基因调控网络的边预测--《数学物理学报》2015年05期
基因调控网络的边预测
【摘要】：为构建基因调控网络,提出了一个基于基因表达水平和网络反传递的算法.该算法用网络反传递思想来分析由传统相关性计算方法产生的间接效果,并考虑了调控网络的稀疏性,在模型算法中加入了控制网络稀疏性的l_1范数惩罚项.在大肠杆菌实验数据上测试该算法,这种方法提高了相关性分析对调控网络中边的预测能力,皮尔逊相关系数提高了6.42%,斯皮尔曼相关系数提高了5.92%,互信息提高了9.35%.总的来说,这个模型为修饰大量系统的相关性数据提供一种新思路,可以应用到网络边的预测和推断生物网络的控制动力学中.
【作者单位】：
【基金】：
【分类号】：Q78;O157.5
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文章来源：pc蛋蛋中边预测&&&&发布时间： 14:35:07&&【字号：&&&&&&】
2007年4月，中国运动员周春秀获得女子组冠军，成为首位在伦敦马拉松夺冠的中国运动员，成绩是2小时20分38秒。伦敦马拉松的路线主要从伦敦西南的布莱克希思格林尼治公园出发，经过国会大厦和白金汉宫，抵达靠近圣琼斯公园的终点，沿途可以欣赏很多伦敦著名的历史名胜。虽然路线曲折迂回，甚至某些地方狭窄，但没有山坡。每年参加伦敦马拉松的规模超过3万人。☆//aqEJI☆
考虑到今年大多数粮油类大宗商品将获丰收等因素，世行预计今年农产品价格指数将较去年下降4%。报道称，德国议员表示，如果英国脱离欧盟，英国民众应该了解面临的风险。他们还称赞了美国总统奥巴马上周发表的谈话。当时奥巴马称，如果英国6月23日投票脱欧，英国将需要数年时间来完成与美国的贸易协议谈判。
《火星救援》科幻成真：NASA试图火星种土豆：一群男子集体裸泳 遇人拍照喊“给我来两张”(组图)
“情义保安八年资助四川孤女”据报道，美国领导的打击“伊斯兰国”联军副总指挥彼得·格尔斯顿表示，2015年中期阶段，每个月都有约名外国人去到伊拉克和叙利亚加入“伊斯兰国”，这个数字目前已经下降到每个月约200人。
据媒体此前报道：郑菊明自称于2008年在一张旧报纸上看到消息，说四川省兴文县有个小姑娘名叫彩霞，父母离家出走后被一户好心人家收养，但这户人家也很贫困，小姑娘生活很窘迫。“或许是一种缘分吧，就好像一个眼泪汪汪的小姑娘站在你面前。”郑菊明在接受当地媒体采访时说，他觉得彩霞很可怜，想资助她一下，于是拿起电话拨通了报纸上留的联系方式。“对方一口四川方言，听不懂。”但他还是赶到邮局，把口袋里的30元零钱汇了过去。媒体报道称：郑菊明被查出肺腺癌并住院后，他意识到自己可能没有能力继续资助彩霞了，为此整日心事重重。在同事一再追问下，郑菊明才把在心里藏了8年的秘密说了出来。郑菊明接受采访时说：“（他）想到了82岁的母亲，两个兄弟自会为她养老送终；想到了相伴多年的妻子，儿子儿媳都还孝顺；想到就要上幼儿园的孙子，自己总算享受了几年天伦之乐。”
日媒：日本拟默许向海洋排放福岛核电站污水(图)：午盘：油价转涨 美股小幅攀升
郑菊明的“事迹”见报后，浙江嘉兴市各新媒体平台及时进行了转发推送，当地媒体称“郑菊明的事迹受到了广泛关注，一片点赞声，郑菊明的病情更是牵动着读者的心。”
新华社惠灵顿4月27日专电（记者宿亮）新西兰储备银行（央行）26日宣布，新版5新西兰元纸币被世界纸币学会评为2015年度最佳纸币。
而在刚刚结束的伦敦马拉松期间，竟出现了惊人一幕。包括一些带孩子的家长在内，近 20名民众被拍到哄抢专门为伦敦马拉松运动员准备的矿泉水，甚至还有人用推车将成捆的水运走。这一幕被马拉松的志愿者拍下后发布在脸书上，引发网友热议，认为这些人应该为自己的行为感到可耻。
世界银行今年1月份发布的《全球经济展望》报告说，据初步估计，2016年俄经济将继续萎缩0.7%，2017年俄经济开始增长，增幅为1.3%。
当天，沪深两市净流入资金60.84亿元。其中，1459家上市公司获资金净流入，1057家上市公司获资金净流出。截至A股收盘，沪股通净买入6.31亿元，当日额度剩余123.69亿元，余额占比95%。
快讯：农产品掀涨停潮 棉花大豆等6品种涨停：扭起来！科比退役当天这一幕你看到了吗？
（责任编辑：中国人才热线）加权网络的链路预测和权重预测
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链路预测是根据当前网络的拓扑特征，预测网络中可能被观察漏掉的、或将来可能会出现的边的方法。它既可帮助分析数据缺失的网络，又可推断网络的演化，因而在近几年受到较多关注，尤其在社会网络分析领域得到很好的应用，成为网络科学中非常活跃的研究领域。&链路预测中的研究对象大多数是无权网络，并已产生了大量效果良好的预测算法。近年来，有一些研究将无权网络中的算法推广到加权网络，将当前网络中边的权重结合到算法中，预测加权网络中边的存在性。我们认为，加权网络中边的权重与边的存在性的预测同等重要，对生物学网络尤其如此。例如，蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络对于认识生命系统的功能、进化以及复杂疾病的机理都起着重要作用。细胞中的PPI数据来自不同分辨率和精度的大量生物学实验，其中高通量的生物学实验的结果往往存在严重的假阳性和假阴性问题。为了将不同实验室、不同实验平台和方法所获得的PPI数据整合成一个网络，通常对PPI赋予可信度分值，作为网络中边的权重，从而构建加权的PPI网络。即使如此，据估计，目前已经实验证实的人类蛋白-蛋白相互作用也仅占实际的0.3%。因此，使用计算方法预测大量未知的PPI就显得非常有意义。在这种情况下，预测PPI的可信度与预测它的存在性是同等重要的。&为了解决加权网络的链路和权重预测问题，我们借助通信网络的可靠路算法的思想，将无权网络的局部相似性指标推广到加权网络，用未连接的节点对之间的相似性指标来预测这对节点间存在连接的可能性及可信度，获得了较为理想的预测效果。我们利用此方法，分别以两个较小的、有特定生物学含义的人类加权PPI网络为输入，预测其中可能缺失的边及其权重，并以另一个更全面的人类PPI网络来验证预测效果，结果显示我们的方法在预测缺失的PPI的存在性及可信度上具有实际价值。&此工作由后勤工程学院赵静课题组、电子科技大学周涛课题组及韩国成均馆大学PetterHolme教授合作完成。&论文信息：Jing Zhao, LiliMiao, Jian Yang, Haiyang Fang, Qian-Ming Zhang, Min Nie, Petter Holme，Tao Zhou, Predictionof Links and Weights in Networks by Reliable Routes. Scientific Reports, 261.&论文链接(全文免费下载)：
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