香港浸会大学深圳研究院张戈教授转化医学与药物发现课题组招聘生物信息学博士后
香港浸会大学深圳研究院张戈教授课题组长期致力于开展转化医学与药物发现的研究，在Nature Medicine、Nature Communication、Biomaterials等期刊发表了一系列工作（详见文末“阅读原文”）。目前，课题组多学科团队希望进一步充实和培养生物信息与药物发现的复合型人才，特招聘相关专业的博士后如下。
基本条件：
1.品学兼优，身心健康，热爱研究工作，善于沟通，踏实严谨，具有独力开展科研工作的能力，有良好的团队协作精神；
2.在国内外获得生物信息学、化学信息学、计算机科学或相关专业博士学位，具有化学信息学，药物信息学，生物信息学，计算机辅助药物设计，多组学数据分析等研究背景者优先考虑；
3.具备网站编写能力，英文听说读写能力。
工作任务：
1.参与课题组化学信息学分析平台的建设与管理，支撑课题组化学信息学分析任务；
2.培训常规化学信息学软件，包括Discovery studio、MOE、AutoDock等软件的普及使用。
聘用方式与薪酬标准：
1. 具有市场竞争力的薪酬，12万/年的研究院基本工资+12万/年（免税）的政府博士后补贴。注：研究院基本工资根据工作表现按年增薪，增幅可达50%，政府博士后补贴近期有望提高至15万/年。
2. 博士后人员进站，可自愿选择落户深圳市。选择落户深圳市的，其配偶及未成年子女可办理随迁入户。博士后子女入托、入学等按深圳市相关条例执行。
3. 博士后完成后符合条件可申请香港浸会大学研究助理教授职位（40000港币/月起），或者申请广东省博士后“珠江人才”计划（60万）以及深圳市孔雀计划（C类160万），博士后出站留深工作签三年聘用合同，可申请留深博后资助30万（分三年发放）。
4. 博士后出站在深工作满5年，或者在站期间申请到中国博士后基金或国自然等项目的，认定为后备人才，享有购房补贴160万及相关待遇。
报名时间及报名方式：
张戈教授课题组将常年进行面试，择优录取，直到招聘到合格人选。报名时请提交个人简历至zhangge@hkbu.edu.hk
责任编辑：
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&学习使用autodock，dlg文件打不开
学习使用autodock，dlg文件打不开
作者 waltq
各位高手，我正在学习分子对接，按照中文说明进行操作，好不容易走到autodock这一步，但是dlg文件又打不开，出现下面的问题，看了半天不知所云。另外附了一张截图，提示缺少文件，但是那个文件是怎么生成的。望高手指点一下。
exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
&&File &C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py&, line 898, in tryto
& & result = command( *args, **kw )
&&File &C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py&, line 3852, in doit
& & d.readDlg(dlgFile)
&&File &C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py&, line 105, in readDlg
& & self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
QQ截图41.jpg
没有对接成功啊，肯定打不开！检查一下对接过程，显示successfully completion，
你这个似乎没有运行autogrid，map文件找不到。
我也是同样的问题，你怎么搞定的，跪求，我一个大男的快哭了
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Copyright &
MuChong.com, All Rights Reserved. 小木虫 版权所有AutoDock Vina
AutoDock Vina is an open-source program for doing .
It was designed and implemented by
Molecular Graphics Lab at The Scripps Research Institute.
The image on the left illustrates the results of flexible docking (green) superimposed on the crystal structures of
(a) indinavir, (b) atorvastatin, (c) imatinib, and (d) oseltamivir bound to their respective targets.
Publication
If you used AutoDock Vina in your work, please cite:
AutoDock Vina significantly improves the average accuracy of the binding mode predictions compared to AutoDock 4, judging by our tests on the training set used in AutoDock 4 development.
Additionally and independently, AutoDock Vina has been
against a virtual screening benchmark called the
by the , and was found to be
"a strong competitor against the other programs, and at the top of the pack in many cases". It should be noted that all six of the other
docking programs, to which it was compared, are distributed commercially.
AutoDock Tools Compatibility
For its input and output, Vina uses the same PDBQT molecular structure file format used by . PDBQT files can be generated (interactively or in batch mode) and viewed using .
Other files, such as the AutoDock and AutoGrid parameter files (GPF, DPF) and grid map files are not needed.
Binding mode prediction accuracy on the test set.
"AutoDock" refers to AutoDock 4, and "Vina" to AutoDock Vina 1.
Ease of Use
Vina's design philosophy is not to require the user to understand its implementation details, tweak obscure search parameters, cluster results or know advanced algebra (quaternions). All that is required is the structures of the molecules being docked and the specification of the search space including the binding site. Calculating grid maps and assigning atom charges is not needed. The usage summary can be printed with "vina --help". The summary automatically remains in sync with the possible usage scenarios.
Implementation Quality
By design, the results should not have a statistical bias related to the conformation of the input structure.
Attention is paid to checking the syntactic correctness of the input and reporting errors to the user in a lucid manner.
The invariance of the covalent bond lengths is automatically verified in the output structures.
Vina avoids imposing artificial restrictions, such as the number of atoms in the input, the number of torsions, the size of the search space, the exhaustiveness of the search, etc.
Flexible Side Chains
Like in AutoDock 4, some receptor side chains can be chosen to be treated as flexible during docking.
AutoDock Vina tends to be faster than AutoDock 4 by orders of magnitude.
Multiple CPUs/Cores
Additionally, Vina can take advantage of multiple CPUs or CPU cores on your system to significantly shorten its running time.
World Community Grid
Qualified projects can run AutoDock Vina calculations for free on the massively parallel
Existing projects using AutoDock Vina there include those targeting
Some of these projects average over 50 years worth of computation per day.
Average time per receptor-ligand pair on the test set.
"AutoDock" refers to AutoDock 4, and "Vina" to AutoDock Vina 1.
AutoDock Vina is released under a very permissive Apache license, with few restrictions on commercial or non-commercial use, or on the derivative works.
The text of the license can be found .
Video Tutorial
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