tophat的安装与使用
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/chenlianfu_blog/?p=910
一. Tophat简介
使用RNA-seq的reads数据来寻找基因的剪切点(splice
junction）。该软件调用Bowtie,或Bowtie2来将reads比对到参考基因组上，分析比对结果，从而寻找出外显子之间的结合位点。
二. Tophat安装
直接下载适合于Linux x86_64的二进制文件，解压缩即可使用。
$ wget http://tophat.cbcb.umd.edu/downloads/tophat-2.0.8b.Linux_x86_64.tar.gz
$ tar zxf tophat-2.0.8b.Linux_x86_64.tar.gz
前提条件当然要安装Bowtie, Bowtie2, SAM tools, Boost C++ libraries等。
三. Tophat的使用参数
使用Tohat时，bowtie2（或bowtie，下同）, bowtie2-align, bowtie2-inspect,
bowtie2-build 和 samtools 必须要在系统路径中。
Bowtie的缺点：做排序时无法跨越内含子
Tophat的优点：1.克服了bowtie的缺点&
在没有参考的基因注释下也可以找到剪接位点
基本工作原理：第一次map是将reads
map genome，鉴定潜在的外显子；第二次map是利用第一次map的结果，生成一个潜在的splice
junctions的数据库，将reads
map到这个数据，进行验证。
tophat生成潜在的剪接拼接组来自两种方法：1.当来自同一个reads（reads长度大于45bp）的两个segment
以确定的距离map到相同的基因组序列上或者当其中一个segment没有map上的时候，表明了它们跨越了多个外显子。"GT-AG",
"GC-AG" and "AT-AC"的外显子将会从头算起。2. “coverage
islands”配对方法，也就是在一开始map后的堆砌起来的reads来自不同区域。邻近的islands常常在转录组上被一起剪接，tophat通
常用一个外显子把这些拼接起来。建议第二种方法（--coverage-search）针对短的reads（小于45bp）和小的reads数目
（&=1千万条）
意，tophat有许多的参数，它们的默认值是针对与哺乳动物的RNA-SEQ;若用tophat处理其他物种，则建议使用更加严格是参数，比默认更加保
守，通常，最大的内含子长度（maximum intron size）为4-5kb，这样能发现更多的剪接，而且假阳性低。
$ tophat [options]*
tophat的使用：Usage: tophat [options]* [reads1_2,...readsN_2]
对于pairend测序的结果，*_1 files和& *_2
files用逗号割开，且它们的前后顺序一致。
对于不匹配的reads也可以使用（用逗号割开），如下：
tophat [options]* PE_reads_1.fq.gz,SE_reads.fa
PE_reads_2.fq.gz
‐ or ‐
tophat [options]* PE_reads_1.fq.gz
PE_reads_2.fq.gz,SE_reads.fa
tophat版本2.0.10后可以接受fasta或fastq文件。
可以看出，tophat必须要的条件是比对的index数据库，以及要比对的reads。可以为多个
paired-end reads数据以逗号分开。
index数据文件 需要给出目录以及目录文件的共同前缀 例如，index文件存放在当前目录下的index文件夹，文件的名字是hg19.*.*, index数据的文件应该是：./index/hg19
值得注意的：Tophat能比对的最大reads为1024bp； 能比对paired-end reads；
不能将多种不同类型的reads混合起来进行比对，这样会给出不好的结果。
如果有多种不同类型的reads进行比对（若你要想混合使用数据。例如一个100bp的reads数据，2个27bp的reads数据，这样的结果不会很好。当然也可以参考如下：），则可以：
首先，对一种类型的reads使用合适的参数运行tophat；
接着，使用bed_to_juncs将前一次的运行结果junctions.bed转换成下一次运行tophat
所的-j参数所需的junction文件；
最后，再一次使用-j参数运行tophat。
2. 常用一般参数
-h | --help
-v | --version
-N | --read-mismatches
default: 2
丢弃不匹配碱基数超过该数目的比对结果
--read-gap-length
default: 2
丢弃gap总长度超过该数目的比对结果
--read-edit-dist
default: 2
丢弃read的edit distance大于该值的比对结果
--read-realign-edit-dist
default: "read-edit-dist" + 1
一些跨越多个exons的reads可能会被错误地比对到geneome上。Tophat有多个比对
步骤，每个比对步骤过后，比对结果中包含了edit distance的值。该参数能让Tophat对
那些edit distance的值 &= 该参数的reads重新进行比对。若设置该参数值为0，则每个
read在多个比对步骤中每次都要进行比对。这样会加大地增加比对精确性和运行时间。默认下
该参数比上一个参数的值大，则表示对reads进行重新比对。
default: bowtie2
使用Bowtie1来代替Bowtie2进行比对。特别是使用colorspace reads时，因为只
有Bowtie1支持，而Bowtie2不支持。
-o | --output
default: ./tophat_out
输出的文件夹路径
（若你在同个目录下运行，记得修改此项，否则新结果会不断覆盖上一次运行的结果）
-r | --mate-inner-dist
default: 50
成对的reads之间的平均inner距离。例如：fragments长度300bp，reads长度50bp
， 则其inner距离为200bp，该值该设为200。
Average Mate-Pair Inner Distance： -r/&mate-inner-dist
这个参数就是设置mate的两个测序reads之间的平均距离应该是多少。通常PE测序制库时通常片段大小的平均值为300bp左右，这个
300bp包括了两端的adapter, barcodes,
以及序列本身，而-r参数需要设置的是两个测序结果之间的距离，所以它应该是总长-2*(adpter+barcode+reads)。如下图所示：
我们需要注意的是，很多adapter可能比我们想象的要长，所以需要搞清楚具体的实验时的adapter长度。
比对时两成对引物间的距离中值。比如说，如果你的插入片段平均有300bp，包括2个adapter各10bp,
2个barcode各6bp,
你的reads（读序长度为50bp），那么r值就应该是160=300-2*50-2*20（此为barcode在reads当中的情况），如果读序长
度为100时，r值就为60=300-2*100-2*20。没有默认值，如果是末端配对比对时这个值是必须的。
大多数情况，使用默认值就可以了，TopHat允许一定量的偏差，TopHat在多个地方使用到这个值，比如当寻找剪切位点与fusion
point。同时在生成报告的最后阶段选择最佳的alignment时，用到这个信息。可以先用少量的数据进行比对，在比对结果的SAM结果中，对于
reads，第九列是插入片段的大概长度，可以用这个数值减去两倍的read的长度，就可以得到实际的-r参数需要设置的大小，如果值太大应该小心，只有
比对上同一个外显子的情况具有意义。
这个参数的意义在我前面的博客中有提到，一般其他人使用的是200，但是完全可以使用默认值。这个值只是在alignment的时候对结果进行优化。我们常常遇到的情况是，一个read可能map到基因组的多个位置，有了这个
值，可以使成对的reads尽可能的map到正确的位置。实际上，seq中的unique mapped
reads应该是大多数，只有很少量的才是有多个map点的。另外，即使map至多个位点，他们成对近距离出现的可能性也很小。所以这一参数只是对算法效
率上会有更多的帮助，对结果的影响其实并不大。（也可以用用IGV查看的）
最好的方法是：先提取部分paired reads map genome，看看这些paired reads
之间的距离，就是这inner距离。那么后面“--mate-std-dev ”就是inner距离的标准差，也可以求出（先求paired
reads的平均距离，再通过标准差的公式，求出即可）。
其他参考链接：
--mate-std-dev
default:20
inner距离的标准偏差。
-a | --min-anchor-length
default: 8
read的锚定长度：该参数能设定的最小值为3；锚定在junction两边的reads长度只有都大于此值，才能用于junction的验证。
-m | --splice-mismatches
default: 0
对于一个剪切比对，其在锚定区能出现的最大的不匹配碱基数。
-i | --min-intron-length
default:70
最小的intron长度。Tophat会忽略比该长度要小的donor/acceptor pairs，认为该区属于exon。
--I | --max-intron-length
default:500000
最大的intron长度。Tophat会忽略长度大于该值的donor/acceptor pairs，除非有long read支持。
--max-insertion-length
defautl: 3
最大的插入长度
--max-deletion-length
default: 3
最大的缺失长度
--solexa-quals
fastq文件使用Solexa的碱基质量格式
--solexa1.3-quals | --phred64-quals
使用Illumina GA pipeline version 1.3的碱基质量格式，即Phred64.
-Q | --quals
说明是使用单独的碱基质量文件
&--inter-quals
有空格隔开的整数值来代表碱基质量。当使用 -C 参数时，该参数为默认参数。
-C | --color
Colorspace reads。使用这一种reads的时候命令如下：
$ tophat --color --quals --bowtie1 [other options]*
-p | --num-threads
default: 1
比对reads的线程数
-g | --max-multihits
default: 20
对于一个reads，可能会有多个比对结果，但tophat根据比对得分，最多保留的比对结
果数目。如果没有 --report-secondary-alignments 参数，则只会报告出最佳的比对结果。若最佳比对结果数目超过该参数值，则只随机报告出该数目的最佳比对结果；若有 --
report-secondary-alignments 参数，则按得分顺序报告出比对结果，直至达到默认的数目为止。
--report-secondary-alignments
是否报告additional or secondary alignments（基于比对分值AS来确定的）。
--no-discordant
对于paired reads，仅仅报告concordant mappings（一致匹配的reads）。
--no-mixed
对于paired reads，只报告concordant mappings 和 discordant mappings。默认上，是所有的比对结果都报告。
--no-coverage-search
取消以覆盖度为基础来搜寻junctions，和下一个参数对立，该参数为默认参数。
--coverage-search
确定以覆盖度为基础来搜寻junctions (此参数会占用大量的内存和时间)。该参数能增大敏感性。
--microexon-search
使用该参数，pipeline会尝试寻找micro-exons。仅仅在reads长度&=50bp时有效。
&--library-type
Tophat处理的reads具有链特异性。比对结果中将会有个XS标签。库类型，有三种，
fr-unstranded
Standard Illumina（例如Illumina TruSeq）（默认为fr-unstranded）
from the left-most end of the fragment (in transcript coordinates) map
to the transcript strand, and the right-most end maps to the opposite
一条链作为正向链，一条链作为反向互补链
fr-firststrand
dUTP, NSR, NNSR，
as above except we enforce the rule that the right-most end of the
fragment (in transcript coordinates) is the first sequenced (or only
sequenced for single-end reads).
Equivalently, it is assumed that only
the strand generated during first strand synthesis is sequenced.
fr-secondstrand&
Directional Illumina（Ligation）, Standard SOLiD。
as above except we enforce the rule that the left-most end of the
fragment (in transcript coordinates) is the first sequenced (or only
sequenced for single-end reads).
Equivalently, it is assumed that only
the strand generated during second strand synthesis is sequenced.
这三种库：一般通常选取是第一个和第三个，基因组和转录组的建库的原理：一般DNA为双链，那么转录的RNA可能是它是正链转录也可能是反向互补链转录。第一种方式是正链和反向互补链都提取建库。第二种方式是只提取正链建库。相比之下，第二种建库方式更准确。
额外的参数
--bowtie-n& 在初次用bowtie进行map时，将调用bowtie里面的“v”这个参数，现在改为‘n’--segment-mismatches& reads的片段（segment）在单独进行匹配时，map的错配数目。默认2个--segment-length& reads被打断成为segment时，segment的长度最小值，默认为25--min-segment-intron&
during split-segment search时，最小的内含子长度。默认50
--max-segment-intron& during split-segment search时，最长的内含子长度。默认500000
--min-coverage-intron& during coverage search时，最小的内含子长度。默认50
--max-coverage-intron& during coverage search时，最长的内含子长度。默认20000
3. 高级参数
--keep-tmp
保留中间文件和临时文件，对于debug有用
--keep-fasta-order
对比对结果按基因组fasta文件进行排序。该参数会使输出的SAM/BAM文件和tophat的
1.41或以前版本不兼容
--no-sort-bam
输出的BAM文件不是coordinate-sorted.
--no-convert-bam
不要转换成bam格式。输出结果为sam格式。
-R | --resume
从最末尾的成功完成点处，接着运行Tophat。使用方法为：
$ tophat -R tophat_out
-z | --zpacker
default:gzip
用来对临时文件进行压缩的的压缩程序
4. Bowtie2的特别参数
使用tophat2的时候，其中的一些参数传递为bowtie2的参数，这些参数都以’b2&开头。其实，这些参数使用默认的即可。
end-to-end模式(Tophat2不能使用局部比对local alignment):
--b2-very-fast
--b2-sensitive
--b2-very-sensitive
比对参数：
default: 0
default: 20
default: S,1,1.25
--b2-n-ceil
default: L,0,0.15
得分参数：
default: 6,2
default: 1
default: 5,3
default: 5,3
--b2-score-min
default: L,-0.6,-0.6
Effort参数
default: 15
default: 2
5. 融合转录子mapping
如果设定 &fusion-search 参数，则有些reads能比对到潜在的融合转录子(fusion
transcripts)上。额外融合信息保存在 fusions.out 中。
--fusion-search
开启融合转录子的比对
--fusion-anchor-length
default: 20
read比对到融合子的两边，每边至少匹配的碱基数。
--fusion-min-dist&
在染色体间的合子（ intra-chromosomal fusions），融合子割开的最短距离，默认
-fusion-read-mismatches
Reads support fusions if they map across fusion
with at most these many mismatches. The default is 2.
--fusion-multireads
Reads that map to more than these many places will
be ignored. It may be possible that a fusion is supported by reads
(or pairs) that map to multiple places. The default is 2.
--fusion-multipairs
Pairs that map to more than these many places will
be ignored. The default is 2.
--fusion-ignore-chromosomes
Ignore some chromosomes such as chrM when
detecting fusion break points. Please check the correct names for
chromosomes, that is, mitochondrial DNA is represented as chrM or M
depending on the annotation you use.
6. 提供的转录子的结构注释数据
值得注意的提供的GTF文中中的染色体名称和Bowtie index中的一致。这些名称是区分大小写的。
-j | --raw-juncs &.juncs file&
提供junctions文件。该文件可以使用tophat同一目录下的程序bed_to_juncs程序
来处理tophat的结果文件junctions.bed生成。
$ bed_to_juncs
junctions文件是tab分隔的文件，内容为：
其中left和right数值是0-based的junction两端的值。
--no-novel-juncs
只搜寻和GFF或junctions文件中提供的junctions想匹配的reads。如果没有-G 或 -j
参数，则该参数无效。
-G | --GTF
提供基因模型的注释文件，GTF 2.2 或者 GFF 3 格式的文件。如果设置了该参数，Tophat
则先提取出转录子序列，然后使用Bowtie2将reads比对到提取的转录组中；只有不能比对上的reads再比对到genome；比对上的reads再打断转变成genomic mappings；再融合新的mappings和junctions作为最后的输出。
值得注意的是GTF/GFF文件代表chromosome和contig的第一列要和bowtie index中的参考序列名一致（即名字要一致）。 `$ bowtie-inspect --names your_index` 命令可以获得bowtie的index中chromosome和contig的名字。
--transcriptome-index
是使用了 -G
参数后，Tophat提取转录子序列，然后使用bowtie2-build来建立index，
这个过程会消耗不少时间。于是，使用该参数，会将index文件生成到指定文件夹。则后续的
，运用同样的index则不再需要额外耗时了。
in order to just prepare the transcriptome index files for a
specific annotation, an initial, single TopHat run could be invoked
like this:
tophat -G known_genes.gtf \
--transcriptome-index=transcriptome_data/known \
这个例子中TopHat 产生 transcriptome_data 目录&
(在当前目录下)包含了如下文件： known.gff, known.fa, known.fa.tlst, known.fa.ver
and the known.* Bowtie index files.
接下来，tophat用相同的基因组，转录组和不同的reads运行时，将不再花时间生成转录组indesx文件。
Then for subsequent TopHat runs with the same genome and known
transcripts but different reads, TopHat will no longer spend time
building the transcriptome index because it can use the previously
built transcriptome index files, so the -G option is no longer
needed (however using it again will not force TopHat to rebuild the
transcriptome index files if they are already present and with the
matching version)
tophat -o out_sample1 -p4 \
--transcriptome-index=transcriptome_data/known \
& & hg19 sample1_1.fq.z
sample1_2.fq.z &
tophat -o out_sample2 -p4 \
--transcriptome-index=transcriptome_data/known \
& & hg19 sample2_1.fq.z
sample2_2.fq.z &
The following options in this section are only used when the
transcriptome search was activated with -G/--GTF and/or
--transcriptome-index.
-T/--transcriptome-only&
只将reads匹配到转录组，报告那些map到基因上的mapings
-x/--transcriptome-max-hits&
当map到转录组时，一个reads能map的最大个数。-M/--prefilter-multihits&&
当map到转录组时，在in the context of the
genome被忽略的重复的reads或低复杂性的reads将会map到转录组，最终报告只是map到这些基因。
提供insertions/deletions
以下参数是使用RNA-seq数据来验证indels。值得注意的是GTF/GFF文件代表chromosome和contig的第一列要和bowtie
index中的参考序列名一致（即名字要一致）。
--insertions | --deletions &.juncs file&
juncs文件例子：
0-based数值。表示有2这2个碱基缺失
表示在17491处插入了2个碱基CA
--no-novel-indels
仅仅只搜寻在已给的位点的reads。
四. Tophat的输出结果
主要的结果文件是：
accepted_hits.bam&&&
reads排序的结果以bam格式生成文件，bam也就是sam格式的二进制。
2. junctions.bed 格式&&&&&&
报告tophat处理的junctions的结果，以bed格式。A
track of junctions reported by TopHat. Each junction consists of
two connected BED blocks, where each block is as long as the
maximal overhang of any read spanning the junction. The score is
the number of alignments spanning the junction.
3. insertions.bed 和 deletions.bed&
&& 报告tophat处理的插入和删除的结果，以bed格式。
tracks of insertions and deletions reported by
Insertions.bed - chromLeft refers to the last genomic base before
the insertion.
Deletions.bed - chromLeft refers to the first genomic base of the
五. 思考题
对一物种的两个样本A和B使用Illumina
Hiseq2000分别进行了转录组测序，得到了结果文件A.reads1_1.fastq, A.reads1_2.fastq,
B.reads1_1.fastq 和
B.reads1_2fastq。测序文库的插入片段长度为200bp，reads长度为90bp。物种的基因组文件为species.fasta。请用
Tophat分析该物种的转录结合位点，indel信息?
$ bowtie2-build species.fastq species&
建立索引文件
& --read-realign-edit-dist 0
& -o ./tophat_out
--mate-std-dev 20
--coverage-search
--microexon-search
--library-type fr-unstranded
A.reads1_1.fastq,B.reads1_1.fastq A.reads1_2.fastq B.reads1_2fastq
比较好的NGS博客：
http://pgfe.umassmed.edu/ou/archives/2318/comment-page-2#comments
http://pgfe.umassmed.edu/ou/archives/3040
http://pgfe.umassmed.edu/ou/archives/3007/comment-page-1#comments
http://pgfe.umassmed.edu/ou/archives/2343
博耕生物：
/bio/?p=1903#more-1903
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创建单位设计|上次更新日期: |1 参与者适用于： Windows Server 2016，Windows Server 2012 R2、Windows Server 2012森林所有者负责创建部门 (OU) 设计为他们的域。 OU 设计涉及设计 OU 结构，分配 OU 负责人的角色和创建帐户和华丽绚烂的资源。
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华丽绚烂提供管理自主和来控制可见性物体目录中的方式。 华丽绚烂提供隔离从其他数据管理员，但它们不提供的服务管理员隔离。 尽管 OU 的所有者可以控制的对象子树，森林所有者将保留所有子树的完整控制。 这可使森林所有者更正错误，如访问控制列表 (ACL，) 中的错误和管理员数据终止时，释放委派子树。
帐户华丽绚烂和资源华丽绚烂帐户华丽绚烂包含用户、组和计算机的对象。 森林所有者必须创建一个 OU 结构用于管理这些对象，然后到 OU 所有者委派的结构控制。 如果你正在部署新的广告 DS 域，创建 OU 域帐户，以便你可以委派域中的帐户的控制。
资源华丽绚烂包含资源和负责管理这些资源的帐户。 森林所有者是还负责创建一个 OU 结构用于管理这些资源以及的 OU 所有者分配，结构的控件。 资源华丽绚烂根据需要创建基于每个组中的数据以及设备组织进行管理自主要求。
记录 OU 设计为每个域组装设计用于委派林中资源的控制 OU 结构的团队。 森林所有者可能会涉及到在设计过程中，并且必须批准 OU 设计。 你可能还涉及到在至少有一个的服务管理员，确保设计有效。 其他设计团队参与者可能包含的数据管理员适用于华丽绚烂，而且将负责管理它们的所有者。
务必记录 OU 设计。 列表中的计划来创建华丽绚烂的名称。 为每个 OU，文档类型 OU、OU 所有者、家长 OU（如果适用），以及该 OU 的来源。
对于以帮助你记录 OU 设计工作表，下载 Job Aids Designing and Deploying Directory and Security Services.zip 从作业辅助功能的 Windows Server 2003 部署工具包 () 并打开"标识华丽绚烂的每个 Domain"(DSSLOGI_9.doc)。
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为 ext3 优先 ext4 格式，因为 ext4 是比 ext3 与动态的 VHDX 文件一起使用时有效的更多空间。当创建文件系统指定组为 4096，例如的数︰# mkfs.ext4 -G 4096 /dev/sdX1
在第 2 代虚拟机上的 grub 菜单超时时间由于无法从依赖第 2 代虚拟机中的模拟原有硬件，grub 菜单倒计时计时器进行倒过快 grub 菜单将显示立即加载默认条目。 修改 grub 固定的以便使用 EFI 支持计时器，直到 /boot/grub/grub.conf, ，/等/默认/grub, ，或具有等效于"超时 = 100000"而不是默认值"超时 = 5"。在第 2 代虚拟机上的 PxE 启动因为不存在在 2 代虚拟机 PIT 计时器，则 PxE TFTP 服务器与网络连接可以提前终止，并防止从读取 Grub 配置，然后从服务器加载内核引导加载程序。RHEL 上 6.x、 旧 grub v0.97 EFI 引导加载程序可用来代替 grub2，如下所述︰ 在 RHEL 以外的 Linux 分发上 6.x、 可以执行类似的步骤来配置从 PxE 服务器加载 Linux 内核的 grub v0.97。此外，在 RHEL/CentOS 6.6 键盘和鼠标输入不起作用与预安装内核这样可以防止在菜单中指定的安装选项。 串行控制台必须配置为允许选择安装选项。在 efidefault PxE 服务器上的文件，添加以下内核参数 "控制台 = ttyS1"在 HYPER-V 中虚拟机，安装程序使用此 PowerShell cmdlet 的 COM 端口︰Set-VMComPort -VMName &Name& -Number 2 -Path \\.\pipe\dbg1
指定对预安装内核启动文件还会避免对键盘和鼠标输入在安装过程中的需求。使用静态 MAC 地址与故障转移群集将使用故障转移群集部署的 Linux 虚拟机应与每个虚拟网络适配器的静态媒体访问控制 (MAC) 地址配置。 在某些版本的 Linux，网络配置可能会丢失在故障转移后因为新的 MAC 地址分配给虚拟网络适配器。 若要避免丢失的网络配置，请确保每个虚拟网络适配器具有静态 MAC 地址。 可以通过编辑 HYPER-V 管理器或故障转移群集管理器中的虚拟机的设置来配置 MAC 地址。使用超 V 特定网络适配器，不是旧版网络适配器配置和使用虚拟以太网适配器，这是超 V 特定网络卡的增强的性能。 如果旧和超 V 特定网络适配器附加到虚拟机，网络名称的输出中 ifconfig-a 可能显示随机值如 _tmp。 若要避免此问题，请删除所有旧网络适配器在 Linux 虚拟机中使用超 V 特定网络适配器时。使用 I/O 计划 NOOP 程序更好的磁盘 I/O 性能在 Linux 内核有四个不同的 I/O 计划进行重新排序具有不同的算法的请求。 NOOP 是将虚拟机监控程序所进行的计划决定传递的先入先出队列。 建议 NOOP 为计划程序运行时要使用 Linux 虚拟机在 HYPER-V 上。 若要更改特定设备，在启动加载器的配置的计划程序 (/ etc/grub.conf，例如)，添加 电梯 = noop 到内核参数，然后重新启动。添加"numa = off"Linux 虚拟机是否超过 7 虚拟处理器或多个 30 GB RAM配置为使用超过 7 个虚拟处理器的 Linux 虚拟机应添加 numa = 关闭 到 GRUB boot.cfg 若要解决 2.6.x Linux 内核中的已知问题。 Linux 虚拟机配置为使用超过 30 GB 的 RAM 也应将添加 numa = 关闭 到 GRUB boot.cfg。保留为 kdump 的更多内存以防转储捕获内核结束时，其上启动死机，则保留为内核的更多内存。 例如，将参数更改 crashkernel = 384M-:128M 到 crashkernel = 384M-:256M Ubuntu grub 配置文件中。VHDX 收缩或扩展 VHD 和 VHDX 文件可能会导致错误的 GPT 分区表HYPER-V 允许收缩而不考虑任何分区、 卷或文件系统数据结构可能存在于磁盘上的虚拟磁盘 (VHDX) 文件。 如果 VHDX 收缩到 VHDX 末尾应运而生的分区的结束之前，数据可能会丢失，则分区可能会损坏或无效的数据变得可以读取该分区时返回。之后的 VHD 或 VHDX，调整大小时，管理员应使用 fdisk 之类的实用程序或 parted 更新分区、 卷和文件系统结构，以反映更改磁盘的大小。 当分区管理工具用于检查分区布局，并且管理员会收到警告，若要解决的第一个和第二 GPT 标头时，收缩或扩展 VHD 或 VHDX 具有 GUID 分区表 (GPT) 的大小将产生一个警告。 这一手动步骤可以安全地执行而不丢失数据。另请参阅
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