为用户提供
&&&一个关于高性能计算及相关软件使用的交流平台，使用户能有更多的机会及
&&&时地与世界范围内的专家学者讨论其相关领域的前沿课题，掌握科学动态。
&3.5&保修期：&1年
3.6&维修响应时间：&24小时电话、电子邮件响应，3个工作日内解决用户软件
&&&&使用问题；
3.7软、硬件升级：下一大版本发布前的小版本免费升级,每一次大版本升级收费&&&&
&&&为原购买价格的25%&
3.8供应商应具有可靠的供货实力，在中国境内有维修站，并具有高素质的专业
&&&维修队伍。
四、订货数量：1套
单一来源方式采购产品专家论证意见：
技术专家1&
&&&&ATK软件广泛应用于纳米材料与器件的计算机模拟科学研究工作中，可以满足学校多个单位与学科的科研工作需要，目前只有丹麦Quantumwise&A/S公司开发提供，同意单一来源采购。
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&专家签字：杨宗献
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&技术职称：&教授
2015&年&08&月&16&日
技术专家2&
ATK软件能模拟纳米结构体系和纳米器件的电学性质和量子输运性质，在纳米材料与器件的计算机模拟科学中用途广泛，可提升理论物理学科的整体研究水平，而只有丹麦Quantumwise&A/S公司开发提供，同意单一来源采购。
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&专家签字：顾玉宗&&
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&技术职称：教授&
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&2015&年&08&月&17&&日
技术专家3&
ATK软件采用第一性原理电子结构计算方法和非平衡格林函数方法计算材料的电子结构和输运性质，已成为材料、半导体、物理和化学等领域探索纳米体系电学性质和量子输运性质强有力工具。目前只有丹麦Quantumwise&A/S公司开发提供，同意单一来源采购。
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&专家签字：&黄明举
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&技术职称：教授&
2015&年&08&月&20&日
技术专家4&
ATK软件功能强大，应用广泛。该软件的购置能加快物理学科科研平台建设，满足高水平科研的发展需求。而该设备目前只有丹麦Quantumwise&A/S公司开发提供，同意单一来源采购。
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&专家签字：&富笑男
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&技术职称：教授&
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&2015&年&08&月&22&日
&&&ATK软件，属于科研级分子模拟计算科学软件，不属于国家限制进口产品，该设备符合国家相关进口产品的法律规定，同意单一来源采购。
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&专家签字：&&&沈开举&
&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&技术职称：&&&教授
2015&&年&08&月&22&&日
《ATK软件项目》单一来源产品论证专家名单
联系电话（手机）
河南师范大学物理系
河南大学物理系
河南大学物理系
河南工业大学理学院
郑州大学法学院
填表说明：1、备注栏应注明专家的身份，即4名技术专家和1名法律专家；
2、所有专家只能从本单位以外产生。
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华东: 　　　　　　
华北: 　　　　
东北: 　　
华南: 　　
西北: 　　　　
西南: 　　　　
华中: 　　
客户咨询:400-633-1888　　　　　　公司总机:010-　　　　　　信息发布电话:010-　　　　 传真号码:010-　　　　　　客户投诉:010-
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ATK 功能详细列表 Atomistix ToolKit （ATK ）与Virtual NanoLab （VNL ）作为通用的原子级模拟平台，囊括了各种 计算方法和模型，可以用于研究电子态结构、输运问题，进行分子动力学计算。ATK 可以计 算纳米结构和材料的电子、磁学、光学、力学、热学、输运等多种性质。VNL 为用户提供了 方便易用的图形用户界面，可以轻松的完成各种任务，Python
的编程接口则允许有经验的 用户实现复杂的计算流程或进行高级的数据分析。 VNL 还可以单独使用，因为VNL 还为VASP 、ABINIT 、QuantumEspresso 等其他代码和程序提 供接口。用户可以使用 VNL
进行几何结构模型构建、设置计算参数，读入、分析结构。用 户还可以自己编程设计自己的接口，实现文件格式交换、数据处理作图、设计新型结构，等 等。 量子力学计算方法
基于LCAO 的密度泛函理论（DFT）方法
数值轨道基组（SIESTA 型）
包含非直接相邻原子对以提高计算精度
模守恒赝势（Troullier-Martins
、HGH、OMX ）
提供元素周期表中几乎所有元素
势 [Hartwigsen,
Goedecker,
Hutter, PRB
(1998)] ，很多元素的半芯层赝势
可以自定义赝势
超过300 种交换关联泛函（libXC，完全列表参见这里），包括
LDA：HL，PW，PZ，RPA，WIGNER ，XA
GGA ：BLYP，BP86，BPW91，PBE，PBES，PW91，RPBE，XLYP
（TB09 ），用来计算半导体精确能隙
范德华模型（Grimme’s DFT-D2）
非共线、限制性和非限制性的自旋极化计算
适用于分子、固体、器件体系
自旋-轨道耦合
Hubbard U 项，用于 LDA
或 GGA ，可以自旋区分（LDA+U、GGA+U ）
“Dual”，“on-site”，“shell-wise”
自定义初始的轨道占据数
Counterpoise 校正处理基组重叠误差（BSSE）
Ghost 原子（真空基组），更精确的描述表面和空隙
平面波方法
ATK 里提供预编译的并行版 ABINIT ，ABINIT
是著名的平面波方法的固体计
用 Python 调用控制ABINIT ，从图形界面直接设置 ABINIT
更多功能参考 ABINIT
半经验-紧束缚方法
DFTB 模型，ATK
中随包提供30 套参数，更多参数可以从 DFTB
提供用户自定义 Slater-Koster
参数接口；内置第四族半导体和三五族化合
物合金的参数模型
费米科技 （北京 ）有限公司
扩展 Huckel
模型提供超过300 种预定义的基组
元素周期表中几乎所有元素的 Muller
和 Hoffmann
基组（用于分子
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